Bakers erster Spielfilm war Four Letter Words, ein Film, der sich um das Aussehen, die Ansichten, Einstellungen und die Sprache junger Männer in Amerika dreht. Baker schrieb, führte Regie und schnitt den Film. Baker fuhr dann fort, Take Out zu machen, was er Co-schrieb, Co-Regie, Co-editiert, und Co-produziert mit Shih-Ching Tsou. Der Film dreht sich um einen illegalen chinesischen Einwanderer, der bei Zahlungen für eine Schmuggelschuld ins Hintertreffen gerät und ihm nur einen Tag Zeit lässt, um das Geld zu beschaffen. Der Film hatte seine Weltpremiere auf dem Slamdance Film Festival am 18. Januar 2004, wurde aber erst am 6. Juni 2008 veröffentlicht. Bakers dritter Spielfilm, Prince of Broadway, wurde am 22.Juni 2008 auf dem Los Angeles Film Festival uraufgeführt. Der Film folgt einem New Yorker Straßenhändler, der seinen Lebensunterhalt damit verdient, Marken-Knock-Offs zu kreieren, und seine Entdeckung, dass er einen Sohn hat. Baker führte Regie, schrieb, koproduzierte, drehte und schnitt den Film, der am 3. September 2010 in limitierter Auflage veröffentlicht wurde. Take Out und Prince of Broadway wurden 2008 bei derselben Zeremonie für den Independent Spirit John Cassavetes Award nominiert.

Bakers vierter Spielfilm, Starlet, wurde gemeinsam mit Chris Bergoch geschrieben und spielt Dree Hemingway und Besedka Johnson. Starlet erforscht die unwahrscheinliche Freundschaft zwischen der 21-jährigen Jane (Hemingway) und der 85-jährigen Sadie (Johnson), zwei Frauen, deren Leben sich im kalifornischen San Fernando Valley kreuzt. Der Film hatte seine Weltpremiere auf der SXSW am 11. März 2012 und wurde am 9. November 2012 in limitierter Auflage veröffentlicht. Es öffnete sich vor allem positive Bewertungen und hält eine 88% Bewertung auf Rotten Tomatoes.

Bakers fünfter Spielfilm, Tangerine, folgt einer Transgender-Sexarbeiterin, die entdeckt, dass ihr Freund und Zuhälter sie betrogen hat. Der Film wurde mit drei iPhone 5S-Smartphones gedreht und erhielt Lob für seine bahnbrechenden Filmtechniken. Tangerine verfügt über Kitana Kiki Rodriguez, Mya Taylor, Karren Karagulian, Mickey O’Hagan und James Ransone und wurde von Mark Duplass und Jay Duplass ausführend produziert. Baker schrieb das Drehbuch erneut gemeinsam mit Bergoch; er war auch Co-Produzent, Co-Shot, und schnitt den Film. Es hatte seine Weltpremiere beim Sundance Film Festival 2015 am 23.Januar 2015 und wurde am 10. Juli 2015 in limitierter Auflage veröffentlicht. Es erhielt äußerst positive Bewertungen und hält derzeit eine Bewertung von 97% auf Rotten Tomatoes.Bakers sechster Spielfilm, The Florida Project, wurde in der Sektion Directors‘ Fortnight der Filmfestspiele von Cannes 2017 uraufgeführt und am 6. Oktober 2017 von A24 in den USA in die Kinos gebracht. Noch einmal, Baker schnitt den Film selbst und schrieb das Drehbuch gemeinsam mit seinem häufigen Mitarbeiter Chris Bergoch. Die Handlung folgt einem 6-jährigen Mädchen, das mit ihrer rebellischen Mutter in einem Motel im Großraum Orlando lebt, während sie versuchen, sich aus Ärger herauszuhalten und über die Runden zu kommen. Der Film wurde für seine Leistungen gelobt (insbesondere die von Willem Dafoe als Motelmanager) und Bakers Regie und wurde sowohl vom National Board of Review als auch vom American Film Institute als einer der Top 10 Filme des Jahres ausgewählt. Dafoe erhielt Nominierungen als bester Nebendarsteller bei den Oscars, Golden Globes und BAFTA Awards.

Im November 2020 wurde bekannt gegeben, dass die Produktion von Bakers siebtem Spielfilm fast abgeschlossen ist. Red Rocket wird Simon Rex spielen und spielt in Texas. Baker führte Regie, schrieb und produzierte den Film mit seinem üblichen Team von Bergoch und Tsou. Die Dreharbeiten fanden im Geheimen inmitten der COVID-19-Pandemie statt, es wurden jedoch „Sicherheitsprotokolle nach Industriestandard“ eingehalten. Die Details der Handlung werden weiterhin geheim gehalten.

Baker ist auch einer der ursprünglichen Schöpfer der Sitcom Greg the Bunny mit Seth Green und Eugene Levy. Die Show basiert auf einer Reihe kurzer Segmente, die Baker inszenierte und schrieb, die auf dem Independent Film Channel ausgestrahlt wurden und wiederum auf einer öffentlich zugänglichen Fernsehsendung namens Junktape basierten. 2010 gründeten Baker, Spencer Chinoy und Dan Milano ein Spin-Off namens Warren the Ape; Die Serie wurde auf MTV ausgestrahlt und nach einer Saison abgesagt.