Southeastern University blev grundlagt i 1935 i ny Brockton, Alabama af Assemblies of God Alabama District superintendent J. C. Thames og andre sydøstlige distriktsledere som Alabama Shield of Faith Institute. Det blev omdøbt til South Eastern Bible Institute (SEBI) i 1936. Oprindeligt beliggende i en tidligere gymnasiebygning i ny Brockton, Alabama, åbnede den sine døre for studerende den 4.November 1935 under ledelse af fire fakultetsmedlemmer. To år senere, i maj 1937, blev de første gradueringsøvelser afholdt. Sytten studerende modtog eksamensbeviser for det toårige akademiske program.SEBI fortsatte undervisningen i ny Brockton indtil 1940, da der blev truffet en beslutning om at konsolidere skolen med Beulah Heights Bible Institute i Atlanta, Georgien. Skolen var kendt fra 1940 til 1942 som Beulah Heights—South-Eastern Bible Institute. I efteråret 1942 accepterede distriktssuperintendenterne i de sydøstlige distrikter invitationen fra Pastor Ralph Byrd og hans menighed til at flytte skolen til et andet sted i Atlanta, hvor den igen blev omdøbt til SEBI. I 1946 stemte skolens bestyrelse for at sikre en permanent placering for den fulde udvikling af skolen. En ny campus placering blev købt senere samme år i Lakeland, Florida. Atlanta campus blev solgt, og udviklingen af det nye sted begyndte. Studenterkropsvæksten fortsatte på den nye Central Florida campus sammen med det akademiske program.

SEBI blev sydøstlige bibelskole i 1956, da skolen begyndte at tilbyde fireårs, bachelor uddannelser. Efter tilføjelse af uddannelsesgrader ændrede kollegiets bestyrelse Skolens navn til Southeastern College of the Assemblies of God i 1977. I 1986 blev Southeastern tildelt regional akkreditering af Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Akkrediteringen blev bekræftet i 1991, 2001 og 2011. I 2005 blev Southeastern College officielt Southeastern University og begyndte at tilbyde sine første kandidatuddannelser og dannede colleges of arts and sciences, business, Christian ministries and religion og education. Siden da har universitetet også dannet colleges of behavioral and social sciences og natural and health sciences. I 2014 begyndte det sit første ph. d. – program, EdD.

i 2011 foretog Southeastern flere initiativer, hvilket resulterede i hurtig vækst. Fra 2.500 studerende i 2012 udvidede skolen til 4.538 i efteråret 2015, en vækstrate på 78% siden 2011. I 2012 godkendte Southeastern tilføjelsen af et sygeplejeprogram og tilføjelsen af et college fodboldhold. Fodboldudvidelsen omfattede opførelsen af et stadion med plads til 3.500 tilskuere og et atletisk træningscenter. Southeastern Fire fodboldhold spillede deres første hjemmekamp i efteråret 2014. Også i 2014 åbnede skolen nye baseball-og fodboldfaciliteter. I 2015 begyndte byggeriet på flere nye akademiske bygninger, et nyt Atletisk kompleks inklusive et gymnastiksal og en 8-sporet bane. I efteråret 2015 åbnede Southeastern en ny bygning på 27.000 kvadratmeter natur-og Sundhedsvidenskab. Den nye facilitet inkluderer et auditorium, kemilaboratorier, computerlaboratorier, eksamenslokaler, patientplejerum, og et sygeplejesimulationslaboratorium. Sommeren 2015 blev nedrivningen af Spence Hall, Lindsey Science Building og Music Hall for at gøre plads til Live/Learn-anlægget, kendt som Buena Vida. Det 125.000 kvadratmeter store anlæg blev afsluttet i efteråret 2016 og inkluderer klasseværelser, fakultetskontorer, studenterboliger og en madret. Det første segment af Buena Vida, kor-og Øvelseshallen, åbnede i September. De samlede omkostninger ved udvidelsesprogrammet vil være mellem $25 og $50 millioner.

Southeastern tilbyder 55 bachelorgrader, 16 kandidatgrader og to doktorgrader. Siden præsident Kent J. Ingle kom til det sydøstlige i 2011, har universitetet lanceret 80 udvidelsessteder over hele landet, en stigning fra det foregående års 50 udvidelsessteder. De steder er i 29 stater, herunder Florida, som har 19. De grader, der tilbydes på stederne, inkluderer en række associerede, bachelor-og en kandidatgrad i ministerium og ledelse.