Nachdem Thomas in Einzelhaft gehalten wurde, wird er schließlich von Janson (Spitzname „Rat Man“), dem stellvertretenden Direktor von WICKED (World In Catastrophe Killzone Experiment Department), freigelassen. Janson sagt den Gladers (Gruppe A) und Gruppe B, dass die meisten von ihnen immun gegen die Fackel sind, aber einige, deren Namen er liest, sind nicht immun, einschließlich Newt. Den Gladers wird die Möglichkeit geboten, die Gedankenkontrollchips in ihren Köpfen zu entfernen und ihre Erinnerungen wiederherzustellen, jedoch auf Kosten von Thomas ‚Fähigkeit, telepathisch mit Teresa und Aris zu kommunizieren. Nur Thomas, Minho und Newt entscheiden sich, sich der Operation nicht zu unterziehen, da sie WICKED nicht vertrauen, und Thomas will nicht wissen, wer er war, als er Go half, das Labyrinth zu erschaffen. Alle drei fliehen mit Hilfe von Brenda und Jorge vor WICKED, bevor ihre Chips entfernt werden.

Brenda und Jorge arbeiten offenbar für WICKED. Thomas fühlt sich zunächst betrogen, aber Brenda überzeugt ihn, ihr zu vergeben. Bald darauf entdecken die Gladers, dass jeder, der die Gedächtniswiederherstellung durchgemacht hatte, sie verlassen hatte. Newt gibt Thomas eine Notiz und sagt ihm, er solle sie öffnen, „wenn die Zeit reif ist.“ Die fünf reisen dann nach Denver, um Hans zu finden, einen ehemaligen BÖSEN Forscher, der ihre Gedankenkontrollchips entfernen kann. Dort leitet ein Mann in einem schwarzen Anzug sie zu einer Adresse, wo Gally auf sie wartet. Gally hat sich der Rebellengruppe the Right Arm angeschlossen und erklärt, dass WICKED jedes Immun einfängt, das es finden kann, um einen weiteren Zyklus der Prüfungen vorzubereiten. Er enthüllt auch, dass in den verfallenden Städten viele leben, die an der Fackel leiden, aber die illegale Droge Bliss nehmen, die die Funktion des Gehirns verlangsamt und hilft, die Schmerzen zu lindern, die Kurbeln durch die Fackel empfinden.

Die Gruppe findet Hans, der Minhos Kontrollchip entfernt. WICKED benutzt jedoch Thomas ‚Chip, um ihn zu zwingen, sich dem Verfahren zu widersetzen. Brenda, Jorge und Minho müssen ihn festhalten, damit Hans die Operation durchführen kann. Danach besucht die Gruppe ein Café, wo ein Wachmann Thomas festnimmt, um ihn an Kopfgeldjäger zu verkaufen, die ihn nach WICKED bringen. Janson greift in ein Gespräch ein, schickt ein Polizeifahrzeug, um Thomas zu retten, und sagt ihm, dass er nach WICKED zurückkehren muss, „um Newt zu retten.“ Thomas und seine Freunde erfahren in einer Notiz, dass Newt zu den Kurbeln gebracht wurde. Minho überredet sie, in den Denver Crank Palace zu gehen, um Newt zu retten, wo sie die Wachen bestechen, um hineinzukommen. Als sie Newt treffen, befiehlt er ihnen wütend zu gehen, und die anderen Kurbeln jagen sie hinaus. Thomas erinnert sich dann an Newts Notiz, liest sie und entdeckt, dass er Thomas gebeten hatte, ihn zu töten. Thomas verzweifelt darüber, dass er die Notiz nicht früher gelesen hat.

Nach seiner Rückkehr nach Denver sieht Thomas, dass Newt der Fackel erlegen ist. Thomas antwortet auf Newts Bitten, indem er ihm als Akt der Barmherzigkeit in den Kopf schießt. Die Gruppe entdeckt dann, dass Teresa und die anderen Affen gefangen genommen wurden. Nachdem sie die Wachen ausgeschaltet haben, stellen sie fest, dass die Wachen von Vince, dem Anführer des rechten Arms, angeführt wurden, der erklärt, dass sie WICKEDS Hauptquartier infiltrieren. Im Inneren entdeckt Thomas, wie Janson versuchte, seinen Versuch zu nutzen, „Newt zu retten“, um Daten für die Heilung zu sammeln, indem er die physische Struktur von Thomas ‚Gehirn untersuchte, die ihn töten würde. Thomas ist gezwungen, die tödliche Gehirnoperation zu beginnen, schafft es jedoch, ein Gerät zu installieren, das WICKEDS Waffen deaktiviert, wodurch der rechte Arm die Einrichtung stürmen kann.Thomas wacht auf und findet eine Notiz von Kanzlerin Ava Paige, der Leiterin von WICKED, die erklärt, dass es bereits genug Ressourcen aus den Studien gibt, um eine Blaupause für die Heilung zu erstellen, und so wird sein Gehirn schließlich nicht benötigt. Paige enthüllt die Position der Affen, die vom rechten Arm „verkauft“ wurden, um Zugang zu WICKED zu erhalten, und sie gibt Anweisungen zu einem „sicheren Ort“, an dem Thomas alle mitnehmen sollte. Thomas und seine Freunde betreten das Labyrinth erneut und finden die gefangenen Affen. Sie erfahren jedoch, dass der rechte Arm beabsichtigt, das Hauptquartier zu zerstören, anstatt es zu besetzen. Explosionen erschüttern das Labyrinth, und fallende Trümmer töten einige der Feinde, die sich darin befinden. Ausgelöst durch die Aufregung kommen die Grievers aus dem Lager, aber Teresa zeigt Thomas, wie man sie herunterfährt. Thomas findet eine Hintertür; was sich als Schmeichelei herausstellt. Sie fangen an, die beiden Kinder durch die Wohnung zu hüten, aber bevor Thomas und seine Freunde entkommen können, Janson und die Sicherheitsleute bringen sie in die Enge. Sie beginnen einen Kampf, der endet, als Thomas Janson zu Tode erwürgt. Teresa stirbt jedoch auch an herabfallenden Trümmern, um Thomas das Leben zu retten. Flucht aus dem Gebäude, die Affen entkommen durch die flache Straße, die zu einem üppigen Paradies führt.

Der Epilog wird von Paige erzählt. Sie enthüllt, dass die Fackel nach den katastrophalen Sonneneruptionen absichtlich von der Regierung als eine Form der Bevölkerungskontrolle geschaffen und freigesetzt wurde. Die Regierung und die Regierung waren jedoch nicht in der Lage, die Pest zu kontrollieren. Paige erkannte, dass sie niemals in der Lage sein würden, ein Heilmittel für die Fackel zu finden, und dass WICKEDS Bemühungen vergeblich waren. Sie erkannte, dass die einzige Hoffnung, das Aussterben der Menschheit zu verhindern, darin bestand, dass Immunes ihre eigene Gesellschaft gründete, weg vom Rest der Welt. Sie entwickelte einen Plan mit Brenda und Jorge, um sie an einen sicheren Ort zu schicken, an dem sie die menschliche Zivilisation wiederherstellen konnten, und so erklärte sie: „BÖSE ist gut.“