Merritt skabte og spiller hovedroller i båndene magnetfelterne, 6ths, de gotiske Arkier og fremtidige Bibelhelte. Han brugte kort navnet Baudelaire Memorial Orchestra som en tilskrivning til en sang skrevet til Lemony Snicket ‘ s en række uheldige begivenheder med titlen “Scream and Run væk”. Yderligere musik blev indspillet til lydbogversionerne af serien og tilskrives de gotiske Arkier. Den tragiske statskasse blev frigivet af Nonesådanne poster i oktober 2006 sammen med den 13.og sidste bog i serien.

under sit eget navn indspillede og udgav han lydsporene til filmene Eban og Charley og stykker af April. Soundtracket til Nickelodeon viser Pete ‘ s eventyr & Pete indeholdt mange af hans sange.

han og instruktøren Chen Shi-Jeng har samarbejdet om tre stykker musikteater; The Orphan of Jao (2003), Peach Blossom Fan (2004) og My Life as a Fairy Tale (2005). Udvalgte numre fra disse værker er blevet udgivet på Nonesuch Records under titlen Vistunes.derudover er han en tredjedel af det sjældne, kun live-ensemble de tre rædsler, hvis andre hovedmedlemmer inkluderer 69 Love Songs Dudley Klute og LD Beghtol. Tidligere temaer for disse forestillinger har inkluderet fransk popmusik, filmtemaer (inklusive titelsangen fra Deep Throat), beruselse og Ny York City. Kenny Mellman (af Kiki & Herb), James Jacobs, Daniel Handler, Jon DeRosa og andre har optrådt med de tre rædsler ved disse sporadiske gallahændelser.

Merritt skrev og sang “Jeg er på en ensom måde” i en TV-reklame for Volvo, der blev sendt i sommeren og efteråret 2007. Han udførte også “Hjulene på bilen”.Merritt skrev musikken og teksterne til en musikalsk tilpasning fra 2009 af Coraline, en roman af Neil Gaiman. I MCC Theatre-produktionen udføres hans musik af et klaver “orkester” – komplet med et traditionelt klaver, et legetøjspiano og et forberedt klaver (et klaver, der har fået sin lyd ændret ved at fastgøre genstande – såsom tinfolie, gummibånd og spillekort – til strengene).

han producerede en score for stumfilmen 20.000 ligaer under havet, der blev udført på Castro Theatre, San Francisco den 4.maj 2010 som en del af San Francisco International Film Festival.