Als Indira im Januar 1977 zu Wahlen aufrief, verlor sie gegen Raj Narain von Rae Bareilly, und mit vielen Oppositionsgruppen, einschließlich des Kongresses (O), schloss sie sich langjährigen Rivalen, regionalen Parteien und Blöcken rivalisierender Ideologien an, um die Janata-Partei zu bilden. Es gewann 356 Sitze, fast 2/3 Mehrheit, und zum ersten Mal seit der Unabhängigkeit wurde die Dominanz der regierenden Kongresspartei gebrochen. Morarji Desai kam schließlich als Premierminister ins Amt, als Jaiprakash Narayan ihn als den Mann auswählte, der die Koalition am ehesten vereinte.

Zu dieser Zeit war er 81 Jahre alt, aber immer noch gesund und kräftig, ohne besondere Beschwerden.

Premierminister
Desai führte eine zersplitterte Koalitionsregierung und konnte daher aufgrund ständiger Auseinandersetzungen und vieler Kontroversen nicht viel erreichen. Da keine Partei die Führung der Koalition innehatte, wetteiferten rivalisierende Gruppen darum, Desai abzusetzen. Umstrittene Prozesse gegen prominente Kongressführer, einschließlich Indira Gandhi über Missbräuche aus der Notstandszeit verschlechterten das Schicksal seiner Regierung. Desai arbeitete daran, die Beziehungen zum Nachbarn und Erzrivalen Pakistan zu verbessern und zum ersten Mal seit dem Krieg von 1962 normale Beziehungen zu China wiederherzustellen. Er kommunizierte mit Zia-ul-Haq und stellte freundschaftliche Beziehungen her, und auch die diplomatischen Beziehungen zu China wurden wiederhergestellt. Seine Regierung hat viele Änderungen an der Verfassung während des Notstands aufgehoben und es jeder zukünftigen Regierung erschwert, den nationalen Notstand zu verhängen.Seit Indiens erstem Atomtest im Jahr 1974 behielt Desai Indiens Atomreaktoren bei und erklärte: „Sie werden niemals für Atombomben verwendet, und ich werde dafür sorgen, wenn ich ihm helfen kann“. Im Jahr 1977 verkaufte die Carter-Regierung Indien, schweres Wasser und Uran für ihre Kernreaktoren, verlangte jedoch eine amerikanische Inspektion von Kernmaterial vor Ort. Desai lehnte ab und sah die amerikanische Haltung angesichts seines eigenen Atomarsenals als widersprüchlich an.

Ruhestand & Tod 1979 zogen sich Raj Narain und Charan Singh aus der Janata-Partei zurück und zwangen Desai, im Alter von 83 Jahren sein Amt niederzulegen und sich aus der Politik zurückzuziehen. Desai kämpfte für Janata Partei in 1980 Allgemeinen Wahlen als leitender Politiker, aber nicht die Wahl selbst bestreiten.

Im Ruhestand lebte er in Bombay und starb im Alter von 99 Jahren. Er war in seinen letzten Jahren als Freiheitskämpfer seiner Generation sehr geehrt worden.Kanti Desai, Morarji Desais Sohn, wurde oft dafür kritisiert, korrupt zu sein und den Namen seines Vaters als Einfluss zu benutzen. Während Desais Pensionierung wurde die Familie durch einen Gerichtsbeschluss von Richter Chandrachud aus ihrer Wohnung im Oceanea-Komplex in Mumbai vertrieben. Sharad Pawar, damals Ministerpräsident von Maharashtra, gewährte ihm bis zu seinem Tod einen ständigen Wohnsitz in Mumbai.Es ist bizarr, aber wahr, dass Morarji Desai am häufigsten für seine Verfechter der Urintherapie in Erinnerung bleibt. Er erzählte dem Journalisten Khushwant Singh, dass ihm geraten wurde, in seinen 40ern seinen eigenen Urin zu trinken, um Hämorrhoiden zu heilen, und er bekam sofort Ergebnisse. Danach setzte er die Praxis fort und war ziemlich offen darüber und sagte, dass Sie nichts tun sollten, wofür Sie sich schämen würden.Morarji Desai war ein strikter Anhänger von Mahatma Gandhis Prinzipien und ein Moralist.

Fehde mit R&AW Morarji Desai hatte den Forschungs- und Analyseflügel (R&AW), Indiens externen Geheimdienst, als Prätorianergarde von Indira Gandhi beschrieben und versprochen, alle Aktivitäten der R&AW einzustellen, nachdem er Premierminister geworden war. Er schloss einen Großteil der Agentur und reduzierte ihr Budget und ihre Operationen. B. Raman, der ehemalige Leiter der Anti-Terror-Abteilung von R&AW und bekannter Sicherheitsanalyst, enthüllt, dass Morarji Desai in einem unbewachten Moment indiskret dem pakistanischen Präsidenten Zia ul-Haq sagte, dass er sich der nuklearen Pläne Islamabads bewusst sei.Es versteht sich, dass Moshe Dayan auf eine Mission geschickt wurde, um mit Morarji Desai für die Erlaubnis zu intervenieren, israelischen Tankflugzeugen zu ermöglichen, von einer IAF-Basis in Gujrat zu landen und abzuheben, um eine Mission zu unterstützen, die die Israelis geplant hatten, Pak-Atomanlagen zu zerstören, dann kamen sie, wie sie es bei Osirak im Irak getan hatten. Dayan war zu diesem Zweck bei einem privaten Besuch als Sikh-Gentleman verkleidet. Die Anfrage wurde abgelehnt und die Mission kam nicht zustande.Morarji Desai war ein wahrer Gandhi-Anhänger, Sozialarbeiter, Institutionenbauer und ein großer Reformer. Er war der Kanzler von Gujarat Vidyapith (Universität von Mahatma Gandhi gegründet). Sogar während seiner Amtszeit als Premierminister besuchte und blieb er im Oktober in Vidyapith. Er war ein Beispiel für Einfachheit und schrieb selbst Postkarten, selbst als er das Amt des Premierministers innehatte. Sardar Patel beauftragte ihn, Treffen von Landwirten im Distrikt Kairo durchzuführen, die schließlich zur Gründung der AMUL Cooperative Movement führten. Während seiner Herrschaft zog er Eingriffe in das öffentliche Verteilungssystem zurück und Rationierungsgeschäfte gingen aufgrund des billigen Zuckers und Öls, das auf dem Markt erhältlich war, buchstäblich verloren.

Urintherapie
Morarji Desai war ein Praktizierender der Urintherapie. 1978 sprach er mit Dan Rather über 60 Minuten über Urintherapie. Desai erklärte, dass die Urintherapie die perfekte medizinische Lösung für die Millionen von Indern sei, die sich keine medizinische Behandlung leisten können. Desai behauptete, dass er jeden Tag ein Pint seines eigenen Urins trank.