Crocodylus intermedius ist eine am stärksten gefährdete Krokodilart. Die wichtigste bekannte Population dieser Art befindet sich im Cojedes-Flusssystem (SRC), Venezuela, einem Gebiet, das unter starkem menschlichem Druck steht. Basierend auf den Nachtzählungen wurde die Population des Orinoco-Krokodils in der SRC auf mindestens 547 Individuen (ohne Nachkommen) geschätzt. Abschnitte im mittleren Teil der SRC, insbesondere gegen Ende von Caño de Agua, wiesen die höchsten Bevölkerungsindizes auf (7,3 ind / km). Intermediäre Populationsindizes wurden in Cojedes Norte und Caño de Agua Norte (2,2 bzw. 4,4 ind / km) beobachtet, Abschnitten der SRC, die relativ nahe an wichtigen städtischen Zentren liegen und vergleichsweise stark von Lebensraumveränderungen und Umweltverschmutzung betroffen sind. Die niedrigsten Bevölkerungsindizes (<1,0 ind/ km) wurden in schiffbaren Abschnitten der SRC weit entfernt von großen städtischen Zentren beobachtet. Die Krokodilpopulation in den nördlichen Teilen der SRC wurde von Jugendlichen dominiert, während Sub-Erwachsene und Erwachsene einen signifikanten Anteil der Bevölkerung an Orten mit relativ hohen Krokodildichten ausmachten.