Detmer navštěvoval BYU, kde hrál v letech 1987 až 1991 za fotbalový tým BYU Cougars. Při rozhodování, kterou vysokou školu navštěvovat, byl částečně přitahován byuovým prostředím bez alkoholu. On redshirted pro Cougars během sezóny 1987, a sdílené quarterback povinnosti se Sean Covey jako redshirt nováček v 1988. Detmer začal ten rok pouze jednu hru, ale využil příležitosti, prošel 333 yardy a pěti přistáními při vítězství 65-0 nad Novým Mexikem. Později byl jmenován nejcennější Hráč 1988 Svoboda Mísy, po vstupu do hry jako náhradník a vedoucí BYU, aby se-z-za 20-17 vítězství nad Colorado Buvoli.

Detmer se stal startérem na plný úvazek v roce 1989. On se ukázal jako jeden z nejlepších quarterbacks v národě, procházející pro 4,560 yardů a 32 přistání během pravidelné sezóny. Jeho hodnocení kolemjdoucích 175,6 vedlo NCAA a v celkovém přestupku skončil druhý za Houstonským Andrem warem. Vedl BYU na Mistrovství Západní atletické konference (WAC), první tým od roku 1985. Detmer dokončil sezónu se silným výkonem proti Penn State v 1989 Holiday Bowl, nastavení NCAA rekordy pro většinu projíždějících yardů (576) a většina yardů celkového přestupku (594) v jedné misce hře. V hlasování o Heisman Trophy skončil devátý.

Detmerova juniorská sezóna 1990 se řadí mezi největší sezóny pro quarterbacka v historii vysokoškolského fotbalu. Prošel pro 5,188 yardů a 41 přistání v 12 pravidelné sezóny hry, a dokončil rok s 42 NCAA záznamy(a svázaný pro pět dalších). Vrcholem sezóny byl BYU je 28-21 rozrušení vítězství nad top-zařadil Miami Hurricanes; Detmer vedl Pumy průchodem pro 406 yardů a tři touchdowny proti obhájci národních šampionů. Za svůj výkon v této sezóně, získal Heisman Trophy, stejně jako mnoho dalších vyznamenání, včetně Maxwell a Davey O ‚ Brien awards. On byl rozpoznán jako konsensus první tým All-American, který byl jmenován do první týmy z Associated Press, UPI, Newspaper Enterprise Association, Football Writers Association of America, Walter Camp Nadace, Football News, Scripps Howard, a Sportovní Zprávy. Bohužel pro Detmer a BYU, sezóna skončila katastrofální módy: Cougars ztratil 59-28 v jejich posledním zápase proti Havaji, pak ztratil 65-14 do Texasu&M v roce 1990 Holiday Bowl. Detmer byl vyřazen ze hry proti Texasu&M, trpí dvě oddělená ramena, která vyžadovala mimo sezónu operaci.

sezóna 1991 začala špatně pro BYU, protože pumy ztratily své první tři hry (na neutrálním poli proti # 1 Florida State a silniční soutěže proti # 23 UCLA a # 12 Penn State). Po začátku 0: 3 Detmer a BYU otočili stav. Cougars vyhráli osm přímých her, a zajistil svůj třetí po sobě jdoucí WAC championship s 52-52 kravatu proti San Diego státu ve své poslední pravidelné sezóně silniční hry. V této soutěži BYU zaostal za 45-17, než Detmer vedl comeback. Dokončil hru s 599 projíždějícími yardy a šesti touchdowny, oběma kariérními maximy. Ve své poslední hře jako Puma, Detmer prošel 350 yardů vést BYU k 13-13 kravatu proti silně favorizoval #7 Iowa v 1991 Holiday Bowl. On celkem 4,031 projíždějící yardy a 35 přistání v pravidelné sezóně hrát během jeho seniorského roku. V hlasování o Heisman Trophy skončil třetí, ale znovu získal Davey O ‚ Brien Award a také získal Sammy Baugh Trophy a dnešní Top VI Award. Navíc byl opět uznán jako konsensuální první tým All-American.

Detmer skončil svou kariéru college s následující součty: 1,530 projít pokusy; 958 dokončených; 15,031 passing yardů; 121 touchdown; 14,665 yardů total offense; 135 touchdowny zodpovědný za, a 162.7 passer rating—všechny NCAA záznamů v čase. Celkem, ukončil svou vysokoškolskou kariéru 59 záznamy NCAA a svázané pro tři další. Včetně statistik z mísových her, Detmer nashromáždil 16,206 projíždějící yardy a 127 touchdown projde na BYU. Vystudoval bakalářský obor správa rekreace. V roce 2012 byl Detmer uveden do Síně slávy vysokoškolského fotbalu.