1868 wurde die mittelalterliche Stadt Edo, Sitz der Tokugawa-Regierung, in Tokio umbenannt und die Büros der Präfektur Tokio (-fu) eröffnet. Die Ausdehnung der Präfektur Tokio beschränkte sich zunächst auf die ehemalige Edo-Stadt, wurde aber schnell erweitert, um mit der heutigen Metropole Tokio vergleichbar zu sein. Im Jahr 1878 unterteilte die Meiji-Regierung die Reorganisation der Kommunalverwaltungen in Präfekturen in Landkreise oder Bezirke (gun, weiter unterteilt in Städte und Dörfer, später ähnlich wie preußische Bezirke neu organisiert) und Bezirke oder Bezirke (ku), die in gewöhnlichen Präfekturen waren Städte als Ganzes, zB die heutige Stadt Hiroshima (-shi) war dann Hiroshima-ku; Die drei großen Städte Tokio, Osaka und Kyoto wurden jeweils in mehrere solcher Bezirke unterteilt. In der Präfektur Tokio entstanden dadurch 15 Bezirke (siehe unten) und sechs Landkreise / Bezirke.Im Jahr 1888 schuf die Zentralregierung den rechtlichen Rahmen für das derzeitige System der Städte (shi), das einige grundlegende lokale Autonomierechte gewährte – mit einigen Ähnlichkeiten zu Preußens System der lokalen Selbstverwaltung, da der Meiji-Regierungsberater Albert Mosse die Organisation der lokalen Regierung stark beeinflusste. Aber unter einer speziellen kaiserlichen Verordnung behielt Tokyo City, wie Kyoto City und Osaka City, zunächst keinen separaten Bürgermeister bei; Stattdessen diente der (ernannte) Gouverneur der Präfektur Tokio als Bürgermeister von Tokyo City. Der Stadtrat von Tokio (Tōkyō-shikai) wurde erstmals im Mai 1889 gewählt. Jede Gemeinde behielt auch ihre eigene Versammlung. Stadt und Präfekturregierung wurden 1898 getrennt., und die Regierung fing an, einen getrennten Bürgermeister der Stadt Tokyo 1898 zu ernennen, aber behielt Bezirk-Ebenegesetzgebung bei, die bis heute im speziellen Bezirkssystem weitergeht. Ab 1926 wurde der Bürgermeister von der gewählten Stadtverordnetenversammlung aus den eigenen Reihen gewählt. Das Rathaus von Tokio befand sich im Stadtteil Yūrakuchō auf einem Gelände, das heute vom Tokyo International Forum besetzt ist.Tokio wurde die zweitgrößte Stadt der Welt (Bevölkerung 4,9 Millionen) nach der Aufnahme mehrerer Außenbezirke im Juli 1932, so dass die Stadt insgesamt 35 Bezirke.1943 wurde die Stadt abgeschafft und mit der Präfektur Tokio zur Tokyo Metropolitan Government verschmolzen, die funktionell Teil der Zentralregierung Japans war: Der Gouverneur von Tokio wurde Kabinettsminister, der direkt dem Premierminister unterstand. Dieses System blieb bis 1947 bestehen, als die derzeitige Struktur der Tokyo Metropolitan Government gebildet wurde.