Henry Highland Garnet nació el 23 de diciembre de 1815 en New Markey, Maryland. Sus padres, Jorge y Enriqueta, eran esclavos en el momento de su nacimiento. Su abuelo había sido traído a los Estados Unidos en un barco de esclavos algunos años antes. El padre de Garnet, George, fue un hombre de oración que tuvo una gran influencia en las fuertes convicciones religiosas de Garnet más adelante en la vida. La familia huyó de la esclavitud en 1824 por medio del Ferrocarril subterráneo. Después de establecerse por un breve tiempo en New Hope en el condado de Bucks, Pensilvania, George encontró trabajo como zapatero en la ciudad de Nueva York, donde la familia finalmente se estableció. Fue en este momento, en 1826, que George cambió el apellido a «Granate» como un signo de sus nuevas vidas después de la esclavitud. De niño, Garnet viajó a Cuba y Washington, DC, trabajando como marinero de cubierta en una goleta, un velero mercante. Cuando regresó, se fue a Long Island a trabajar como jornalero durante dos años.

En 1831, Garnet comenzó sus estudios en la Escuela Secundaria para Jóvenes de Color en la ciudad de Nueva York. Dos años más tarde, Garnet fue bautizado por Theodore Sedgwick Wright, pastor de la Primera Iglesia Presbiteriana de Color. Mientras asistía a la Academia Noyes en Canaan, New Hampshire, Garnet conoció a Julia Williams. Se casaron en 1841 y tuvieron tres hijos, de los cuales solo uno sobrevivió hasta la edad adulta. La pareja se mudó a Troy, Nueva York, donde estudió religión y teología con Nathan Beman, un nuevo clérigo de la Escuela.En 1841, Garnet fue ordenado pastor de la Iglesia Presbiteriana de Liberty Street y se convirtió en un firme defensor de la abolición de la esclavitud. Se unió a la Sociedad Antiesclavista Estadounidense y Extranjera y comenzó a dar discursos contra la esclavitud en todo el noreste. En 1843, Garnet dio un emotivo discurso en la Convención Nacional de Negros en Buffalo, Nueva York. Instó a los esclavos a liberarse por cualquier medio posible. Su discurso, Discurso a los esclavos de los Estados Unidos de América (1843), conmovió a la gente hasta las lágrimas. Sin embargo, las ideas radicales de Garnet se opusieron a activistas más conservadores como Frederick Douglass.

En 1850, Garnet viajó a Gran Bretaña para dar una conferencia contra la esclavitud. Mientras estuvo allí, dirigió un boicot a la fabricación de algodón. En 1852, Garnet fue enviado a Jamaica como misionero para la Iglesia Presbiteriana Unida de Escocia. Después de enfermarse en 1855, se vio obligado a regresar a la ciudad de Nueva York, donde se convirtió en pastor de la Iglesia Presbiteriana de Shiloh. En 1861, Garnet regresó a Inglaterra por un breve tiempo para representar a la Sociedad de Civilización Africana, pero regresó cuando estalló la Guerra Civil Estadounidense. Reclutó negros libres para luchar por el Norte, y recolectó comida, ropa y otras comodidades para hacer sus vidas como soldados más soportables.En 1864, Garnet se convirtió en pastor de la Iglesia Presbiteriana de la calle Quince en Washington, DC. Continuó hablando en contra de la esclavitud y fue el primer estadounidense negro en predicar un sermón a la Cámara de Representantes en el Capitolio. En 1868, Garnet se mudó a Canal Street en Allegheny City, Pittsburgh, donde se desempeñó como presidente de Avery College, una escuela de educación religiosa para afroamericanos. En Pittsburgh, Garnet estableció Grace Memorial Church, la primera iglesia para la comunidad presbiteriana negra de Pittsburgh. Regresó a la Iglesia Presbiteriana de Shiloh en 1870. En 1881, el Presidente Garfield nombró a Garnet ministro (el cargo ahora es Embajador) y Cónsul General en Liberia, África Occidental.La esposa de Garnet, Julia, falleció en 1870. En 1879, se casó con Sarah Smith Tompkins, quien fue una prominente maestra de Nueva York y directora de escuela. Después de mudarse a Liberia en diciembre de 1881, Garnet enfermó. Dos meses después, falleció el 13 de febrero de 1882, en Monrovia. Su hija, la Sra. M. H. Garnet-Barboza, ayudó a organizar una escuela en memoria de su padre en Brewersville, Liberia. La gente de Pittsburgh celebra un» Día de Granate de Henry Highland » cada febrero en memoria del trabajo que hizo en su ciudad.