Er gründete 1984 die Bay Area Laboratory Co-operative (BALCO), ein Sporternährungszentrum, das sich zuerst in Millbrae, Kalifornien, befand und später nach Burlingame, Kalifornien, umzog. Die US-Anti-Doping-Agentur (USADA) sagt, er habe das verbotene Steroid Tetrahydrogestrinon (THG) mit Hilfe des Bodybuilding-Chemikers Patrick Arnold entwickelt. Gemäß einem Plädoyer, das mit Staatsanwälten geschlossen wurde, gab er im Juli 2005 Schuldbekenntnisse wegen Verschwörung zur Verteilung von Steroiden und einer zweiten Anklage wegen Geldwäsche eines Teils eines Schecks ab. Er wurde im Oktober verurteilt vier Monate in der Federal Taft Correctional Institution in Taft zu verbringen, Kalifornien, und weitere vier auf Hausarrest.

Im Dezember 2004 nahm er an einem Interview mit Martin Bashir in ABCs 20/20-Programm teil, in dem er zugab, Dopingprogramme durchgeführt zu haben, die olympische Rekorde gebrochen haben, und enthüllte, dass: „Die ganze Geschichte der Spiele ist nur voll von Korruption, Vertuschung, leistungssteigerndem Drogenkonsum.“

In dem Interview verwickelte er unter anderem die fünfmalige olympische Goldmedaillengewinnerin Marion Jones und ihren Partner Tim Montgomery, Kelli White (die später zugab, leistungssteigernde Medikamente eingenommen zu haben), den britischen Athleten Dwain Chambers und den NFL-Spieler Bill Romanowski.Am 21. Dezember 2006 berichtete Yahoo Sports, dass einer von Contes ersten Verteidigern, Troy Ellerman, vom FBI als mögliche Quelle von Lecks an die Medien während der Barry Bonds-Sonde ins Visier genommen worden war. Am 14. Februar 2007 bekannte sich Ellerman schuldig, die Aussage der Grand Jury undicht gemacht zu haben. Es wurde auch berichtet, dass FBI-Agenten eine zusätzliche Quelle von Lecks waren.Im Mai 2007 behauptete Conte, erneut Ergänzungen für Dwayne Chambers bereitzustellen, der die Leichtathletik verließ, um in der NFL Europa League für die Hamburg Sea Devils zu spielen, bevor er 2008 zur Leichtathletik zurückkehrte. Laut Conte sind diese Nahrungsergänzungsmittel, die über seine Firma Scientific Nutrition für fortgeschrittene Konditionierung bereitgestellt werden, vollkommen legal.Am 13.Dezember 2007 erschien Conte auf CNN, bevor der Mitchell-Bericht offiziell veröffentlicht wurde.