V roce 1868, středověké město Edo, sídlo vlády Tokugawa, byla přejmenována na Tokyo a kancelářích Tokio Prefektury (fu) byly otevřeny. Rozsah prefektury Tokio byl zpočátku omezen na bývalé město Edo, ale rychle se rozšířil tak, aby byl srovnatelný se současnou metropolí Tokia. V roce 1878, Meiji vláda reorganizace místní samosprávy rozděleny prefektur do krajů nebo okresů (gun, dále rozdělen do měst a vesnic, později reorganizována podobné Pruské okresy) a okresy, nebo v odděleních (ku), které byly v běžném prefektury města jako celku, např. dnešní Hirošima Města (ši), pak byla Hirošima-ku; tří hlavních městech Tokio, Osaka a Kyoto byl každý rozdělen na několik takových odděleních. V prefektuře Tokio to vytvořilo 15 oddělení (uvedených níže) a šest okresů/okresů.

V roce 1888, ústřední vláda vytvořila právní rámec pro současný systém města (shi), který udělil některé základní místní autonomie práva – s některé podobnosti k Prusku je systém místní samosprávy, jak Meiji vláda poradce, Albert Mosse silně ovlivněna organizace místní samosprávy. Podle zvláštního císařského nařízení však město Tokio, stejně jako město Kjóto a město Ósaka, zpočátku neudržovalo samostatného starostu; místo toho (jmenovaný) guvernér prefektury Tokio sloužil jako starosta města Tokio. Tokio městská rada / shromáždění (Tkykyō-shikai)byl poprvé zvolen v květnu 1889. Každé oddělení si také zachovalo vlastní shromáždění. Město a Prefekturní vláda byly odděleny v roce 1898., a vláda začala jmenovat samostatného starosty města Tokio v roce 1898, ale zachovala legislativu na úrovni oddělení, která pokračuje dodnes ve zvláštním systému oddělení. Od roku 1926 byl starostou volen zvolený městský zastupitelstvo/shromáždění z vlastních řad. Radnice v Tokiu se nacházela v okrese Yūrakuchō, na místě, které nyní zaujímá mezinárodní fórum v Tokiu.

Tokio se stalo druhé největší město na světě (počet obyvatel 4,9 milionu) po absorbování několika odlehlých okresů v červenci 1932, dávat město celkem 35 sborů.

V roce 1943 bylo město zrušeny a sloučeny s Tokio Prefektury tvoří Tokijské Metropolitní Vlády, která byla funkčně součástí centrální vlády Japonska: guvernér Tokia se stal ministrem hlášení přímo Předsedovi Vlády. Tento systém zůstal v platnosti až do roku 1947, kdy byla vytvořena současná struktura Tokijské metropolitní vlády.