jednoho dne se kolega zastavil u mého pracovního stolu, aby se zeptal, který prací prostředek by neporušil jadernou membránu. Na základě mých předchozích zkušeností s použitím jemných detergentů v lyzačních pufrech jsem odpověděl: „NP-40“. Měli jsme však dvě značky NP-40. Bližší pohled na Datové listy odhalil, že chemické názvy se lišily, i když používaly stejnou zkratku.

byl by prací prostředek s jiným názvem Lyse jako sladký?

podělil jsem se o překvapený pohled svých kolegů, když jsme zjistili, že ne každý NP-40 je podobný. Ale změnilo by to něco? Obecně lze savčí buňky lyzovat pro extrakci bílkovin pomocí pufrů, jako je RIPA pufr. RIPA pufr obvykle obsahuje neiontový detergent, jako je NP-40, který oddělí celé organely. Mezi další dostupné neiontové detergenty patří Triton X-100, Triton X-114 a Tween-20. V závislosti na typu buněk a aplikace, koncentrace pracího prostředku, který používáte (obvykle 0.1 – 2 %), by mohla vést v cytoplazmatické obsah a jaderné obsah kontaminujících navzájem. Pokud je vaším cílem detekovat váš oblíbený protein v celém buněčném lyzátu Western blot, vyšší koncentrace detergentu jsou příznivé. Můj kolega však chtěl provádět subcelulární frakcionace, konkrétně jaderné extrakce. Přípravky těchto vzorků mají tendenci vyžadovat mnohem nižší koncentraci detergentu, aby se minimalizovalo narušení membrány v počátečním kroku lýzy.

chyba v mé odpovědi na kolegu byla, že jsem plně nezohlednil požadovaný výsledek lýzy buněk. Chtěli vyhodnotit lokalizaci proteinu, nejen určit jeho hojnost v celé buňce. Přesto … byl NP-40 správný prací prostředek pro tuto práci?

ukazuje se, že zkratku „NP-40“ může odkazovat na dvě chemikálie tyto názvy jsou podle IUPAC:

• Octylphenoxypolyethoxyethanol: název ulice IGEPAL™
• Nonylphenoxypolyethoxyethanol: název ulice Tergitol™

je třeba poznamenat, že existuje pouze jeden rozdíl mezi dvěma chemikáliemi, které je v počtu alkylové skupiny (tučně). Navzdory tomu a rozdílům v jejich názvech ulic obě lahve říkají jednoduše „NP-40“.

co je v názvu?

Poté, co dělá výzkum o původu nepolapitelný termín „NP-40“, jsem zjistil, že současná komerčně dostupná NP-40 značky jsou považovány za náhražky z ukončených Shell Chemical Company je Nonidet P-40, který je často zkráceně NP-40. Po vysazení Shell Nonidet P-40, jinými společnostmi, jako je Sigma-Aldrich a PanReac AppliChem začal distribuovat, co se přezdívá „Nonidet P-40 náhražky“. Objevily se dvě hlavní ochranné známky: Igepal™ a Tergitol™. Protože IGEPAL a Shell Nonidet P-40 chemický název octylphenoxypolyethoxyethanol, IGEPAL je nejvíce chemicky podobné přerušena pracího prostředku.

se všemi znalostmi z vašeho arzenálu, je to zpět k otázce mého kolegy. Obecně platí, že subcelulární frakcionace bude vyžadovat pracího prostředku koncentrace tak malé, jako 0,1% Nonidet P-40 (viděl jsem 0.05 % být uvedeny v publikacích), a to by mohlo být IGEPAL, Tergitol, nebo na kteroukoli další Nonidet P-40 náhražky. Takže lepší způsob, jak odpovědět na svého kolegu otázku by bylo říci, „chtěl bych doporučit začínat s 0,1 % Nonidet P-40.“. Doporučil bych také zdokumentovat značku Nonidet P-40, kterou se rozhodne použít pro účely reprodukovatelnosti. Existují empirická data, která zaznamenávají konkrétní značky. Jedna taková publikace vzal čas, aby porovnat výnosy polymerovaný tubulin v pufry obsahující různé značky Nonidet P-40, včetně přerušena značka, pro určení pracího prostředku energií. Upozornění na Spoiler: současné značky Nonidet P-40 jsou účinnější při izolaci polymerizovaného tubulinu než ukončená značka!

Název zmatek: vinu na chemiky!

tato anekdota mi připomněla další příklad, ve kterém by názvy laboratorních činidel mohly zmást mysl. Pokračování na téma buněčné lýzy, jaký je rozdíl mezi proteázou a proteinázou? Stejně jako v případě „NP-40“, příběh za termínem „proteináza“ vedl v literatuře pouze ke zmatku. Slyšeli jste o proteinase K? Populární použití pro proteinázu K je při extrakci DNA. Proč se nazývá proteáza K? Podle dopisu z biochemického časopisu z roku 1986 je „proteáza“ širším termínem pro štěpení peptidových vazeb, které tvoří páteř proteinů. Proteázy však mohou štěpit krátké sekundární struktury / peptidy i terciární struktury / proteiny (myslím biochemie 101). Proto se termín „proteináza“ objevil jako způsob identifikace proteázy, která štěpí terciární strukturované proteiny. Dnešní laboratoře však mají tendenci mluvit o proteázách s výjimkou například proteinázy k. Měli byste pravdu, kdybyste řekli „proteázu K“, ale pak můžete mít potíže s nalezením v jakémkoli inventáři.

takže se skutečný NP-40 postaví? Vypadá to, že Eminem by hledal buď ukončenou značku Shell Chemical Company Nonidet P-40 nebo IGEPAL. Pro vaši konkrétní aplikaci by však stálo za to shromáždit více empirických údajů o značce NP-40, kterou byste chtěli použít. Osobně bych raději, aby byl „NP-40“ vyloučen z naší slovní zásoby, aby byl nahrazen právoplatným „Nonidet P-40″, ale tady jsme – “ rajče „nebo“ rajče“, myslím!

1. Sinka S, Field JJ, Miller JH (2017). Použití náhradních neiontových detergentů Nonidet P-40 v intracelulárních polymeračních testech tubulinu pro screening zaměřovacích činidel na mikrotubuly. Cell Biol. 95: 379-384.
2. s. Ministerstvo zemědělství (2015). Nefenylethoxyláty. Washington, DC: Pesticide Research Institute, USDA National Organic Program.
3. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenklatura: proteáza, proteináza a peptidáza. Biochem J 237: 935.