v roce 1999 Gabriel Logan a jeho partner Lian Xing vyšetřují řadu biologických ohnisek vyvolaných mezinárodním teroristou Erichem Rhoemerem. Když kolega agent Ellis ztratí kontakt během mise v Kostarice, přísně tajná agentura vyšle Gabe a Lian, aby ho našli. Zjistí, že Ellis je mrtvý, a Rhoemerova podezřelá drogová operace je zástěrkou pro virovou operaci. Další ohnisko v Nepálu vede k dalším otázkám, kdy nakažený člověk, který měl nějak zahynout, přežil.

než agentura může pronásledovat Rhoemera, napadá Washington, D. C. a hrozí odpálením virových bomb roztroušených po celém městě. Gabe bitvy několik teroristů, včetně Mara Aramov, jak on sleduje stopu bomby po ulicích města, podchody, Washington Park a konečně Svobody Památník, kde se musí spálit muniční expert Anton Girdeux zastavit konečné škodlivý. Gabe vyšetřování ho zavede do nového vedení z PharCom, nadnárodní farmaceutické a biotechnologické společnosti v čele s Jonathanem Phagan. Kostarická plantáž pěstovala sloučeniny PharCom, což znamená, že Phagan a Rhoemer spolupracovali. Na PharCom Expozice Centrum, Gabe stíny Phagan na setkání s Aramov a Edward Benton, zdánlivý Agentura přeběhlík, který pomáhal Rhoemer během Washingtonu d. c. útok.

poté, co Gabe odstraní Bentona, zachrání Phagana před atentátem jen proto, aby unikl. Mara aramovová, nyní ve vazbě, se pokusila lokalizovat Virové laboratoře PharCom. Gabe musí zrušit hon na Phagana, aby zničil rhoemerovu základnu v Kazachstánu. Během jeho úkolu, Rhoemer zdánlivě zabije Lian, ale ředitel agentury Thomas Markinson zachrání Gabe. Markinson dává Gabe zprávu o virus s názvem Syphon Filter, biologická zbraň, že lze program na genetické úrovni, aby cílit na konkrétní skupiny lidí. Markinson objednávky Gabe infiltrovat Rhoemer opevnění na Ukrajině aplikovat testovací subjekty s vakcínou a vyhledejte Phagan, který je nyní Rhoemer vězeň. V katakombách, Phagan řekne Gabeovi, že Lian je naživu, a znovu se sejdou. Lian se nakazila Syfonovým filtrem a říká, že neexistuje univerzální lék.

přijede Mara Aramovová, aby Phagana zastřelila, ale přesvědčí Gabea a Liana, že přišla na pomoc. Všichni tři cestují do skladů Pharcomu v naději, že zabrání Rhoemerovi vypustit raketu. Lian odhaluje, že sérum Gabe injikované do testovaných subjektů bylo opravdu smrtící chemikálie, a Markinson je nechal zabít. Pomocí bojů mezi rhoemerovými teroristy a bezpečnostním personálem Phagana, aby zakryl jeho vložení, Gabe sestoupí do sila a hledá detonační kódy rakety.

najde Markinsona, který přiznává, že agentura byla po celou dobu ve spolupráci s černým obuškem. Rhoemer pracoval pro Markinsona, protože ten chtěl virus v držení agentury. Nikdy nepovolil raketový útok, ale než ho dokáže zastavit, rhoemer zabije Markinsona střelou do hlavy. Gabe se musí dostat do řídícího střediska rakety včas a zničit ji. Rozzuřený, Rhoemer zapojí Gabe do závěrečného boje, ale je zabit plynovým granátem.

jejich mise byla dokončena, Gabe a Lian povolali velení chemické a biologické obrany USA (CBDC), aby oblast zabezpečili. Nevědí, jak daleko Markinson spolupracoval s Rhoemerem a Phaganem, ale Gabe věří, že se to možná nikdy nedozví. V post-úvěrové scéně, Aramov přistupuje k tajemnému muži uvnitř centrály agentury a šeptá mu něco do ucha. Blahopřeje jí, zatímco kamera se stáhne, aby ukázala PharCom boxy v kanceláři.