den position, der er udviklet i arbejdet med frihed, danner grundlaget for Schellings senere filosofi, der dækker tiden fra 1810 til hans død, som kun er kendt gennem et udkast til det upublicerede værk Veltalter (skrevet i 1811; verdens aldre) og gennem manuskripterne til hans senere foredrag. Schelling ønskede at fortælle om Guds historie. Gud, der oprindeligt er optaget af en stille længsel, kommer til sig selv ved at skimte i sig selv ideer, gennem hvilke han bliver bevidst om sig selv. Denne selvbevidsthed, som er identisk med frihed, gør det muligt for Gud at projicere disse ideer fra sig selv—dvs.at skabe verden.

Schellings udnævnelse til universitetet i Berlin i 1841 gav ham endnu en gang mulighed for at udvikle offentlighedens interesse for sine forestillinger. Den daværende preussiske konge, Frederik Vilhelm IV, håbede, at Schelling ville bekæmpe den såkaldte dragon ‘ s seed of Hegelianism i Berlin, hvor Hegel havde arbejdet indtil sin død i 1831. Schellings første foredrag i Berlin manifesterede hans selvbevidsthed. Schelling erklærede, at han i sin ungdom havde åbnet en ny side i filosofiens historie, og at han nu i sin modenhed ville vende denne side og starte endnu en nyere. Sådanne bemærkelsesværdige som Friedrich Engels, S. Kurrren Kierkegaard, Jakob Burckhardt og Mikhail Bakunin var i hans publikum. Schelling havde imidlertid ingen stor succes i Berlin. Desuden blev han forbitret, da hans foredrag blev plagieret af en modstander, der ønskede at forelægge den positive filosofi om Schelling, som nu endelig blev afsløret i disse foredrag, for offentligheden til undersøgelse. Schelling indledte en retssag, men tabte sagen. Han trak sig tilbage og holdt op med at undervise.

Indholdet af disse afsluttende forelæsninger repræsenterede imidlertid højdepunktet i Schellings kreative aktivitet. Schelling delte filosofien i en negativ filosofi, der udviklede ideen om Gud ved hjælp af fornuft alene, og i modsætning hertil en positiv filosofi, der viste virkeligheden af denne ide ved at redegøre efterfølgende fra verdens kendsgerning til Gud som dens skaber. Schelling forklarede derefter (med henvisning til sit arbejde med frihed), at mennesket, der ønskede at være lig med Gud, stod op mod Gud i sit fald i synd. Gud blev dog snart ophøjet igen som princippet. I mytologiens æra optrådte Gud som en mørk magt. I åbenbaringens æra, imidlertid, Gud opstod i historien som åbenlyst reel i Kristi skikkelse. Således bør religionens komplette historie formidles gennem filosofisk tanke.