Die Times Square Church wurde 1987 von David Wilkerson gegründet. Zu dieser Zeit war der Times Square als Zentrum von X-Rated-Filmen, Strip-Clubs, Prostitution und Drogenabhängigkeit bekannt. Wilkerson eröffnete die Kirche als Reaktion auf das, was er als „die körperlich mittellosen und geistig toten Menschen“ bezeichnete, die er unter den Zuhältern sah, Ausreißer und Crack-Händler, die die Gegend bevölkerten. Die Times Square Church hielt ihre Gottesdienste kurzzeitig im Rathaus in der 43rd Street in Manhattan und dann im Nederlander Theatre in der 41st Street ab.

1989 wurde die Kirche an das ehemalige Mark-Hellinger-Theater verpachtet. 1991 kaufte sie das Theater für 17 Millionen Dollar. Wilkerson beschrieb die Kirche als evangelische Pfingstkirche, die von drei Pastoren geleitet wurde: David Wilkerson, sein Bruder Donald Wilkerson und Robert Phillips. Das Theater ist immer noch der aktuelle Standort der Kirche in der 51st Street.Im Jahr 2001 beauftragte der Gründungspastor David Wilkerson Carter Conlon, ehemals evangelischer Pastor aus Ostkanada und Associate Pastor an der Times Square Church von 1994-2001, mit dem Senior Pastorate. Es gibt auch Prediger und Missionare, die aus der ganzen Welt kommen, um zu predigen. Die Kirche legt Wert auf das Gebet und hat sogar ein „Gebet während des Predigtdienstes“. Es gibt auch Highschool- und Jugendprogramme, um die Wahrheit und Liebe im Wort Gottes zu lehren.

Von 2007 bis 2009 organisierte die Kirche eine Veranstaltung namens Prayer in the Square, eine Gebetskundgebung, die auf dem Times Square stattfand.Am 5. Mai 2020 wurde Tim Dilena Senior Pastor, der dritte seit der Gründung der Kirche. Er hatte eine lebenslange Verbindung mit dem Gründungspastor David Wilkerson und predigte seit vielen Jahren regelmäßig in der Kirche.