i 1868 blev den middelalderlige by Edo, sæde for Tokugavas regering, omdøbt til Tokyo, og kontorerne i Tokyo Prefecture (-fu) blev åbnet. Omfanget af Tokyo-præfekturet var oprindeligt begrænset til den tidligere Edo-by, men blev hurtigt udvidet til at være sammenlignelig med den nuværende Tokyo-Metropol. I 1878 blev den Meiji-regeringens omorganisering af lokale regeringer opdelt præfekturer i amter eller distrikter (pistol, yderligere opdelt i byer og landsbyer, senere reorganiseret svarende til preussiske distrikter) og distrikter eller afdelinger (ku) som var i almindelige præfekturer byer som helhed, f.eks. dagens Hiroshima By (- shi) var dengang Hiroshima-ku; De tre større byer i Tokyo, Osaka og Kyoto blev hver opdelt i flere sådanne afdelinger. I Tokyo-præfekturet skabte dette 15 afdelinger (anført nedenfor) og seks amter/distrikter.

i 1888 oprettede centralregeringen den juridiske ramme for det nuværende system af byer (shi), der gav nogle grundlæggende lokale autonomirettigheder – med nogle ligheder med Preussens system for lokalt selvstyre som Meiji regeringsrådgiver Albert Mosse stærkt påvirket organiseringen af lokale myndigheder. Men under en særlig kejserlig regulering opretholdt Tokyo City, ligesom Kyoto City og Osaka City, oprindeligt ikke en separat borgmester; i stedet fungerede den (udnævnte) guvernør i Tokyo-præfekturet som borgmester i Tokyo City. Tokyos byråd / forsamling (T. K. K. K.-Shikai) blev først valgt i maj 1889. Hver menighed bevarede også sin egen Forsamling. By – og præfekturregeringen blev adskilt i 1898., og regeringen begyndte at udpege en separat borgmester i Tokyo City i 1898, men bevarede lovgivningen på menighedsniveau, som fortsætter den dag i dag i det særlige menighedssystem. Fra 1926 blev borgmesteren valgt af det valgte byråd/forsamling fra sine egne rækker. Rådhuset i Tokyo var placeret i Y-Kurrakuch-distriktet, på et sted, der nu er besat af Tokyo International Forum.

Tokyo blev den næststørste by i verden (befolkning 4,9 millioner) efter at have absorberet flere fjerntliggende distrikter i juli 1932, hvilket gav byen i alt 35 afdelinger.i 1943 blev byen afskaffet og fusioneret med Tokyo-præfekturet for at danne Tokyo Metropolitan Government, som funktionelt var en del af Japans centralregering: guvernøren i Tokyo blev en Kabinetminister, der rapporterede direkte til premierministeren. Dette system forblev på plads indtil 1947, da den nuværende struktur i Tokyo Metropolitan Government blev dannet.