Die Southeastern University wurde 1935 in New Brockton, Alabama, von Assemblies of God Alabama District Superintendent JC Thames und anderen Führern des Southeastern District als Alabama Shield of Faith Institute gegründet. Es wurde 1936 in South-Eastern Bible Institute (SEBI) umbenannt. Ursprünglich in einem ehemaligen Highschool-Gebäude in New Brockton, Alabama, gelegen, öffnete es seine Türen für Studenten am 4. November 1935 unter der Leitung von vier Fakultätsmitgliedern. Zwei Jahre später, im Mai 1937, fanden die ersten Abschlussübungen statt. Siebzehn Studenten erhielten Diplome für das zweijährige akademische Programm.SEBI setzte den Unterricht in New Brockton bis 1940 fort, als die Entscheidung getroffen wurde, die Schule mit dem Beulah Heights Bible Institute in Atlanta, Georgia, zu konsolidieren. Die Schule war von 1940 bis 1942 als Beulah Heights—South-Eastern Bible Institute bekannt. Im Herbst 1942 nahmen die Distriktsuperintendenten der südöstlichen Distrikte die Einladung von Rev. Ralph Byrd und seiner Gemeinde an, die Schule an einen anderen Ort in Atlanta zu verlegen, wo sie erneut in SEBI umbenannt wurde. 1946 beschloss der Vorstand der Schule, einen dauerhaften Standort für die volle Entwicklung der Schule zu sichern. Ein neuer Campus-Standort wurde später in diesem Jahr in Lakeland, Florida gekauft. Der Campus in Atlanta wurde verkauft und die Entwicklung des neuen Standorts begann. Das Wachstum der Studentenschaft setzte sich auf dem neuen Campus in Central Florida zusammen mit dem akademischen Programm fort.

Bush Chapel

SEBI wurde 1956 zum South-Eastern Bible College, als die Schule begann, vierjährige Bachelor-Studiengänge anzubieten. Nach dem Hinzufügen von Bildungsabschlüssen änderte der Verwaltungsrat des Colleges 1977 den Namen der Schule in Southeastern College of the Assemblies of God. 1986 wurde Southeastern von der Southern Association of Colleges und der Schools Commission on Colleges regional akkreditiert. Die Akkreditierung wurde 1991, 2001 und 2011 bestätigt. Im Jahr 2005 wurde das Southeastern College offiziell zur Southeastern University und begann, seine ersten Masterstudiengänge anzubieten, und gründete die Colleges of Arts and Sciences, Business, Christian Ministries and Religion und Education. Seitdem hat die Universität auch die Hochschulen für Verhaltens- und Sozialwissenschaften sowie Natur- und Gesundheitswissenschaften gebildet. Im Jahr 2014 begann es sein erstes Doktorandenprogramm, das EdD.

Im Jahr 2011 unternahm Southeastern mehrere Initiativen, die zu einem schnellen Wachstum führten. Von 2.500 Schülern im Jahr 2012 expandierte die Schule im Herbst 2015 auf 4.538, was einer Wachstumsrate von 78% seit 2011 entspricht. Im Jahr 2012 genehmigte Southeastern die Hinzufügung eines Pflegeprogramms und die Hinzufügung einer College-Football-Mannschaft. Die Fußballerweiterung umfasste den Bau eines Stadions mit 3.500 Zuschauern und eines Sporttrainingszentrums. Die Fußballmannschaft von Southeastern Fire bestritt im Herbst 2014 ihr erstes Heimspiel. Außerdem eröffnete die Schule 2014 neue Baseball- und Fußballanlagen. Im Jahr 2015 begann der Bau mehrerer neuer akademischer Gebäude, eines neuen Sportkomplexes mit Turnhalle und einer 8-spurigen Strecke. Im Herbst 2015 eröffnete Southeastern ein neues 27.000 Quadratmeter großes Gebäude für Natur- und Gesundheitswissenschaften. Die neue Einrichtung umfasst ein Auditorium, Chemielabore, Computerlabore, Untersuchungsräume, Patientenzimmer und ein Simulationslabor für Krankenpflege. Im Sommer 2015 wurden die Spence Hall, das Lindsey Science Building und die Music Hall abgerissen, um Platz für die Live / Learn-Einrichtung Buena Vida zu schaffen. Die 125.000 Quadratmeter große Anlage wurde im Herbst 2016 fertiggestellt und umfasst Klassenzimmer, Fakultätsbüros, Studentenwohnheime und einen Food Court. Das erste Segment von Buena Vida, der Chor- und Proberaum, wurde im September eröffnet. Die Gesamtkosten des Expansionsprogramms werden zwischen 25 und 50 Millionen US-Dollar betragen.Southeastern bietet 55 Bachelor-Abschlüsse, 16 Master-Abschlüsse und zwei Doktorgrade an. Seit Präsident Kent J. Ingle 2011 nach Südosten kam, hat die Universität landesweit 80 Erweiterungsstandorte eingerichtet, eine Steigerung gegenüber den 50 Erweiterungsstandorten des Vorjahres. Die Standorte befinden sich in 29 Bundesstaaten, darunter Florida mit 19. Die an den Standorten angebotenen Abschlüsse umfassen eine Vielzahl von Associate-, Bachelor- und Master-Abschlüssen in Ministerium und Führung.