Lott wurde in der ersten Runde (8. Gesamtrang) des NFL Draft 1981 von den San Francisco 49ers ausgewählt. Das Können des 6-Fuß-, 203-Pfund-Standouts wurde sofort erkannt, und von Beginn des Trainingslagers an hatte er den Job als linker Cornerback der 49ers. In seiner Rookie-Saison 1981 verzeichnete er sieben Interceptions, half den 49ers, Super Bowl XVI zu gewinnen, und wurde auch nur der zweite Rookie in der NFL-Geschichte, der drei Interceptions für Touchdowns zurückgab. Sein herausragendes Spiel führte zu seinem zweiten Platz für Rookie des Jahres Ehrungen, hinter New York Giants Linebacker Lawrence Taylor.

Lott wechselte 1985 in die Sicherheitsposition. Nach der Saison 1985 wurde ihm die Spitze seines linken kleinen Fingers amputiert, als er beim Kampf gegen Running Back Timmy Newsome zerquetscht wurde, und eine Knochentransplantation hätte ihm nicht erlaubt, die Saison 1986 zu beginnen. Eine Verletzung setzte ihn für die letzten beiden Spiele der Saison 1986 außer Gefecht, aber er führte die Liga immer noch mit den besten 10 Interceptions seiner Karriere an, während er 77 Tackles, drei erzwungene Fumbles und zwei Quarterback-Säcke aufzeichnete. In seinen 10 Jahren bei den 49ers half Lott ihnen, acht Divisionstitel und vier Super Bowls zu gewinnen: XVI (Saison 1981), XIX (1984), XXIII (1988) und XXIV (1989). Er ist einer von fünf Spielern, die auf allen vier 1980er Jahre 49ers Super Bowl gewinnt waren. Die anderen vier sind Quarterback Joe Montana, Linebacker Keena Turner, Cornerback Eric Wright und Wide Receiver Mike Wilson.Nach seiner Karriere bei San Francisco unterschrieb Lott 1991 als Free Agent bei den Los Angeles Raiders und 1993 bei den New York Jets. 1991 führte er die Liga zum zweiten Mal in Interceptions (8) an. Lott unterzeichnete 1995 einen Free Agent-Vertrag mit den Kansas City Chiefs, wurde aber in der Vorsaison verletzt. Er kehrte 1995 zu den 49ers zurück, aber die Verletzungen, die er in den letzten vier Spielzeiten erlitten hatte, plagten ihn weiterhin und er kündigte seinen Rücktritt vor Beginn der Saison an. Er wurde im Jahr 2000 in die Pro Football Hall of Fame gewählt, sein erstes Jahr der Förderfähigkeit, und wurde 1994 in das 75th Anniversary Team der NFL und 2019 in das 100th Anniversary Team berufen.In seinen 14 NFL-Saisons verzeichnete Lott 8,5 Sacks und 63 Interceptions, die er für 730 Yards und fünf Touchdowns zurückgab. Er erholte sich 17 fummelt, kehrte sie für 43 Meter, und gewann 113 Meter auf Kickoff kehrt. Lott spielte auch in 20 Nachsaison-Spiele, Aufnahme neun Interceptions, 89 Tackles, eine erzwungene Fumble, eine Fumble Recovery, und zwei Touchdowns. Außerdem wurde er achtmal All-Pro, sechsmal All-NFC und einmal All-AFC genannt. Jenseits der Statistik, Lott hatte ein unheimliches Bewusstsein dafür, wie sich ein Spiel entwickelte, Dies ermöglichte es ihm, Pässe aufzubrechen und sich den Ruf eines der härtesten und effizientesten Freifeld-Tackler in der Geschichte der Liga zu verdienen.