Zanamivir byl poprvé vyroben v roce 1989 vědci pod vedením Petera Colman a Joseph Varghese na Australské CSIRO, ve spolupráci s Victorian College of Pharmacy, a Monash University. Zanamivir byl prvním z inhibitorů neuraminidázy. Objev byl původně financován australskou biotechnologickou společností Biota a byl součástí probíhajícího programu bioty na vývoj antivirových látek prostřednictvím racionálního designu léčiv. Jeho strategie se opírala o dostupnost struktury chřipkové neuraminidázy rentgenovou krystalografií. Již v roce 1974 bylo také známo, že kyselina 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminová (DANA), analog kyseliny sialové, je inhibitorem neuraminidázy.

Výpočetní chemie techniky byly použity sondy aktivní místo enzymu, ve snaze design deriváty DANO, že by se pevně vážou na aminokyselinu reziduí katalytické místo, tak by bylo účinné a specifické inhibitory enzymu. Software GRID by Molecular Discovery byl použit ke stanovení energeticky příznivých interakcí mezi různými funkčními skupinami a zbytky v katalytickém kaňonu. Toto šetření ukázalo, že v aktivním místě neuraminidázy se vyskytuje negativně nabitá zóna, která je v souladu s hydroxylovou skupinou C4 DANA. Tento hydroxyl je proto nahrazen kladně nabité aminoskupiny; 4-amino DANA bylo prokázáno, že 100 krát lepší jako inhibitor než DANO, vzhledem k tvorbě solný můstek s konzervovaným kyselina glutamová (119) v aktivním místě. Glu 119 bylo také zaznamenáno, že je na dně konzervované kapsy v aktivním místě, které je dostatečně velké, aby pojalo větší, ale základní funkční skupinu guanidinů. Výsledkem byl Zanamivir, analogový inhibitor neuraminidázy v přechodném stavu.

Jako Bioty byla malá firma, to nemá prostředky, aby zanamivir na trhu sám o sobě. V roce 1990 byla patentová práva zanamiviru licencována společnosti Glaxo, nyní GlaxoSmithKline (GSK). Licenční smlouva opravňuje společnost Biota obdržet 7% honorář za prodej zanamiviru společnosti Glaxo.

V roce 1999, byl produkt schválen pro uvádění na trh v USA a Evropě pro léčbu chřipky a a B. FDA poradní výbor doporučil poměrem hlasů 13 ku 4, že by to neměl být schválen, protože to postrádalo účinnost a byl účinnější než placebo, pokud byli pacienti na jiné léky, jako je paracetamol. Vedení FDA však výbor zamítlo a kritizovalo jeho recenzenta, biostatistu Michaela Elashoffa. Přezkum oseltamiviru, který byl v té době také ve schvalovacím procesu, mu byl odebrán a přeřazen na někoho jiného. V roce 2006 zanamivir byl schválen v USA a v Evropě pro prevenci chřipky a a B.

i když zanamivir byl první inhibitor neuraminidázy na trhu, to měl jen pár měsíců náskok před druhý účastník, oseltamivir (Tamiflu), s orální tobolky.

Když se poprvé na trh v USA v roce 1999/2000, zanamivir zachytil pouze 25% ptáků antivirové trhu, i přes obrovskou reklamní kampaň. Do konce této sezóny Tamiflu podlehl zanamiviru 3: 1. Během této sezóny se zanamivir setkal s celosvětovými bezpečnostními varováními zahrnujícími riziko bronchospasmu a úmrtí. Glaxo poté snížilo uvádění zanamiviru na trh a dominance Tamiflu se zvýšila. Zanamivir v hodnotě více než 20 milionů USD prodaný společností Glaxo v první americké sezóně byl společnosti vrácen v příštích dvou sezónách, protože jeho prodej pacientům byl mnohem nižší, než se očekávalo.

Biota zahájeno soudní řízení v roce 2004, vycházející Glaxo je snížena marketing zanamivir být porušení smlouvy. Biota si od společnosti Glaxo vyžádala zhruba 700 milionů dolarů. Po Bioty strávil čtyři roky snaží, aby se pokrok v jeho případě, a vznikly Za 50 milionů dolarů v právní náklady, společnost opustil nárok v červenci 2008, zotavuje jen 20 milionů$, včetně právních nákladů po vyrovnání na mediaci. Biota odmítla dřívější taktickou nabídku společnosti Glaxo ve výši 75 milionů dolarů plus právní náklady.

v srpnu 2006 Německo oznámilo, že v rámci své strategie přípravy proti ptačí chřipce nakoupí 1,7 milionu dávek zanamiviru. „Nákup Německa ukazuje, že země začínají zaujímat vyvážený pohled na připravenost na chřipku,“ řekl Simon Tucker, vedoucí výzkumu společnosti Biota se sídlem v Melbourne, kde byl zanamivir původně vyvinut.

v dubnu 2009 bylo v USA a Mexiku hlášeno mnoho případů prasečí chřipky (virus typu H1N1). Zanamivir je jedním z pouhých dvou léků předepsaných k léčbě. Studie zveřejněné v červnu 2009 zdůraznil naléhavou potřebu doplňování zásob oseltamiviru, s dalšími antivirotiky, včetně zanamivir, a to na základě hodnocení účinnosti těchto léků v případě, že v roce 2009 H1N1 prasečí chřipka neuraminidázy (NA) získali Tamiflu-odpor (His274Tyr) mutace, která je v současné době rozšířená v 99,6% všech testovaných sezónní H1N1 kmenů.

v lednu 2011 společnost GSK oznámila, že zahájí studie fáze III pro intravenózní zanamivir ve studii, která bude zahrnovat 20 zemí severní a jižní polokoule.