Die Schwaneninseln wurden 1502 von Christoph Kolumbus entdeckt und die Islas de las Pozas genannt. Im 18.Jahrhundert wurden sie in Swan Islands umbenannt, nach Captain Swan, dem Kapitän des Cygnet, den Piraten gefangen genommen und gezwungen hatten, sich ihnen anzuschließen.Amerikanische Unternehmer begannen in den 1840er Jahren mit dem Export von Guano als Dünger. Die in amerikanischem Besitz befindliche „Atlantic and Pacific Guano Company“ mit Sitz in New York City wurde in den 1840er Jahren gegründet und begann mit dem Export von Dünger, der auf Guano basiert, der auf den Swan Islands gesammelt wurde. 1856 beanspruchten die Vereinigten Staaten offenbar die Inseln. Im April 1857 beanspruchte John Valentine White die Inseln aufgrund des Guano Islands Act; Später in diesem Jahr übertrug er alle Interessen an diesen Inseln an Charles Sterns, Joseph W. Fabens und Duff Green. Messer Sterns, Fabens und Green gründeten die Atlantic and Pacific Guano Company, die 1858 50.000 Aktien zu einem Preis von jeweils 100 US-Dollar für eine Gesamtkapitalisierung von 5.000.000 US-Dollar ausgab. Das Unternehmen gab am 1. Juni 1867 sogar eine von William H. Whitfield unterzeichnete Währung in 25-Cent-, 50-Cent- und Ein-Dollar-Stückelungen aus, um den Handel auf den Inseln zu erleichtern.Anschließend kaufte ein Chemieunternehmen die Inseln, wurde aber insolvent. Kapitän Alonzo Adams segelte 1893 dorthin und nahm die Inseln in Besitz; 1904 übertrug er das Eigentum an die Swan Island Commercial Company. Dieses Unternehmen verpachtete einen Teil von Great Swan Island an die United Fruit Company, die Kokospalmen anbaute und eine drahtlose Funkrelaisstation für die Wartung ihrer karibischen Flotte einrichtete, den Mietvertrag jedoch schließlich aufgab. Die Swan Island Commercial Company lieferte Hurrikan-Überwachungsdaten von 1928 bis 1932. Das US Weather Bureau besetzte ab 1938 eine Hurrikan-Wetterstation auf Great Swan, besetzte sie jedoch nur während der Hurrikansaison.Während des Zweiten Weltkriegs stationierten sowohl die US Navy als auch das US Weather Bureau Personal auf der Insel. In den späten 1940er Jahren bis 1949 wurde Swan Island eine Tierquarantänestation des US-Landwirtschaftsministeriums für die Einfuhr von Rindfleisch. Im Jahr 1914 richteten der heutige National Weather Service (NWS) und später die Federal Aviation Agency (FAA) meteorologische und Kommunikationsmittel auf Swan ein, um Luftfahrtdienste und Hurrikanvorhersageaktivitäten zu unterstützen. Die FAA verließ Swan Island in den 1960er Jahren und überließ der NWS alle Vermögenswerte und Verantwortlichkeiten. Honduras beanspruchte diese Inseln ab 1923 und behauptete, dass sie, weil Kolumbus die Inseln entdeckt hatte, als er nach Spanien segelte, dem nächstgelegenen spanischsprachigen Land gehören sollten. Sowohl die Vereinigten Staaten als auch Honduras beanspruchten die Swan Islands, bis die Vereinigten Staaten ihren Anspruch nach dem Guano Islands Act fallen ließen. Ein Vertrag wurde am 22. November 1971 unterzeichnet, und der Titel von Honduras trat am 1. September 1972 in Kraft. Der Besitz der Insel war lange umstritten. Die Familie Sumner Smith hat immer ihr Eigentum behalten und, anscheinend, hatte etwas Ansehen in der U.S. Gerichte. Dennoch entschied sich die amerikanische Regierung, ihren Anspruch trotz dieser Stellung aufzugeben (Ref. In: D S Platt, et al., NOAA-NWS). Die Inseln erlangten in den frühen 1960er Jahren durch die Aktivitäten von Radio Swan Bekanntheit, das im Mai 1960 während der Vorbereitung und später der Durchführung der Invasion der Schweinebucht in Kuba mit der Ausstrahlung begann. Die Station wurde von den Inseln in den späten 1960er Jahren entfernt, sein Hauptsender dann für den Einsatz im Vietnamkrieg übertragen.Im Jahr 1965 befragte die Polizei in Bellaire, Texas, einen ehemaligen Schüler der Bellaire High School über seine Rolle in einer jugendlichen „Armee“, die sich der Befreiung „unterdrückter Länder“ widmete, berichtete der Houston Chronicle. Die Gruppe, genannt die Kononiers, war seit etwa fünf Jahren in Existenz, der Student sagte der Zeitung, und wurde durch eine Reihe von Einbrüchen des Deep River Armory Store bewaffnet. Die Waffen wurden in das Addicks Reservoir-Gebiet gebracht, wo sie für den Kampf trainierten. Die Jugendlichen trainierten für die „Operation Liberation Swan Island“ vor Honduras.Im Jahr 1987 berichtete die Los Angeles Times, dass die CIA und andere amerikanische Regierungsbehörden auf Swan Island eine verdeckte Trainingseinrichtung für nicaraguanische Contras hatten. 1989 erklärte der Präsident von Honduras, Rafael Leonardo Callejas, die Insel zum Naturschutzgebiet.Im Oktober 1998 zog Hurrikan Mitch mit Winden von 290 km / h (180 mph) durch das Gebiet.Im Jahr 2001 kündigte Swan Island Development, LLC aus Brooksville, Florida, Pläne an, die Swan Islands bis 2010 in Partnerschaft mit der Regierung von Honduras zu entwickeln. Luxusimmobilien und Hotels im Wert von fünf Milliarden Dollar wurden mit einer Hauptstadt namens Cygnet geplant. Im Jahr 2004 kündigte Swan Island Development auch Pläne zur Einrichtung eines Forschungszentrums für menschliche Stammzellen an. Ab 2021 ist keines davon aufgetreten.