i 1885, efter hans virksomheds fald, sluttede den 35-årige Reyes sig til hæren for at kæmpe i borgerkrigen i 1885, og på grund af hans mod og dygtighed i krigsførelse blev han forfremmet til General kort efter. Lige midt i krigen gav præsident Rafael nu ham ansvaret for at lede operationer for at erobre Panama som en del af det colombianske territorium; missionen var oprindeligt under kommando af divisionens general, Gral. Miguel Montoya, men Reyes var den, der havde kommandoen. En søoperation blev modregnet fra Buenaventura til Panama, hvor Reyes måtte genvinde en gammel ponton ud af korrosion for at kompensere for manglen på skibe i hans flåde og være i stand til at flytte sine tropper; bedrift kendt som “Pontonens eventyr”. Da ekspeditionen ankom til Panam, genoprettede de den civile og militære myndighed, og et par dage senere forlod al amerikansk styrketilstedeværelse isthmus. Reyes præsiderede over et talt krigsråd, der resulterede i henrettelsen af Antoine Petricelli fra Haiti og den jamaicanske George Davis, alias “Cocobolo”, begge holdt ansvarlige for forbrændingen af Col Larsn, Panama City.

Pedro Prest Kristn, også skylden for Collirn, Panama storbrand, blev hængt den 18.August, tre måneder efter et krigsråd ledet af Pedro Nel Ospina; ikke desto mindre faldt alt ansvar på Reyes. I mellemtiden arbejdede præsident Rafael nu med at etablere en fast og centraliseret organisation i staten.

med de radikale Liberales nederlag og Det Konservative Partis stigning til magten, der søgte en ny centraliseret lovforfatning, blev forfatningen fra 1863 afskaffet og ledet af præsident Rafael nu til forfatningen fra 1886, som ville være i reglen i de næste hundrede år. Den 11. November 1885, da den nationale konstituerende forsamling blev oprettet, fik Reyes plads, men hans deltagelse i Magna Carta var på en eller anden måde uheldig på grund af det faktum, at Miguel Antonio Caro modsatte sig de fleste af hans bevægelser.

i 1887 gav regeringen Reyes en “fortrolig opgave” i Europa: at få nogle kreditter og lån; opgave, som ikke lykkedes, men da han vendte tilbage, udnævnte nu ham til udviklingsminister. I 1888 vendte han tilbage til sine personlige aktiviteter og købte Andorra ranch, i nærheden af Tocaima, hvor landbruget gav ham tilbage sin tidligere mistede rigdom. I 1890 blev han valgt til senator og løb til Vicepræsidentskabet i Colombia i 1892, men tabte i afstemningerne. Fem år senere deltog han i borgerkrigen i 1895, og senere samme år blev han udnævnt til Regeringsminister af præsident Miguel Antonio Caro, på trods af et gammelt fjendskab mellem dem, der gik tilbage til den konstituerende forsamlings tider.

i 1896, i de dage, hvor Reyes havde chancer for at være præsidentkandidat, besluttede Caro at sende ham til Paris som ambassadør for Colombia, som holdt ham væk fra præsidentløbet i præsidentvalget i 1898; og også blande sig i hans engagement i tusind dages krig.siden 1902 har Reyes boet i USA, mens de arrangerede og arrangerede alt til præsidentvalget i 1904.i 1904 gav Josh Manuel præsident ham opgaven med at sammensætte en hær på hundrede tusinde frivillige til at kæmpe og vinde Panam tilbage. Tre generaler var sammen med ham i denne mission: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero og Jorge Holgu Kirstn.

på grund af efterretningsoplysninger, der ankom til Bogota vedrørende bevægelse og arrangement af nye amerikanske slagskibe i Stillehavet og Caribien, flyttede Colombias tilgang væk fra krigsførelse til en mere diplomatisk måde at gøre ting på; det faktum, at Majblomsten, det nordamerikanske flagskib i Atlanterhavet og andre ti skibe bevogtede begge oceaner for at hindre colombianske tropper i at gå af og beskytte isthmusens oprør, fik tingene til at læne sig mod diplomati og afværge at gå i krig mod USA.

colombianske tropper fik lov til at gå af, takket være statssekretær, John M. Hay, der bemyndigede dem til at sætte fod ved Colli til USA.efter at have lært, at Hay-Banu-Varilla-traktaten med Panama var blevet underskrevet, opløste Reyes den diplomatiske kommission og opgav enhver indsats for at engagere sig i militær konfrontation mod De Forenede Stater; fra USA skrev han:

22.December. Enhver form for væbnet konfrontation med USA skal undgås, ikke besætte Panamansk territorium. Saml i Panama, 40 krigsdampe. Overhængende risiko for krig, Medellin, Bogota… forfærdelig situation.

Reyes tropper ventede på generalens ordrer om at marchere ned i Panam-karrusellen.staten Panama trak sig ud af Colombia den 3.November 1903 under administrationen af præsident Josh. De panamanske tropper, hjulpet af militære rådgivere og tropper fra Amerikas Forenede Stater, havde erklæret deres uafhængighed. Denne handling blev støttet af præsident Theodore Roosevelt, der havde udtrykt interesse for at opbygge en interoceanisk kanal i denne strategiske region. Der havde været en traktat mellem Colombia og Amerikas Forenede Stater, Hay–Herr Kurtn-traktaten, underskrevet den 12.januar 1903, hvorved De Forenede Stater ville finansiere, lede og føre tilsyn med opførelsen af kanalen.i præsidentkampen i 1904, som ikke havde nogen liberale kandidater, løb Reyes mod en anden Konservator; General Joaku.