1885, nach dem Fall seines Unternehmens, schloss sich der 35-jährige Reyes der Armee an, um im Bürgerkrieg von 1885 zu kämpfen, und aufgrund seines Mutes und seines Könnens in der Kriegsführung wurde er kurz darauf zum General befördert. Mitten im Krieg gab ihm Präsident Rafael Nuñez die Verantwortung, Operationen zur Eroberung Panamas als Teil des kolumbianischen Territoriums zu leiten; Die Mission stand ursprünglich unter dem Kommando des Generals der Division, Gral. Miguel Montoya, aber Reyes hatte das Kommando. Eine Seeoperation wurde von Buenaventura nach Panama gestartet, in dem Reyes einen alten Ponton aus Korrosion bergen musste, um den Mangel an Schiffen in seiner Flotte auszugleichen, und in der Lage sein, seine Truppen zu bewegen; Kunststück bekannt als das „Ponton-Abenteuer“. Als die Expedition in Panamá ankam, stellten sie die zivile und militärische Autorität wieder her, und einige Tage später verließen alle US-Streitkräfte die Landenge. Nachdem sich der panamaische Rebell Azpurría vor ihnen ergeben hatte, leitete Reyes einen gesprochenen Kriegsrat, der zur Hinrichtung von Antoine Petricelli aus Haiti und dem Jamaikaner George Davis, alias „Cocobolo“, führte, die beide für den Brand von Colón, Panama City, verantwortlich gemacht wurden.Pedro Prestán, der auch für den Brand von Colón, Panama, verantwortlich gemacht wurde, wurde am 18.August gehängt, drei Monate nach einem von Pedro Nel Ospina geführten Kriegsrat; Dennoch fiel die ganze Verantwortung auf Reyes. In der Zwischenzeit arbeitete Präsident Rafael Nuñez daran, eine feste und zentralisierte Organisation im Staat aufzubauen.Mit der Niederlage der radikalen Liberalen und dem Aufstieg der konservativen Partei an die Macht, die eine neue zentralisierte Verfassung der Gesetze anstrebte, wurde die Verfassung von 1863 abgeschafft und von Präsident Rafael Nuñez zur Verfassung von 1886 geführt, die für die nächsten hundert Jahre regieren würde. Am 11.November 1885, als die Verfassunggebende Nationalversammlung gegründet wurde, erhielt Reyes einen Sitz, seine Teilnahme an der Magna Carta war jedoch irgendwie unglücklich, da Miguel Antonio Caro die meisten seiner Anträge ablehnte.Im Jahr 1887 gab die Regierung Reyes eine „vertrauliche Aufgabe“ in Europa: einige Kredite und Darlehen zu erhalten; Aufgabe, die nicht erfolgreich war, aber bei seiner Rückkehr ernannte Nuñez ihn zum Entwicklungsminister. 1888 kehrte er zu seinen persönlichen Aktivitäten zurück und kaufte die Andorra Ranch in der Nähe von Tocaima, wo ihm die Landwirtschaft seinen zuvor verlorenen Reichtum zurückgab. 1890 wurde er zum Senator gewählt und kandidierte 1892 für die Vizepräsidentschaft Kolumbiens, verlor jedoch in den Umfragen. Fünf Jahre später nahm er am Bürgerkrieg von 1895 teil, und später in diesem Jahr wurde er von Präsident Miguel Antonio Caro zum Minister ernannt, trotz einer alten Feindschaft zwischen ihnen, die auf die Zeit der Verfassungsgebenden Versammlung zurückging.Im Jahr 1896, in den Tagen, als Reyes Chancen hatte, Präsidentschaftskandidat zu werden, beschloss Caro, ihn als Botschafter Kolumbiens nach Paris zu schicken, was ihn von den Präsidentschaftswahlen 1898 fernhielt; und auch seine Beteiligung am Tausendtägigen Krieg zu stören.

Seit 1902 lebte Reyes in Mexiko, während er alles für die Präsidentschaftswahlen 1904 arrangierte und aufstellte.1904 gab ihm der Präsident José Manuel Marroquín den Auftrag, eine Armee von hunderttausend Freiwilligen zusammenzustellen, um Panamá zurückzugewinnen. Drei Generäle waren bei dieser Mission dabei: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero und Jorge Holguín.Aufgrund von Geheimdienstinformationen, die Bogota über die Bewegung und Anordnung neuer US-Schlachtschiffe im Pazifik und in der Karibik erreichten, entfernte sich Kolumbiens Ansatz von der Kriegführung zu einer diplomatischeren Vorgehensweise; die Tatsache, dass die Mayflower, das nordamerikanische Flaggschiff des Atlantiks und andere zehn Schiffe beide Ozeane bewachten, um kolumbianische Truppen daran zu hindern, von Bord zu gehen und den Aufstand der Landenge zu schützen, ließ die Dinge diplomatisch werden und einen Krieg gegen die USA abwenden.

Kolumbianische Truppen durften dank Außenminister John M. Hay von Bord gehen, der sie ermächtigte, Colón zu betreten, aber sie durften nicht Teil des Provisorischen Regierungsrates sein, um die Dezentralisierung der Landenge auszuhandeln; Von dort aus durften sie getrennt nach Washington.

In Washington löste Reyes, nachdem er erfahren hatte, dass der Hay-Banu-Varilla-Vertrag mit Panama unterzeichnet worden war, die diplomatische Kommission auf und gab alle Bemühungen auf, sich auf eine militärische Konfrontation mit den Vereinigten Staaten einzulassen; Aus Washington schrieb er:

22. Dezember. Jede Art von bewaffneter Konfrontation mit den USA muss vermieden werden, besetzen Sie nicht panamaisches Territorium. Versammeln Sie sich in Panama, 40 Kriegsdämpfe. Unmittelbare Kriegsgefahr, Medellin, Bogota… schreckliche Situation.

Reyes ‚Truppen warteten auf den Befehl des Generals, in Panamá niederzumarschieren.Der Staat Panama hatte sich am 3. November 1903 während der Regierungszeit von Präsident José Manuel Marroquín von Kolumbien getrennt. Die panamaischen Truppen, unterstützt von Militärberatern und Truppen aus den Vereinigten Staaten von Amerika, hatten ihre Unabhängigkeit erklärt. Diese Aktion wurde von Präsident Theodore Roosevelt unterstützt, der Interesse am Bau eines interozeanischen Kanals in dieser strategischen Region bekundet hatte. Es gab einen Vertrag zwischen Kolumbien und den Vereinigten Staaten von Amerika, den Hay–Herrán-Vertrag, der am 12. Januar 1903 unterzeichnet wurde und mit dem die Vereinigten Staaten den Bau des Kanals finanzieren, leiten und überwachen sollten.Im Präsidentenrennen 1904, das keine liberalen Kandidaten hatte, lief Reyes gegen einen anderen Konservator; General Joaquín Fernando Vélez (Joaquín Fernando Vélez), wem er später für einen schmalen Unterschied schlagen würde.