Bakerův první celovečerní film byl Four Letter Words, film točící se kolem vzhledu, názorů, postojů a jazyka mladých mužů v Americe. Baker napsal, režie, a upravil film. Baker pak pokračoval, aby se Take Out, který spoluautorem, co-režíroval, co-editoval,a koprodukoval s Shih-Ching Tsou. Film se točí kolem nelegálního čínského přistěhovalce, který zaostává za platbami za pašerácký dluh, takže mu zbývá jen jeden den, aby přišel s penězi. Film měl světovou premiéru na Filmovém festivalu Slamdance 18. ledna 2004, ale omezené vydání bylo vydáno až 6.června 2008. Bakerův třetí celovečerní film, Princ z Broadwaye, měl premiéru na Filmovém festivalu v Los Angeles 22. června 2008. Film sleduje newyorského pouličního podvodníka, který se živí vytvářením knock offů značky, a jeho objev, že má syna. Baker režíroval, psal, koprodukoval, natočil a sestříhal film, který byl uveden v omezeném vydání 3. září 2010. Take Out a Prince of Broadway byli nominováni na cenu Independent Spirit John Cassavetes Award na stejném ceremoniálu v roce 2008.

Bakerův čtvrtý film, Starlet, byl napsán společně s Chrisem Bergochem a hvězdami Dree Hemingway a Besedka Johnson. Starlet zkoumá nepravděpodobné přátelství mezi 21-rok-starý Jane (Hemingway) a 85-rok-stará Sadie (Johnson), dvě ženy, jejichž životy se protínají v Kalifornském San Fernando Valley. Film měl světovou premiéru na SXSW 11.března 2012 a byl uveden v omezeném vydání 9. listopadu 2012. Otevřela se převážně pozitivním recenzím a drží 88% hodnocení na Rotten Tomatoes.

Bakerova pátá funkce, mandarinka, sleduje transgenderovou sexuální pracovnici, která zjistí, že její přítel a pasák ji podvádí. Film byl natočen pomocí tří chytrých telefonů iPhone 5S a získal chválu za své průkopnické filmové techniky. Mandarinka funkce Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylorová, Karren Karagulian, Mickey O ‚ haganem, a James Ransone, a byl výkonný producent Mark Duplass a Jay Duplass. Baker opět spoluautorem scénáře s Bergochem; on také koprodukoval, co-shot, a střih filmu. To mělo jeho světovou premiéru na 2015 Sundance Film Festival 23. ledna 2015, a byl dán omezené vydání 10. července 2015. Získala velmi pozitivní recenze a v současné době má 97% hodnocení na Rotten Tomatoes.

Bakerův šestý film, Projekt Florida, měl premiéru ve čtrnáctidenní sekci filmového festivalu v Cannes 2017 a byl divadelně uveden ve Spojených státech 6. Října 2017 společností A24. Baker film opět sám upravil a scénář napsal spolu se svým častým spolupracovníkem Chrisem Bergochem. Děj sleduje 6letou dívku žijící v motelu se svou vzpurnou matkou ve velkém Orlandu, když se snaží vyhnout problémům a vyjít s penězi. Film byl chválen za své výkony (zejména Willem Dafoe jako manažer motelu) a Baker je směr, a byl vybrán jak National Board of Review a American Film Institute jako jeden z top 10 filmů roku. Dafoe získal nominace na nejlepšího herce ve vedlejší roli na Oscarech, Zlaté glóby a ceny BAFTA.

v listopadu 2020 bylo oznámeno, že výroba na Bakerově sedmém celovečerním filmu byla téměř dokončena. Red Rocket bude hrát Simon Rex a je zasazen do Texasu. Baker režíroval, spoluautor a koprodukoval film se svým obvyklým týmem Bergoch a Tsou mimo jiné. Natáčení probíhalo tajně uprostřed pandemie COVID-19, ale byly dodrženy „průmyslové bezpečnostní protokoly“. Podrobnosti o spiknutí jsou i nadále utajeny.

Baker je také jedním z původních tvůrců sitcomu Greg The Bunny, v hlavní roli Seth Green a Eugene Levy. Přehlídka je založena na sérii krátkých segmentů, které Baker režíroval a napsal, který vysílal na nezávislém filmovém kanálu A který byl zase založen na veřejnoprávní televizní show s názvem Junktape. V roce 2010 vytvořili Baker, Spencer Chinoy a Dan Milano spinoff s názvem Warren The Ape; seriál byl vysílán na MTV a po jedné sezóně byl zrušen.