da Indira opfordrede til valg i januar 1977, tabte hun til Raj Narain fra Rae Bareillyog med mange oppositionsgrupper, herunder Kongressen (O), sluttede sig til mangeårige rivaler, regionale partier og blokke af rivaliserende ideologier for at danne Janata-partiet. Det vandt 356 pladser, tæt på 2/3 flertal, og for første gang siden uafhængighed blev det regerende Kongrespartis dominans brudt. Morarji Desai kom endelig til embedet som premierminister, da Jaiprakash Narayan valgte ham som den mand, der mest sandsynligt ville holde koalitionen samlet.

på det tidspunkt var han 81 år gammel, men stadig sund og kraftig uden særlige lidelser.

premierminister
Desai ledede en splittet koalitionsregering og opnåede således ikke meget på grund af kontinuerlig krangel og meget kontrovers. Uden parti i ledelse af koalitionen kæmpede rivaliserende grupper for at frigøre Desai. Kontroversielle forsøg med fremtrædende kongresledere, herunder Indira Gandhi over misbrug i Nødtiden forværrede formuerne for hans administration. Desai arbejdede for at forbedre forholdet til nabo og ærkerival Pakistan og gendannede normale forbindelser med Kina for første gang siden krigen i 1962. Han kommunikerede med Kina og etablerede venskabelige forbindelser, og diplomatiske forbindelser blev også genoprettet med Kina. Hans regering fjernede mange ændringer til forfatningen under nødsituationer og gjorde det vanskeligt for enhver fremtidig regering at indføre national nødsituation.siden Indiens første atomprøvesprængning i 1974 holdt Desai Indiens atomreaktorer med angivelse af “de vil aldrig blive brugt til atombomber, og jeg vil sørge for, om jeg kan hjælpe det”. I 1977 solgte Carter-administrationen Indien, tungt vand og uran til sine atomreaktorer, men krævede Amerikansk inspektion på stedet af nukleare materialer. Desai afviste og så den amerikanske holdning som modstridende i lyset af sit eget nukleare arsenal.

pensionering& død i 1979 trak Raj Narain og Charan Singh sig ud af Janata-partiet og tvang Desai til at træde tilbage fra embedet og trække sig tilbage fra politik i en alder af 83 år. Desai kæmpede for Janata-partiet i 1980 parlamentsvalg som seniorpolitiker, men bestred ikke valget selv.

i pensionering boede han i Bombay og døde i en alder af 99 år. Han var blevet hædret meget i sine sidste år en frihedskæmper af sin generation.Kanti Desai, Morarji Desais søn, blev ofte kritiseret for at være korrupt og bruge sin fars navn som en indflydelse. Under Desais pensionering blev familien udvist fra deres lejlighed i ‘Oceanea’ – komplekset i Mumbai ved en retskendelse udstedt af Justice Chandrachud. Sharad Pavar, daværende chefminister for Maharashtra, forsynede ham med permanent Regeringsbolig i Mumbai indtil sin død.

det er bisarr, men sandt, at Morarji Desai oftest huskes for sin forkæmper for urinterapi. Han fortalte journalisten Khushvil Singh, at han blev rådet til at prøve at drikke sin egen urin, da han var i 40 ‘ erne for at helbrede bunker (hæmorroider), og han fik øjeblikkelige resultater. Derefter fortsatte han praksis og var helt åben om det, siger, at du ikke skal gøre noget, du ville skamme sig over.Morarji Desai var en streng tilhænger af Mahatma Gandhis principper og en moralist.

fejde med R&å Morarji Desai havde beskrevet forsknings-og Analysefløjen (R&å), Indiens eksterne efterretningsbureau, som den Prætorianske vagt for Indira Gandhi og havde lovet at stoppe alle aktiviteter i R&å efter at være blevet premierminister. Han lukkede meget af agenturet og reducerede dets budget og operationer. B. Raman, den tidligere leder af Terrorbekæmpelsesafdelingen i R&av og bemærkede sikkerhedsanalytiker, afslører, at Morarji Desai i et ubevogtet øjeblik indiskret fortalte den pakistanske præsident, at han var opmærksom på Islamabads nukleare ordninger.det er underforstået, at Moshe Dayan blev sendt på en mission for at gå i forbøn med Morarji Desai om tilladelse til at gøre det muligt for Israelske Tankskibsfly at lande brændstof og starte fra en IAF-base i Gujrat, der støtter en mission, som Israelerne planlagde, at ødelægge Pak-nukleare anlæg og derefter komme op, som de havde gjort i Osirak i Irak. Dayan blev forklædt som en Sikh gentleman på et privat besøg til formålet. Anmodningen blev afvist, og missionen blev ikke realiseret.

Social Service Morarji Desai var en sand Gandhian tilhænger, socialrådgiver, institution bygherre og en stor reformator. Han var kansler for Gujarat Vidyapith (Universitet oprettet af Mahatma Gandhi). Selv i sin periode som premierminister plejede han at besøge og bo på Vidyapith i oktober måned. Han eksemplificerede enkelhed og plejede selv at skrive postkort, selv når han havde premierministerens kontor. Sardar Patel deputerede ham til at afholde møder med landmænd i Kaira-distriktet, hvilket endelig førte til oprettelsen af Amul Cooperative movement. Under hans styre trak han indgreb i det offentlige distributionssystem tilbage, og rationeringsbutikker gik bogstaveligt talt tabt på grund af billigt sukker og olie, der var tilgængeligt på markedet.

urinterapi
Morarji Desai var en udøver af urinterapi. I 1978 talte han med Dan Rather på 60 minutter om urinterapi. Desai erklærede, at urinterapi var den perfekte medicinske løsning for de millioner af indianere, der ikke har råd til medicinsk behandling. Desai hævdede, at han drak en pint af sin egen urin hver dag.