V roce 1885, po jeho podniku spadnout, 35-rok-starý Reyes vstoupil do armády k boji v Občanské Válce v roce 1885, a vzhledem k jeho odvahu a zručnost v boji byl povýšen na Generála, krátce poté. Přímo uprostřed války, prezident Rafael Nuñez mu odpovědnost vedoucí operací dobýt zpět Panama součástí Kolumbie území; mise byla původně pod velením generál divize, Gral. Miguel Montoya, ale Reyes byl tím pravým velitelem. Operace na moři byla stanovena z Buenaventura do Panamy, v němž Reyes měl obnovit starý ponton z z koroze, aby se pro nedostatek lodí ve své flotile, a být schopen se pohybovat jeho vojska; čin známý jako „Pontonu Dobrodružství“. Když expedice dorazila do Panamy, obnovili civilní a vojenskou autoritu a o několik dní později veškerá přítomnost amerických sil opustila isthmus. Po Panamské rebel Azpurría vzdal před nimi, Reyes předsedal mluvené rady válku, která vyústila v realizaci Antoine Petricelli z Haiti a Jamajky George Davis,.k.a. „Cocobolo“, a to jak z nich zodpovědný za požáru Colón, Panama City.

Pedro Prestán, také vinu za Colón, Panama požár, byl oběšen na 18. srpna, tři měsíce po zasedání rady z války, vedené Pedro Nel Ospina; nicméně, veškerá odpovědnost padla na Reyese. Mezitím prezident Rafael Nuñez pracoval na založení pevné a centralizované organizace ve státě.

S porážkou radikálních Liberálů a vzestup k moci Konzervativní strana, která si vyžádala nové centralizované ústavy, zákonů, 1863 Ústava byla zrušena, a v čele Prezident Rafael Nuñez Ústavy z roku 1886, který by byl v článku na příštích sto let. Na 11. listopadu 1885, kdy Národní Ústavodárné Shromáždění bylo stanoveno, Reyes získal sedadla, však jeho účast v Magna Carta byla nějak nešťastné, vzhledem k tomu, že Miguel Antonio Caro proti většině jeho pohyby.

v roce 1887 vláda dala Reyesovi „důvěrný úkol“ v Evropě: získat nějaké úvěry a půjčky; úkol, který však neuspěl, po jeho návratu ho Nuñez jmenoval ministrem rozvoje. V roce 1888 se vrátil ke svým osobním aktivitám a koupil Andorrský ranč poblíž Tocaimy, kde mu zemědělství vrátilo jeho dříve ztracené bohatství. V roce 1890 byl zvolen senátorem a v roce 1892 kandidoval na viceprezidenta Kolumbie,ale ve volbách prohrál. O pět let později se zúčastnil v Občanské Válce v roce 1895, a o rok později byl jmenován Ministrem Vlády prezident Miguel Antonio Caro, i přes staré nepřátelství mezi nimi, který se vrátil do časů Ústavodárného Shromáždění.

V roce 1896, v době, kdy Reyes měl šanci být prezidentský kandidát, Caro se rozhodla poslat ho do Paříže jako Velvyslanec Kolumbie, která ho držela dál od prezidentské volby v roce 1898 prezidentské volby; a také narušuje jeho účast ve Válce Tisíce Dní Války.

Od roku 1902 Reyes žil v Mexiku, zatímco uspořádání a nastavení vše, co pro 1904 prezidentských voleb.

v roce 1904 mu prezident José Manuel Marroquín dal za úkol sestavit armádu sto tisíc dobrovolníků, aby bojovali a získali zpět Panamá. V této misi byli s ním tři generálové: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero a Jorge Holguín.

Vzhledem k inteligenci informace příjezd do Bogoty o pohybu a uspořádání nové U. S. a bitevních lodí v Pacifiku a Karibiku, Kolumbie přístup vzdálil od agresivity na více diplomatický způsob, jak věci dělat; skutečnost, že Mayflower, severoamerická vlajková loď Atlantiku a dalších deset lodí střežily oba oceány, aby bránily kolumbijským jednotkám vystoupit a chránit povstání šíje, přiměla věci naklonit se k diplomacii a odvrátit válku proti USA..

Ve Washingtonu poté, co se dozvěděl, že Hay-Banu-Varilla smlouvy s Panama byla podepsána, Reyes rozpustí diplomatické komise a vzdal se veškeré úsilí, aby se zapojily do vojenské konfrontace proti Spojeným Státům; z Washingtonu, napsal:

22.prosince. Je třeba se vyhnout jakémukoli druhu ozbrojené konfrontace s USA, neobsazovat panamské území. Shromážděte se v Panamě, 40 válečných výparů. Bezprostřední nebezpečí války, Medellin, Bogota … hrozná situace.

Reyesova vojska čekala na generálův rozkaz k pochodu do Panamé.

stát Panama se odtrhl od Kolumbie 3. Listopadu 1903, během správy prezidenta José Manuela Marroquína. Panamské jednotky, za pomoci vojenských poradců a vojáků ze Spojených států amerických, vyhlásily svou nezávislost. Tuto akci podpořil prezident Theodore Roosevelt, který vyjádřil zájem o vybudování interoceanického kanálu v této strategické oblasti. Tam byla smlouva mezi Kolumbií a Spojenými Státy Americkými, Seno–Herrán Smlouva, podepsaná dne 12. ledna, 1903, kterou Spojené Státy by financování, přímé a dohlížet na výstavbu kanálu.

V roce 1904 prezidentské volby, který neměl žádné Liberální kandidáti, Reyes běžel proti další restaurátor; Generál Joaquín Fernando Vélez, kterému by se později porazil na úzké rozdíl.