Lott blev valgt i første runde (8.samlet) af NFL-udkastet fra 1981 af San Francisco 49ers. Niveauet af færdigheder demonstreret af 6-fods, 203-Pund standout blev øjeblikkeligt genkendt, og fra starten af træningslejren havde han jobbet som 49ers’ start venstre cornerback. I sin rookie-sæson i 1981 indspillede han syv aflytninger, hjalp 49ers med at vinde Super skål og blev også kun den anden rookie i NFL-historien, der returnerede tre aflytninger til nedslag. Hans fremragende spil resulterede i, at han blev nummer to for rookie of The Year Honours, bag nye giganter linebacker Laurence Taylor.

Lott skiftede til sikkerhedspositionen i 1985. Han fik spidsen af sin venstre pinky finger amputeret efter sæsonen 1985, da den blev knust, mens han tacklede at løbe tilbage Timmy Nysome, og en knogletransplantationskirurgi ville ikke have tilladt ham at starte sæsonen 1986. En skade udelukkede ham til sæsonens sidste to kampe i 1986, men han førte stadig ligaen med en karriere-bedste 10 aflytninger, mens han optog 77 tacklinger, tre tvungne fumbles og to kvartals sække. I sine 10 år med 49ers hjalp Lott dem med at vinde otte divisionstitler og fire Superskåle: 1981 sæson, 1984, 1988 og 1989. Han er en af fem spillere, der var på alle fire 1980 ‘ erne 49ers Super skål vinder. De andre fire er Joe Montana, linebacker Keena Turner,cornerback Eric og bred modtager.efter sin karriere i San Francisco underskrev Lott som friagent i 1991 med Los Angeles Raiders og i 1993 med Jets. I 1991 førte han ligaen i aflytninger (8) for anden gang. Lott underskrev en fri agentaftale med Kansas City Chiefs i 1995, men blev såret i preseason. Han vendte tilbage til 49ers i 1995, men de skader, han havde lidt i løbet af de foregående fire sæsoner, fortsatte med at plage ham, og han meddelte sin pensionering, før sæsonen begyndte. Han blev valgt til Pro Football Hall of Fame i 2000, hans første år af berettigelse, og blev også udnævnt til NFLs 75-års Jubilæumsteam i 1994 og 100-års Jubilæumsteam i 2019.i sine 14 NFL-sæsoner indspillede Lott 8,5 sække og 63 aflytninger, som han vendte tilbage til 730 yards og fem nedslag. Han genvandt 17 fumbles, returnerede dem til 43 yards og fik 113 yards på kickoff returns. Lott spillede også i 20 postseason spil, optagelse ni aflytninger, 89 tackler, en tvungen fumble, en fumble opsving, og to nedslag. Derudover blev han navngivet All-Pro otte gange, All-NFC seks gange og All-AFC en gang. Ud over statistikker havde Lott en uhyggelig bevidsthed om, hvordan et spil udviklede sig, hvilket gjorde det muligt for ham at bryde op og få et ry som en af de sværeste og mest effektive open-field tacklere i ligaens historie.