1999 untersuchen Gabriel Logan und sein Partner Lian Xing eine Reihe von biologischen Ausbrüchen, die vom internationalen Terroristen Erich Rhoemer ausgelöst wurden. Als Agent Ellis während einer Mission in Costa Rica den Kontakt verliert, entsendet die streng geheime Agentur Gabe und Lian, um ihn zu finden. Sie entdecken, dass Ellis tot ist, und Rhoemers mutmaßliche Drogenoperation ist ein Deckmantel für die Virusoperation. Ein weiterer Ausbruch in Nepal führt zu weiteren Fragen, wenn eine infizierte Person, die hätte sterben sollen, irgendwie überlebt hat.Bevor die Agentur Rhoemer verfolgen kann, greift er Washington, DC an und droht, virale Bomben zu zünden, die über die Stadt verstreut sind. Gabe kämpft gegen mehrere Terroristen, darunter Mara Aramov, während er der Spur der Bomben durch die Straßen der Stadt, U-Bahnen, den Washington Park und schließlich das Freedom Memorial folgt, wo er den Munitionsexperten Anton Girdeux verbrennen muss, um die endgültige Bedrohung zu stoppen. Gabes Untersuchung führt ihn zu einer neuen Leitung von PharCom, einem multinationalen Pharma- und Biotechnologieunternehmen unter der Leitung von Jonathan Phagan. Die costa-ricanische Plantage baute PharCom-Verbindungen an, was bedeutete, dass Phagan und Rhoemer zusammenarbeiteten. Im PharCom Exposition Centre, Gabe Schatten Phagan zu einem Treffen mit Aramov und Edward Benton, eine scheinbare Agentur Turncoat, die Rhoemer während der Washington DC Angriff unterstützt.

Nachdem Gabe Benton eliminiert hat, rettet er Phagan vor einem Attentat, nur um ihn entkommen zu lassen. Mara Aramov, jetzt in Haft, hatte versucht, die Viruslabore von PharCom ausfindig zu machen. Gabe muss die Jagd nach Phagan aufgeben, um Rhoemers Basis in Kasachstan zu zerstören. Während seines Einsatzes tötet Rhoemer scheinbar Lian, aber Agenturdirektor Thomas Markinson rettet Gabe. Markinson gibt Gabe einen Bericht über das Virus namens Siphon Filter, eine Biowaffe, die man auf genetischer Ebene programmieren kann, um bestimmte Gruppen von Menschen anzusprechen. Markinson befiehlt Gabe, Rhoemers Festung in der Ukraine zu infiltrieren, um Testpersonen einen Impfstoff zu injizieren und Phagan zu lokalisieren, der jetzt Rhoemers Gefangener ist. In den Katakomben erzählt Phagan Gabe, dass Lian lebt und sie sich wieder vereinen. Lian hat sich mit Siphonfilter infiziert, und sie sagt, es gibt keine universelle Heilung.Mara Aramov kommt, um Phagan zu erschießen, aber sie überzeugt Gabe und Lian, dass sie gekommen ist, um zu helfen. Die drei reisen zu Pharcoms Lagerhäusern in der Hoffnung, Rhoemer daran zu hindern, eine Rakete abzufeuern. Lian enthüllt, dass die Serumgabe, die den Testpersonen injiziert wurde, wirklich eine tödliche Chemikalie war, und Markinson ließ sie töten. Gabe nutzt die Kämpfe zwischen Rhoemers Terroristen und Phagans Sicherheitspersonal, um seinen Tod zu vertuschen, steigt in ein Silo und sucht nach den Detonationscodes der Rakete.

Er findet Markinson, der zugibt, dass die Agentur die ganze Zeit mit Black Baton in Verbindung stand. Rhoemer arbeitete für Markinson, da dieser das Virus im Besitz der Agentur haben wollte. Er hat den Raketenangriff nie zugelassen, aber bevor er ihn stoppen kann, tötet Rhoemer Markinson mit einem Kopfschuss. Gabe muss das Kontrollzentrum der Rakete rechtzeitig erreichen und zerstören. Wütend greift Rhoemer Gabe in einen letzten Kampf ein, wird aber mit einer Gasgranate getötet.Nach Abschluss ihrer Mission rufen Gabe und Lian das Chemical and Biological Defense Command (CBDC) der US-Armee an, um das Gebiet zu sichern. Sie wissen nicht, wie weit Markinson mit Rhoemer und Phagan zusammengearbeitet hat, aber Gabe glaubt, dass sie es vielleicht nie erfahren werden. In einer Post-Credits-Szene nähert sich Aramov einem mysteriösen Mann in der Agenturzentrale und flüstert ihm etwas ins Ohr. Er gratuliert ihr, während die Kamera zurückzieht, um PharCom-Boxen im Büro zu zeigen.