svaneøerne blev opdaget af Christopher Columbus i 1502 og navngivet Islas de las posas. I det 18.århundrede blev de omdøbt til Svaneøerne efter Kaptajn Svane, kaptajnen på Cygnet, som pirater fangede og tvang til at slutte sig til dem.

amerikanske iværksættere begyndte først at eksportere guano som gødning i 1840 ‘ erne. Det amerikansk ejede, Ny York-City-hovedkvarter “Atlantic and Pacific Guano Company” blev etableret i 1840 ‘ erne og begyndte at eksportere gødning baseret på guano indsamlet på Svaneøerne. I 1856 hævdede USA tilsyneladende øerne. I April 1857 hævdede John Valentine hvid øerne i kraft af Guano Islands Act; senere samme år overførte han al interesse for disse øer til Charles Sterns, Joseph Fabens og Duff Green. Messers Sterns, Fabens og Green indarbejdede Atlantic and Pacific Guano Company, der udstedte 50.000 aktier til en pris på $100 hver for en samlet kapitalisering på $5.000.000 i 1858. Virksomheden udstedte endda valuta, underskrevet af H. C., I 25-cent, 50-cent og en-dollar pålydende værdi den 1.juni 1867 for at lette handel på øerne.

efterfølgende købte et kemisk selskab øerne, men blev insolvent. Kaptajn Adams sejlede der i 1893 og overtog øerne; i 1904 tildelte han ejerskab til Svaneøen Commercial Company. Dette selskab lejede en del af Great Svaneøen til United Fruit Company, der voksede kokospalmer og oprettede en trådløs radiorelæstation til service af deres Caribiske flåde, men til sidst opgav lejekontrakten. Svaneøen Commercial Company leverede orkanovervågningsdata fra 1928 til 1932. Det amerikanske Vejrbureau bemandede en orkan vejrstation på stor svane fra 1938 og fremefter, men bemandede den kun i orkansæsoner.under Anden Verdenskrig stationerede både den amerikanske flåde og det amerikanske Vejrbureau personale på øen. I slutningen af 1940 ‘ erne indtil 1949 blev Svaneøen en US Department of Agriculture dyrekarantænestation til import af oksekød. I 1914 oprettede Federal Aviation Agency (FAA) meteorologiske og kommunikationsaktiver på svane til støtte for luftfartstjenester og orkan-forudsigelsesaktiviteter. FAA forlod Svaneøen i 1960 ‘ erne og efterlod NV alle aktiver og ansvarsområder. Honduras hævdede disse øer fra 1923 og hævdede, at fordi Columbus havde opdaget øerne, mens de sejlede til Spanien, skulle de ejes af det nærmeste spansktalende land. Både USA og Honduras hævdede Svaneøerne, indtil USA droppede sit krav i henhold til Guano Islands Act. En traktat blev underskrevet den 22. November 1971, og klar titel af Honduras trådte i kraft den 1.September 1972. Ejerskabet af øen havde længe været i strid. Sumner Smith-familien har altid opretholdt deres ejerskab og, tilsyneladende, havde noget stående i U.S. domstole. Ikke desto mindre valgte den amerikanske regering at opgive sit krav på trods af denne status (ref. D S Platt, et al., NOAA-NV). Øerne blev kendt i begyndelsen af 1960 ‘ erne fra aktiviteterne i Radio svane, som begyndte at sende i maj 1960 under forberedelsen til og senere opførelsen af Svinebugtens Invasion af Cuba. Stationen blev fjernet fra øerne i slutningen af 1960 ‘ erne, og dens hovedsender blev derefter overført til brug i Vietnamkrigen.i 1965 afhørte Politiet en tidligere Bellaire High School-studerende om hans rolle i en teenage – “hær” dedikeret til at befri “undertrykte lande”, rapporterede Houston Chronicle. Gruppen, kaldet Kononiers, havde eksisteret i omkring fem år, fortalte den studerende avisen, og blev bevæbnet gennem en række indbrud i Deep River Armory store. Våbnene blev taget til Addicks Reservoir-området, hvor de trænede til kamp. De unge trænede til “Operation Liberation Svaneøen” ud for Honduras.i 1987 blev den Los Angeles Times rapporterede, at CIA og andre amerikanske regeringsorganer havde en skjult træningsfacilitet på Svaneøen Til Nicaraguanske Contras. I 1989 erklærede præsidenten for Honduras, Rafael Leonardo Callejas, øen som et beskyttet vildtlevende tilflugtssted.i oktober 1998 bevægede orkanen Mitch sig gennem området med vinde på 290 km/t (180 mph).

i 2001 annoncerede Svaneøen udvikling, LLC, af Brooksville, Florida, planer om at udvikle Svaneøerne inden 2010 i partnerskab med Honduras regering. Luksus fast ejendom og hoteller, værdiansat til fem milliarder dollars, blev forestillet med en hovedby ved navn Cygnet. I 2004 annoncerede Svaneøen udvikling også planer om at etablere et menneskeligt stamcelleforskningscenter. Fra 2021, hvoraf ingen er sket.