Da Saginaw Bay flacher und wärmer ist als das Hauptbecken des Lake Huron, ist auch die Fischgemeinschaft anders. Sowohl Freizeit- als auch kommerzielle Fischerei betreiben in Saginaw Bay. Walleye und Gelbbarsch sind die primären Sportarten, während die kommerzielle Fischerei in erster Linie See Felchen und Gelbbarsch zielt. Die kommerzielle Fischerei ist eine im Bundesstaat Michigan lizenzierte Fischerei im Gegensatz zu Stammesfischereien, die in anderen Teilen des Huronsees betrieben werden. Die Freizeitfischerei wurde in der letzten Hälfte des 20. Zuvor war die Fischerei in der Bucht fast ausschließlich kommerziell. Wie viele der Großen Seen brach die Fischerei um die Mitte des 20. Dies wurde hauptsächlich auf die Verschlechterung des Lebensraums (Staudammbau, Sedimentation von Laichgebieten vor der Küste), Umweltverschmutzung, kulturelle Eutrophierung und die Auswirkungen invasiver Arten zurückgeführt. Die relativ intensive Ausbeutung der kommerziellen Fischerei, die zu dieser Zeit betrieben wurde, beschleunigte wahrscheinlich den Rückgang, wurde jedoch nicht als Hauptursache angesehen, da sie dort seit dem späten 17.Das Wiederaufleben der Fischerei begann nach der Verabschiedung von Gesetzen für sauberes Wasser wie dem Clean Water Act und dem Great Lakes Clean Water Pact. Die walleye Fischerei begann ein Wiederaufleben in den frühen 1980er Jahren, als das Michigan Department of Natural Resources ein Fingerling Strumpf Programm initiiert. Die Sportfischerei fusionierte bald wieder, aber die kommerzielle Zanderfischerei, die 1970 offiziell geschlossen wurde, blieb geschlossen. Die Freizeitfischerei Ernte durchschnittlich 80.000 Zander jährlich von 1986 bis 2002 war aber Brüterei abhängig mit so viel wie 80% der Ernte ist Brüterei Fisch. Eine tiefgreifende Verschiebung des Nahrungsnetzes im Huronsee fand 2003 mit dem fast vollständigen Verschwinden der invasiven Alewife statt. Alewives nutzten die küstennahen Gewässer von Saginaw Bay als Laich- und Kindertagesstätten und waren ein beeindruckendes Raubtier und Konkurrent für frisch geschlüpfte Percid (Zander und Gelbbarsch). In Abwesenheit von alewives, walleye und Gelbbarsch Fortpflanzungserfolg stark erhöht. Das Michigan Department of Natural Resources stellte die Lagerhaltung im Jahr 2006 ein, und die Zandergewinnungsziele wurden 2009 offiziell erreicht. Die Ernte reicht seitdem von etwa 150.000 pro Jahr bis zu 350.000 pro Jahr. Das Michigan Department of Natural Resources liberalisierte Walleye Recreational Harvest (höheres tägliches Besitzlimit und niedrigeres Mindestlängenlimit) im Jahr 2015. Obwohl Gelbbarsch auch von der Abwesenheit von Alewives mit größerem Fortpflanzungserfolg profitierte, ist die Zahl der Erwachsenen zurückgegangen und blieb depressiv. Dies ist auf eine hohe Sterblichkeitsrate in ihrem ersten Lebensjahr zurückzuführen, von der angenommen wird, dass sie von Zander und anderen Raubtieren geplündert wird.

Andere historisch wichtige Arten in der Saginaw Bay sind Stör und Cisco (See Hering). Bis zur Mitte des 20.Jahrhunderts unterstützte Saginaw Bay eine enorme kommerzielle Fischerei. Sie gingen in weiten Teilen des Sees zurück und haben sich in Saginaw Bay nicht erholt. Ein neues Fingerling-Besatzprogramm zur Wiederherstellung einer Brutpopulation in der Bucht wurde 2017 initiiert, eine gemeinsame Übung des US Fish and Wildlife Service, des Michigan Department of Natural Resources und anderer Partneragenturen der Great Lakes Fishery Commission. Stör, die hauptsächlich in Flüssen laichen, sind auch Gegenstand einer Wiederauffüllungsbemühung des Michigan Department of Natural Resources, mit Anpflanzungen im Saginaw River System.