En 1868, la ciudad medieval de Edo, sede del gobierno Tokugawa, pasó a llamarse Tokio, y se abrieron las oficinas de la Prefectura de Tokio (-fu). La extensión de la Prefectura de Tokio se limitó inicialmente a la antigua ciudad de Edo, pero se incrementó rápidamente para ser comparable con la actual metrópoli de Tokio. En 1878, la reorganización del gobierno Meiji de los gobiernos locales subdividió prefecturas en condados o distritos (gun, subdividido en ciudades y pueblos, más tarde reorganizado de manera similar a los distritos prusianos) y distritos o distritos (ku) que se encontraban en ciudades prefecturas ordinarias en su conjunto, por ejemplo, la actual Ciudad de Hiroshima (-shi) era entonces Hiroshima-ku; las tres ciudades principales de Tokio, Osaka y Kioto se subdividieron en varios de estos distritos. En la Prefectura de Tokio, esto creó 15 distritos (enumerados a continuación) y seis condados/distritos.

En 1888, el gobierno central creó el marco legal para el actual sistema de ciudades (shi) que otorgaba algunos derechos básicos de autonomía local, con algunas similitudes con el sistema de autogobierno local de Prusia, ya que el asesor del gobierno Meiji Albert Mosse influyó fuertemente en la organización del gobierno local. Pero bajo una regulación imperial especial, la Ciudad de Tokio, al igual que la Ciudad de Kioto y la Ciudad de Osaka, inicialmente no mantuvo un alcalde separado; en cambio, el gobernador (designado) de la Prefectura de Tokio sirvió como alcalde de la Ciudad de Tokio. El consejo/asamblea de la ciudad de Tokio (Tōkyō-shikai) fue elegido por primera vez en mayo de 1889. Cada barrio también conservaba su propia asamblea. El gobierno de la ciudad y de la prefectura se separaron en 1898., y el gobierno comenzó a nombrar un alcalde separado de la ciudad de Tokio en 1898, pero conservó la legislación a nivel de distrito, que continúa hasta el día de hoy en el sistema de distrito especial. A partir de 1926, el alcalde fue elegido por el consejo/asamblea de la ciudad de sus propias filas. El ayuntamiento de Tokio estaba ubicado en el distrito de Yūrakuchō, en un sitio que ahora ocupa el Foro Internacional de Tokio.

Tokio se convirtió en la segunda ciudad más grande del mundo (4,9 millones de habitantes) al absorber varios distritos periféricos en julio de 1932, dando a la ciudad un total de 35 barrios.

En 1943, la ciudad fue abolida y se fusionó con la Prefectura de Tokio para formar el Gobierno Metropolitano de Tokio, que era funcionalmente una parte del gobierno central de Japón: el gobernador de Tokio se convirtió en un ministro del Gabinete que dependía directamente del Primer Ministro. Este sistema se mantuvo hasta 1947, cuando se formó la estructura actual del Gobierno Metropolitano de Tokio.