efter at være blevet holdt i isolation, frigives Thomas til sidst af Janson (kaldet “Rat Man”), som er assisterende direktør for onde (verden i katastrofe-Eksperimentafdeling). Janson fortæller Gladers (gruppe A) og gruppe B, at det meste af deres antal er immune over for Flare, men nogle, hvis navne han læser, er ikke immune, inklusive Salamander. Gladers tilbydes chancen for at fjerne mind-control chips i deres hoveder og genoprette deres minder, men på bekostning af Thomas evne til at kommunikere telepatisk med Teresa og Aris. Kun Thomas, Minho og ny vælger ikke at gennemgå operationen, da de ikke stoler på onde, og Thomas vil ikke vide, hvem han var, da han hjalp med at skabe labyrinten. Alle tre flygter fra onde ved hjælp af Brenda og Jorge, før deres chips fjernes.

Brenda og Jorge afsløres at arbejde for onde. Thomas føler sig oprindeligt forrådt, men Brenda overbeviser ham om at tilgive hende. Kort efter opdager Gladers, at alle, der havde gennemgået hukommelsesgendannelsen, opgav dem. Thomas giver ham en note og beder ham om at åbne den ” når tiden er inde.”De fem rejser derefter til Denver for at finde Hans, en tidligere ond forsker, der kan fjerne deres tankekontrolchips. Der leder en mand i en sort dragt dem til en adresse, hvor Gally venter på dem. Gally har tilsluttet sig oprørsgruppen den højre Arm og forklarer, at ugudelige fanger enhver immun, som den kan finde for at forberede en anden cyklus af prøvelserne. Han afslører også, at der i de forfaldne byer bor mange, der lider af Flare, men tager det ulovlige stof Bliss, hvilket bremser hjernens funktion og hjælper med at lindre den smerte, som krumtap føler fra Flare.

gruppen finder Hans, der fjerner minhos kontrolchip. Men ugudelige bruger Thomas chip til at tvinge ham til at modstå proceduren. Brenda, Jorge og Minho skal holde ham nede, så Hans skal udføre operationen. Bagefter besøger gruppen en cafekrus, hvor en sikkerhedsvagt griber Thomas for at sælge ham til dusørjægere, der vil føre ham til onde. Janson griber ind i en holografisk, sender et politibil for at redde Thomas og fortæller ham, at han skal vende tilbage til onde “for at redde Salamander.”Thomas og hans venner finder ud af i en note, at Salamanca er blevet ført til krumtapene. Minho overbeviser dem om at gå til Denver Crank Palace for at redde Salamanca, hvor de bestikker vagterne for at komme ind. Når de mødes, beordrer han dem vredt til at forlade, og de andre krumtap jager dem ud. Thomas husker derefter nyts note, læser den og opdager, at han havde bedt Thomas om at dræbe ham. Thomas fortvivler over ikke at have læst noten tidligere.efter at have vendt tilbage til Denver, ser Thomas, at han er bukket under for Flare. Thomas svarer på hans anbringender ved at skyde ham i hovedet som en barmhjertighedshandling. Gruppen opdager derefter, at Teresa og de andre Immuner er blevet fanget. Efter at have slået vagterne ud, opdager de, at vagterne blev ledet af Vince, lederen af højre Arm, der forklarer, at de infiltrerer UGUDELIGS hovedkvarter. Inde, Thomas opdager, hvordan Janson forsøgte at bruge sit forsøg på “at redde ny” til at samle data til kuren ved at undersøge den fysiske struktur i Thomas hjerne, som ville dræbe ham. Thomas er tvunget til at begynde den dødbringende hjernekirurgi, men formår at plante en enhed, der deaktiverer ondes våben, som gør det muligt for højre Arm at begynde at storme anlægget.Thomas vågner op for at finde en note fra kansler Ava Paige, lederen af ugudelige, der forklarer, at der allerede er nok ressourcer fra forsøgene til at lave en plan for kuren, og derfor er hans hjerne ikke nødvendig. Paige afslører placeringen af Immunerne “solgt” af højre Arm for at få adgang til onde, og hun giver anvisninger til et “sikkert sted”, hvor Thomas skulle tage dem alle. Thomas og hans venner går igen ind i labyrinten og finder de tilfangetagne Immuner. Imidlertid lærer de, at den højre Arm har til hensigt at ødelægge, snarere end at besætte, onde hovedkvarter. Eksplosioner rock labyrinten, og faldende vragrester dræber nogle af de Immunes, der er inde. Udløst af opstyret kommer de sørgende ud af lageret, men Teresa viser Thomas, hvordan man lukker dem ned. Thomas finder en bagdør; som viser sig at være en flad Trans. De begynder at hyrde Immunbørn gennem den flade Trans, men før Thomas og hans venner kan flygte, Janson og sikkerhedsvagterne hjørne dem. De starter en kamp, der slutter, når Thomas kvæler Janson ihjel. Imidlertid dør Teresa også af faldende affald i et forsøg på at redde Thomas liv. På flugt fra bygningen undslipper Immunerne gennem den flade Trans, der fører til et frodigt paradis.

epilogen fortælles af Paige. Hun afslører, at efter de katastrofale soludbrud blev Flare bevidst oprettet og frigivet af regeringen som en form for befolkningskontrol. Men regeringen og ugudelige befandt sig ude af stand til at kontrollere pesten. Paige indså, at de aldrig ville være i stand til at finde en kur mod Flare, og at ugudeliges indsats var forgæves. Hun indså, at det eneste håb om at forhindre menneskehedens udryddelse var for Immunes at starte deres eget samfund væk fra resten af verden. Hun udtænkte en plan med Brenda og Jorge om at sende dem til et sikkert sted, så de kunne genoprette den menneskelige civilisation, og så sagde hun: “ond er god.”