Poté, co byl držen v samovazbě, Thomas je nakonec propuštěn Janson (přezdívaný „Krysí Muž“), který je asistentem ředitele ZLÝ (Svět V Katastrofu Killzone Experiment Oddělení). Janson říká Gladers (Skupina A) a skupina B, že většina jejich počtu je imunní vůči vzplanutí,ale někteří, jejichž jména čte, nejsou imunní, včetně mloka. Gladersovi je nabídnuta možnost odstranit čipy kontroly mysli v jejich hlavách a obnovit jejich vzpomínky, ale za cenu Thomasovy schopnosti telepaticky komunikovat s Teresou a Arisem. Jen Thomas, Minho a Newt rozhodnete podstoupit operaci, protože nemají důvěru ZLÝ, a Thomas nechce vědět, kdo to byl, když pomohl jít vytvořit bludiště. Všichni tři uniknou z WICKED s pomocí Brendy a Jorge, než budou jejich žetony odstraněny.

Brenda a Jorge jsou odhaleni, že pracují pro WICKED. Thomas se zpočátku cítí zrazen, ale Brenda ho přesvědčí, aby jí odpustil. Brzy poté Gladers zjistí, že každý, kdo podstoupil obnovu paměti, je opustil. Newt dává Thomasovi poznámku a řekne mu, aby ji otevřel „až bude správný čas.“Pět pak cestuje do Denveru, aby našel Hanse, bývalého zlého výzkumníka, který dokáže odstranit své čipy kontroly mysli. Tam je muž v černém obleku nasměruje na adresu, kde na ně čeká Gally. Gally se připojil k povstalecké skupině The Right Arm a vysvětluje, že WICKED zachycuje každého imunního, který může najít, aby připravil další cyklus zkoušek. On také odhaluje, že v rozpadajících se měst, mnoho živé, kteří trpí Světlice, ale vzít nelegálních drog Blaženosti, který zpomaluje mozek pracuje a pomáhá zmírnit bolest, která Klik pocit, ze Světlice.

skupina najde Hanse, který odstraní Minho kontrolní čip. Nicméně, WICKED používá Thomasův čip, aby ho přinutil odolat postupu. Brenda, Jorge, a Minho ho musí držet, aby Hans provedl operaci. Poté skupina navštíví kavárnu, kde ochranka zatkne Thomase, aby ho prodal lovcům odměn, kteří ho vezmou do WICKED. Janson zasahuje do holografického, pošle policejní vozidlo, aby zachránil Thomase, a řekne mu, že se musí vrátit do WICKED“, aby zachránil mloka.“Thomas a jeho přátelé zjistí v poznámce, že Newt byl vzat do kliky. Minho je přesvědčí, aby šli do Denverského klikového paláce, aby zachránili mloka, kde podplatí stráže, aby se dostali dovnitř. Když se setkají s Mlokem, rozzlobeně jim nařídí, aby odešli, a ostatní kliky je pronásledují. Thomas si pak vzpomene na Newtovu poznámku, přečte ji a zjistí, že prosil Thomase, aby ho zabil. Thomas si zoufá nad tím, že předtím nečetl poznámku.

po návratu do Denveru Thomas vidí, že Mlok podlehl světlici. Thomas odpoví na Newtovy prosby tím, že ho střelí do hlavy jako akt milosrdenství. Skupina pak zjistí, že Teresa a ostatní Imunové byli zajati. Po vyřazení stráží zjistí, že stráže vedl Vince, vůdce pravé paže, který vysvětluje, že pronikají do WICKEDOVA velitelství. Uvnitř Thomas zjistí, jak se Janson pokusil použít svůj pokus „zachránit mloka“ k sestavení dat pro léčbu zkoumáním fyzické struktury Thomasova mozku, což by ho zabilo. Thomas je nucen začít smrtící operaci mozku, ale podaří zasadit zařízení, které zakáže ZLÉ zbraně, které umožňuje Pravé Paži pro zahájení útoku na zařízení.

Thomas se probudí najít dopis od Kancléře Ava Paige, hlavu SVÉVOLNÍKŮ, který vysvětluje, že již existuje dostatek zdrojů, ze Studií, aby se plán pro lék, a tak jeho mozek není potřeba. Paige odhaluje umístění Imunní „prodal“ za Pravou Ruku, abyste získali přístup k ZLÝ, a ona dává návod na „bezpečné místo“, ve kterém Thomas by měly přijmout všechny z nich. Thomas a jeho přátelé znovu vstoupí do bludiště a najdou zajaté Imuny. Dozví se však, že pravá ruka hodlá ničit, spíše než okupovat, zlé velitelství. Výbuchy houpat bludiště, a padající trosky zabije některé Imuny, kteří jsou uvnitř. Spouští rozruch, truchlící vycházejí ze skladu, ale Teresa ukazuje Thomasovi, jak je vypnout. Thomas najde zadní dveře; což se ukázalo jako plochý trans. Začnou hnát imunitní děti přes ploché Trans, ale dříve, než Thomas a jeho přátelé mohou uniknout, Janson a ochranka je roh. Začnou boj, který končí, když Thomas uškrtí Jansona k smrti. Teresa však také umírá na padající trosky ve snaze zachránit Thomasův život. Prchající z budovy, Imunní uniknout přes Plochou Trans, která vede ke svěží ráj.

epilog vypráví Paige. Odhaluje, že po katastrofických slunečních erupcích byla erupce záměrně vytvořena a uvolněna vládou jako forma kontroly populace. Nicméně, vláda a WICKED se ocitli neschopní ovládat mor. Paige si uvědomila, že nikdy nebudou schopni najít lék na světlici a že WICKEDOVO úsilí bylo marné. Uvědomila si, že jedinou nadějí, jak zabránit vyhynutí lidstva, je, aby Imunové založili vlastní společnost, daleko od zbytku světa. S Brendou a Jorgem vymyslela plán, jak je poslat na bezpečné místo, aby mohli obnovit lidskou civilizaci ,a tak uvedla, “ zlý je dobrý.“.“