Debido a que la bahía de Saginaw es más superficial y cálida que la cuenca principal del lago Huron, su comunidad de peces también es diferente. Tanto la pesca recreativa como la comercial operan en la bahía de Saginaw. El lucioperca y la perca amarilla son las principales especies deportivas, mientras que la pesca comercial se centra principalmente en el pescado blanco de lago y la perca amarilla. La pesquería comercial es una pesquería con licencia del estado de Michigan, a diferencia de las pesquerías tribales que operan en otras partes del lago Huron. La pesca recreativa se hizo más prominente en la última mitad del siglo XX. Antes de eso, las pesquerías de la bahía eran casi en su totalidad comerciales. Al igual que gran parte de los Grandes Lagos, las pesquerías colapsaron o se degradaron severamente a mediados del siglo XX. Esto se atribuyó principalmente a la degradación del hábitat (construcción de presas, sedimentación de zonas de desove frente a la costa), la contaminación, la eutrofización cultural y los efectos de las especies invasoras. La explotación relativamente intensa de las pesquerías comerciales que operaban en ese momento probablemente aceleró las disminuciones, pero no se creía que fuera la causa principal, ya que habían operado allí desde finales del siglo XVII.

El resurgimiento de las pesquerías comenzó después de la aprobación de leyes de agua limpia como la Ley de Agua Limpia y el Pacto de Agua Limpia de los Grandes Lagos. La pesquería de lucioperca comenzó un resurgimiento a principios de la década de 1980 cuando el Departamento de Recursos Naturales de Michigan inició un programa de media de alevines. La pesquería deportiva pronto volvió a surgir, pero la pesquería comercial de lucioperca, que se cerró formalmente en 1970, permaneció cerrada. La cosecha de pesca recreativa alcanzó un promedio de 80,000 walleyes anuales desde 1986 hasta 2002, pero fue dependiente de la planta de incubación, con hasta un 80% de la cosecha siendo pescado de la planta de incubación. En 2003 se produjo un profundo cambio en la red alimentaria del lago Hurón con la casi desaparición de la espadachín invasora. Las alewives usaban las aguas cercanas a la costa de la Bahía de Saginaw como zonas de desove y cría y eran un depredador formidable y un competidor en alevines percid (lucioperca y perca amarilla) recién nacidos. En ausencia de alewives, el éxito reproductivo de lucioperca y perca amarilla aumentó en gran medida. El Departamento de Recursos Naturales de Michigan suspendió el almacenamiento en 2006, y los objetivos de recuperación de lucioperca se cumplieron formalmente en 2009. Desde entonces, la cosecha recreativa ha oscilado entre unas 150.000 por año y hasta 350.000 por año. El Departamento de Recursos Naturales de Michigan liberalizó la cosecha recreativa de lucioperca (límite de posesión diario más alto y límite de longitud mínima más bajo) en 2015. Aunque la perca amarilla también se benefició de la ausencia de alewives con mayor éxito reproductivo, el número de adultos ha disminuido y se ha mantenido deprimido. Esto se debe a una alta tasa de mortalidad en su primer año de vida, que se cree que es depredación de lucioperca y otros depredadores.

Otras especies históricamente importantes en la bahía de Saginaw incluyen el esturión del lago y el arenque del lago. Hasta mediados del siglo XX, la bahía de Saginaw apoyó una enorme pesquería comercial de Cisco. Disminuyeron a lo largo de gran parte del lago y no se han recuperado en la bahía de Saginaw. En 2017 se inició un programa de almacenamiento de alevines cisco destinado a restaurar una población reproductora en la bahía, un ejercicio conjunto del Servicio de Pesca y Vida Silvestre de los Estados Unidos, el Departamento de Recursos Naturales de Michigan y otras agencias asociadas de la Comisión de Pesca de los Grandes Lagos. El esturión del lago, que desova principalmente en los ríos, también es objeto de un esfuerzo de repoblación dirigido por el Departamento de Recursos Naturales de Michigan, con plantaciones que tienen lugar en el sistema fluvial de Saginaw.