Die Geburt der Tragödie wurde von vielen angesehenen professionellen Gelehrten der griechischen Literatur wütend kritisiert. Besonders vehement war der Philologe Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, der Nietzsches Werk als schlampig und irreführend anprangerte. Von Nietzsche veranlasst, antwortete Erwin Rohde — ein Freund, der eine positive Rezension geschrieben hatte, die die erste abfällige Debatte über das Buch auslöste —, indem er Wilamowitz-Moellendorfs ungenaue Zitate von Nietzsches Werk aufdeckte. Richard Wagner gab auch eine Antwort auf Wilamowitz-Moellendorfs Kritik, aber seine Handlung diente nur dazu, Nietzsche als den Lakaien des Komponisten zu charakterisieren.

In seiner Verurteilung der Geburt der Tragödie sagt Wilamowitz:

Herr N. … ist auch Professor für klassische Philologie; Er behandelt eine Reihe sehr wichtiger Fragen der griechischen Literaturgeschichte. … Das ist es, was ich beleuchten will, und es ist leicht zu beweisen, dass auch hier imaginäres Genie und Unverschämtheit in der Darstellung seiner Behauptungen in direktem Verhältnis zu seiner Ignoranz und mangelnden Liebe zur Wahrheit stehen. … Seine Lösung besteht darin, die historisch-kritische Methode herabzusetzen, jede ästhetische Einsicht, die von seiner eigenen abweicht, zu schelten und dem Zeitalter, in dem die Philologie in Deutschland, insbesondere durch die Arbeit von Gottfried Hermann und Karl Lachmann, auf eine beispiellose Höhe gehoben wurde, ein „völliges Missverständnis des Altertumsstudiums“ zuzuschreiben. Indem Nietzsche andeutete, dass die Griechen Probleme gehabt haben könnten, entfernte er sich von den wissenschaftlichen Traditionen seiner Zeit, die die Griechen als ein glückliches, vielleicht sogar naives und einfaches Volk betrachteten. Die Arbeit ist ein Netz aus professioneller Philologie, philosophischer Einsicht und Bewunderung der Musikkunst. Als philologisches Werk wurde es fast sofort abgelehnt, was Nietzsches akademische Bestrebungen praktisch zerstörte. Das Musikthema war so eng mit Richard Wagner verbunden, dass es Nietzsche peinlich wurde, als er selbst eine gewisse Distanz und Unabhängigkeit von Wagner erreicht hatte. Es steht also als Nietzsches erstes vollständiges, veröffentlichtes philosophisches Werk, in dem eine Reihe von Fragen gestellt, skizzenhaft identifiziert und fragwürdig beantwortet werden.Marianne Cowan beschreibt in ihrer Einführung in Nietzsches Philosophie im tragischen Zeitalter der Griechen die Situation mit folgenden Worten: Die Geburt der Tragödie präsentierte eine Sicht der Griechen, die dem Zeitgeist und den Idealen ihrer Gelehrsamkeit so fremd war, dass sie Nietzsches gesamte akademische Karriere ruinierte. Es provozierte Pamphlete und Gegenpamphlete, die ihn aus Gründen des gesunden Menschenverstandes, der Gelehrsamkeit und der Vernunft angriffen. Eine Zeitlang hatte Nietzsche, damals Professor für klassische Philologie an der Universität Basel, keine Studenten auf seinem Gebiet. Seine Vorlesungen wurden von deutschen Philosophieprofessoren sabotiert, die ihren Studenten rieten, nicht zu Nietzsches Kursen zu erscheinen. 1886 hatte Nietzsche selbst Vorbehalte gegen das Werk und veröffentlichte in der Ausgabe von 1886 ein Vorwort, in dem er einige seiner Hauptanliegen und Ideen im Text neu bewertete. In diesem Postskript bezog sich Nietzsche auf die Geburt der Tragödie als „ein unmögliches Buch… schlecht geschrieben, schwerfällig, peinlich, bildverrückt und bildverwirrt, sentimental, zuckersüß bis zur Weiblichkeit, ungleichmäßig im Tempo, ohne den Willen zur logischen Sauberkeit. Dennoch verteidigte er das „arrogante und rhapsodische Buch“, um „Mit-Rhapsodizer“ zu inspirieren und sie auf „neue geheime Wege und Tanzplätze“ zu locken.“

1888, in Ecce Homo, war Nietzsche wieder im Angriff. Er verteidigt die Geburt der Tragödie mit den Worten: „… Es ist gleichgültig gegenüber der Politik — ‚undeutsch ‚, um die Sprache der Gegenwart zu gebrauchen – es riecht offensiv hegelisch, und der Leichenduft Schopenhauers haftet nur wenigen Formeln an. Eine ‚Idee‘ — die Antithese des Dionysischen und des Apollinischen – übersetzt ins Metaphysische; die Geschichte selbst als die Entwicklung dieser ‚Idee‘; in der Tragödie wird diese Antithese zu einer Einheit sublimiert; unter dieser Perspektive werden Dinge, die sich nie zuvor gegenübergestanden hatten, plötzlich nebeneinander gestellt, einander beleuchtet und verstanden… Oper zum Beispiel und die Revolution.— Die beiden entscheidenden Neuerungen des Buches sind erstens sein Verständnis des dionysischen Phänomens unter den Griechen: Zum ersten Mal wird eine psychologische Analyse dieses Phänomens angeboten, und es wird als eine Wurzel der gesamten griechischen Kunst betrachtet. Das andere ist das Verständnis des Sokratismus: Sokrates wird zum ersten Mal als Instrument der griechischen Desintegration anerkannt, als typisches Décadent. Rationalität gegen Instinkt. ‚Rationalität‘ um jeden Preis als gefährliche Kraft, die das Leben untergräbt!- Tiefes, feindseliges Schweigen über das Christentum im ganzen Buch. Das ist weder apollinisch noch dionysisch; es negiert alle ästhetischen Werte — die einzigen Werte, die die ‚Geburt der Tragödie‘ anerkennt: Es ist nihilistisch im tiefsten Sinne, während im dionysischen Symbol die letzte Grenze der Bestätigung erreicht ist. Es gibt eine Anspielung auf christliche Priester als ‚bösartige Art von Zwergen‘, die ‚unterirdisch‘ sind …“

Im Titel seines Romans Der Zauberberg spielt Thomas Mann auf eine Passage aus der Geburt der Tragödie an, und der Einfluss von Nietzsches Werk zeigt sich in der Romanfigur Mynheer Peepercorn, die das „dionysische Prinzip“verkörpert.Im Rahmen einer kritischen Untersuchung von Nietzsches „atheistischem Humanismus“ betrachtete der einflussreiche katholische Theologe Henri de Lubac es als „ein Werk des Genies“ und widmete mehrere Seiten seiner Studie der Erklärung der Beziehung zwischen Nietzsches frühem Denken und Christentum.