v roce 2015 natočil Eggers svůj režijní debut hororovým filmem čarodějnice podle vlastního scénáře. Film měl premiéru na Filmovém festivalu Sundance 2015 27.ledna 2015. A24 film získala a 19.února 2016 jej divadelně vydala. Kritický příjem byl do značné míry pozitivní a film vydělal přes 40 milionů dolarů proti rozpočtu 4 miliony dolarů. Jeho následný film, Hororová Fantazie Maják (2019), také dobový kus, byl kriticky oslavován. Eggers režíroval film, a spoluautorem scénáře se svým bratrem Maxem Eggersem.

v červenci 2015 bylo oznámeno, že Eggers napíše a režíruje remake němého filmu Nosferatu z roku 1922, založeného na draculově mytologii. Film mají produkovat Jay Van Hoy a Lars Knudsen Pro Studio 8. V listopadu 2016, Eggers vyjádřil překvapení, že remake Nosferatu byl jeho druhý film, řekl: „To je ošklivé a rouhačské a egomaniak a nechutné pro filmaře na mém místě dělat ‚Nosferatu‘ další. Opravdu jsem chtěl chvíli počkat, ale tak se osud otřásl.“Eggers předtím řídil výkon své střední školy ve hře Nosferatu a byl najat, aby řídil profesionální verzi hry kvůli jeho práci. Eggers to připsal jako událost, která ho inspirovala k kariéře ve filmu. Film byl od té doby pozastaven.

Eggers je v současné době vyvíjí „středověký epos“ film s názvem The Northman v hlavní roli Nicole Kidman, Björk, Willem Dafoe, Anya Taylor-Joy, Alexander Skarsgård, a Ethan Hawke a minisérie založená na život Rasputin.