Adso fra Melk fortæller, hvordan han i 1327 som ung franciskansk novice (en Benediktiner i romanen) rejste til et benediktinerkloster i det nordlige Italien, hvor franciskanerne skulle diskutere Kristi fattigdom med pavelige udsendinge. Klosteret kan prale af et berømt scriptorium, hvor skriftkloge kopierer, oversætte eller belyse bøger. Munken Adelmo fra Otranto— en ung, men berømt manuskriptbelysning-blev mistænkeligt fundet død på en bjergskråning under et tårn med kun et vindue, der ikke kan åbnes. Abbeden søger hjælp fra Vilhelm, der er kendt for sine deduktive kræfter. Vilhelm er modvilligt tiltrukket af den intellektuelle udfordring og hans ønske om at modbevise frygt for en dæmonisk synder. Vilhelm er også bekymret for, at abbeden vil indkalde inkvisitionens embedsmænd, hvis mysteriet forbliver uløst.Vilhelm udleder hurtigt, at Adelmo begik selvmord efter at have hoppet fra et nærliggende tårn med et vindue, og at skråningen på bakken fik kroppen til at rulle under det andet tårn. Vilhelms løsning dæmper kort munkenes frygt, indtil en anden munk er fundet død, ildevarslende flydende i et kar med Svineblod. Offeret er Venantius, en oversætter af græsk og den sidste mand, der talte med Adelmo. Liget bærer sorte pletter på en finger og tungen. Oversætterens død genopliver munkenes frygt for en overnaturlig synder, frygt forstærkes, når den hellige Fransciscan friar Ubertino fra Casale advarer om, at dødsfaldene ligner tegn nævnt i Åbenbaringsbogen. I scriptoriet inspicerer Vilhelm Adelmos skrivebord, men blokeres af bror Berengar, assistentbibliotekar. Broder Malachia, hovedbibliotekar, nægter Vilhelm adgang til resten af bygningen.Vilhelm møder Salvatore, en dement pukkelrygg, og hans beskytter, Remigio da Varagine, cellarer. Vilhelm udleder, at begge var dulcinitter, medlemmer af en kættersk, militant sekt, der mener, at præster bør forarmes. Vilhelm mistænker dem dog ikke for mord, fordi Dulcinitterne er rettet mod velhavende biskopper, ikke fattige munke. Ikke desto mindre giver Remigios fortid Vilhelm indflydelse på at lære klostrets hemmeligheder at kende. Salvatore fortæller Vilhelm, at Adelmo havde krydset stier med Venantius den nat, Adelmo døde. Imens, Adso møder en smuk, Semi-vildtlevende, bondepige, der har sneget sig ind i klosteret for at handle seksuelle favoriserer for mad, og forføres af hende.vender tilbage den aften til Venantius skrivebord, Vilhelm finder en bog på græsk, og en pergament med græsk skrift, pletter af en farve Blandet af Adelmo for at belyse bøger, og kryptiske symboler skrevet af en venstrehåndet mand ved hjælp af usynlig blæk. Berengar sniger sig ind i det mørke scriptorium, distraherer Vilhelm og stjæler bogen.

Berengar findes senere druknet i et bad og bærer pletter svarende til dem på Venantius. Vilhelm fortæller sine konklusioner om, at Adelmos død faktisk var selvmord på grund af at give efter for Berengars anmodninger om homoseksuelle favoriserer. Venantius modtog et pergament fra Adelmo før Adelmos død, og Berengar er den eneste venstrehåndede mand i klosteret. Vilhelm teoretiserer, at oversætteren transskriberede de græske noter på pergamentet fra en bog, og at bogen på en eller anden måde er ansvarlig for dødsfaldene. Abbeden er ikke overbevist, og ved at brænde pergamentet informerer han Vilhelm om, at inkvisitionen — i personen til Bernardo Gui, en gammel modstander af Vilhelm fra sin tidligere tid som inkvisitor — allerede er indkaldt.fast besluttet på at løse mysteriet, før Gui ankommer, Vilhelm og Adso opdage et stort, skjult bibliotek over scriptorium. Vilhelm har mistanke om, at klosteret skjulte bøgerne, fordi meget af deres indhold kommer fra hedenske filosoffer. Gui finder Salvatore og bondepigen kæmper om en sort cockerel, mens han er i nærværelse af en sort kat. For Gui er dette ubestrideligt bevis på hekseri, og han torturerer Salvatore til en falsk tilståelse. Da både Vilhelms franciskanske brødre og de pavelige delegerede ankommer, begynder debatten. Klostrets herbalist, efter at have fortalt Vilhelm, at han har fundet en bog skrevet på græsk i sin apotek, bliver myrdet af det, der afsløres at være Malachia. Sidstnævnte narrer Remigio til at forsøge at flygte, hvilket får ham til at blive arresteret af Guis vagter og anklaget for mordene.Remigio, Salvatore og pigen indbringes for en domstol. GUI husker Vilhelm og vælger ham til at slutte sig til abbeden som domstolsdommer. Under retssagen indrømmer Remigio stolt sin dulcinite fortid, og under Guis trusler om tortur indrømmer han også fejlagtigt mordene. Vilhelm påpeger, at mordene er bundet til den græske bog, som Remigio ikke kunne læse, og advarer om, at Remigios henrettelse ikke vil afslutte mordene. Gui sørger for, at fangerne brændes på bålet, mens Vilhelm føres til Avignon. De pavelige delegerede fordømmer franciskanerne for Vilhelms stædighed og afslutter debatten.da munkene forbereder sig på at brænde Guis fanger, findes Malachia døende med sorte pletter på tungen og fingeren. Selvom Malachias død retfærdiggør Vilhelms advarsel, tager Gui det som bevis på, at Vilhelm er morderen og beordrer hans anholdelse. På flugt fra Guis vagter går Vilhelm og Adso ind i det hemmelige bibliotek og står ansigt til ansigt med den blinde ærværdige Jorge, den ældste beboer i klosteret. Efter at have afkodet linjerne på oversætterens pergament kræver Vilhelm, at Jorge afleverer den bog, som de døde mænd havde læst: Aristoteles ‘ anden poetiske bog om komedie. Jorge hader latter, tænker det underminerer troen på Gud, og en bog om latter skrevet af Arisotle vil kun bringe latter til de vise mænd, og underminere troen blandt dem af læring. For at forhindre det dræbte Jorge dem, der havde læst bogen ved at forgifte dens sider. Jorge giver bogen til Vilhelm og tænker, at han også vil lide giften. Når Vilhelm afslører, at han har handsker på, tager Jorge fat i bogen og starter derefter en flamme, der hurtigt opsluger biblioteket. Vilhelm bliver tilbage, forsøger at redde nogle af bøgerne og opfordrer Adso til at forlade. Jorge dræber sig selv ved at indtage de giftbelagte sider.

når man ser ilden, forlader munkene fangerne, så de lokale bønder kan redde pigen, selvom Salvatore og Remigio dør. Adso jager Gui, der formår at undslippe ham, men bønderne skubber sin vogn ud af en klippe og impalerer ham. Da Vilhelm og Adso rejser, møder Adso pigen, stopper i et par sekunder, men vælger til sidst at gå med Vilhelm. Den meget ældre Adso siger, at han aldrig fortrød sin beslutning, da han lærte mange flere ting fra Vilhelm, før deres veje skiltes. Han siger også, at pigen var den eneste jordiske kærlighed i sit liv, men han lærte aldrig hendes navn.