Die im Werk über die Freiheit entwickelte Position bildet die Grundlage von Schellings späterer Philosophie, die die Zeit von 1810 bis zu seinem Tod abdeckt, die nur durch einen Entwurf des unveröffentlichten Werkes Die Weltalter (geschrieben 1811; Die Zeitalter der Welt) und durch die Manuskripte seiner späteren Vorträge bekannt ist. Schelling wollte in Die Weltalter die Geschichte Gottes erzählen. Gott, der ursprünglich in eine stille Sehnsucht versunken ist, kommt zu sich, indem er in sich Ideen erblickt, durch die er sich seiner selbst bewusst wird. Dieses Selbstbewußtsein, das mit der Freiheit identisch ist, befähigt Gott, diese Ideen aus sich selbst zu projizieren — d.h. die Welt zu erschaffen.

Schellings Berufung an die Universität Berlin im Jahr 1841 gab ihm erneut die Gelegenheit, das öffentliche Interesse an seinen Konzeptionen zu entwickeln. Der damalige preußische König Friedrich Wilhelm IV. hoffte, dass Schelling den sogenannten Drachensamen des Hegelianismus in Berlin bekämpfen würde, wo Hegel bis zu seinem Tod 1831 gearbeitet hatte. Schellings erster Vortrag in Berlin manifestierte sein Selbstbewusstsein. Schelling erklärte, dass er in seiner Jugend eine neue Seite in der Geschichte der Philosophie aufgeschlagen habe und dass er jetzt in seiner Reife diese Seite umdrehen und noch eine neuere beginnen wolle. Zu seinen Zuhörern gehörten Persönlichkeiten wie Friedrich Engels, Søren Kierkegaard, Jakob Burckhardt und Michail Bakunin. Schelling hatte jedoch keinen großen Erfolg in Berlin. Darüber hinaus war er verbittert, als seine Vorlesungen von einem Gegner plagiiert wurden, der die positive Philosophie Schellings, die nun endlich in diesen Vorlesungen offenbart wurde, der Öffentlichkeit zur Prüfung vorlegen wollte. Schelling leitete eine Klage ein, verlor den Fall jedoch. Er trat zurück und hörte auf, Vorträge zu halten.

Der Inhalt dieser Abschlussvorträge stellte jedoch den Höhepunkt von Schellings schöpferischer Tätigkeit dar. Schelling teilte die Philosophie in eine negative Philosophie, die die Idee Gottes allein durch Vernunft entwickelte, und im Gegensatz dazu eine positive Philosophie, die die Realität dieser Idee zeigte, indem sie a posteriori von der Tatsache der Welt zu Gott als ihrem Schöpfer argumentierte. Schelling erklärte dann (in Bezug auf seine Arbeit über die Freiheit), dass der Mensch, der Gott gleich sein wollte, in seinem Sündenfall gegen Gott aufstand. Gott wurde jedoch bald wieder zum Prinzip erhoben. Während der Ära der Mythologie erschien Gott als dunkle Macht. Während des Zeitalters der Offenbarung erschien Gott jedoch in der Geschichte als offensichtlich real in der Gestalt Christi. Daher sollte die gesamte Religionsgeschichte durch philosophisches Denken vermittelt werden.