El Nacimiento de la Tragedia fue criticado airadamente por muchos respetados estudiosos profesionales de la literatura griega. Particularmente vehemente fue el filólogo Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff, quien denunció el trabajo de Nietzsche como torpe y engañoso. Impulsado por Nietzsche, Erwin Rohde, un amigo que había escrito una crítica favorable que provocó el primer debate despectivo sobre el libro, respondió exponiendo las citas inexactas de Wilamowitz—Moellendorf de la obra de Nietzsche. Richard Wagner también respondió a la crítica de Wilamowitz-Moellendorf, pero su acción solo sirvió para caracterizar a Nietzsche como lacayo del compositor.

En su denuncia del Nacimiento de la Tragedia, Wilamowitz dice:

Herr N. … también es profesor de filología clásica; trata una serie de cuestiones muy importantes de la historia literaria griega. … Esto es lo que quiero iluminar, y es fácil demostrar que aquí también el genio imaginario y la insolencia en la presentación de sus afirmaciones están en relación directa con su ignorancia y falta de amor a la verdad. … Su solución es menospreciar el método histórico-crítico, regañar cualquier perspicacia estética que se desvíe de la suya, y atribuir un «malentendido completo del estudio de la antigüedad» a la época en la que la filología en Alemania, especialmente a través de la obra de Gottfried Hermann y Karl Lachmann, se elevó a una altura sin precedentes. Al sugerir que los griegos podrían haber tenido problemas, Nietzsche se apartaba de las tradiciones académicas de su época, que veían a los griegos como personas felices, quizás incluso ingenuas y sencillas. La obra es una red de filología profesional, visión filosófica y admiración por el arte musical. Como trabajo en filología, fue rechazado casi de inmediato, destruyendo virtualmente las aspiraciones académicas de Nietzsche. El tema musical estaba tan estrechamente asociado con Richard Wagner que se convirtió en una vergüenza para Nietzsche una vez que él mismo había logrado cierta distancia e independencia de Wagner. Se erige, entonces, como el primer trabajo filosófico completo y publicado de Nietzsche, uno en el que se hace una batería de preguntas, se identifican de manera esquemática y se responden de manera cuestionable.

Marianne Cowan, en su introducción a la Filosofía de Nietzsche en la Era Trágica de los griegos, describe la situación con estas palabras:

El nacimiento de la Tragedia presentó una visión de los griegos tan ajena al espíritu de la época y a los ideales de su erudición que arruinó toda la carrera académica de Nietzsche. Provocó panfletos y contra-panfletos atacándolo por razones de sentido común, erudición y cordura. Durante un tiempo, Nietzsche, entonces profesor de filología clásica en la Universidad de Basilea, no tenía estudiantes en su campo. Sus conferencias fueron saboteadas por profesores de filosofía alemanes que aconsejaron a sus estudiantes no presentarse a los cursos de Nietzsche. En 1886, el propio Nietzsche tenía reservas sobre la obra, y publicó un prefacio en la edición de 1886 donde reevaluó algunas de sus principales preocupaciones e ideas en el texto. En este post-guión, Nietzsche se refirió al Nacimiento de la Tragedia como «un libro imposible… mal escrito, pesado, vergonzoso, loco por la imagen y confundido por la imagen, sentimental, azucarado hasta el punto de afeminarse, de ritmo desigual, sin la voluntad de limpieza lógica. Aún así, defendió el «libro arrogante y rapsódico» por inspirar a » compañeros rapsodizadores «y por atraerlos a» nuevos caminos secretos y lugares de baile».»

En 1888, en Ecce Homo, Nietzsche volvió al ataque. Defiende El Nacimiento de la Tragedia declarando: «indifferent Es indiferente hacia la política,—’no alemán’, para usar el lenguaje de la época actual-huele ofensivamente hegeliano, y el perfume cadavérico de Schopenhauer se adhiere solo a unas pocas fórmulas. Una ‘idea’ —la antítesis de lo dionisíaco y lo apoliniano-traducida a lo metafísico; la historia misma como el desarrollo de esta «idea»; en la tragedia, esta antítesis se sublima en una unidad; bajo esta perspectiva, las cosas que nunca antes se habían enfrentado se yuxtaponen repentinamente, se usan para iluminarse y comprenderse… La ópera, por ejemplo, y la revolución.- Las dos innovaciones decisivas del libro son, en primer lugar, su comprensión del fenómeno dionisíaco entre los griegos: por primera vez, se ofrece un análisis psicológico de este fenómeno, y se considera una raíz de todo el arte griego. La otra es la comprensión del Socratismo: Sócrates es reconocido por primera vez como un instrumento de desintegración griega, como un decadente típico. «Racionalidad» contra instinto. ¡La ‘racionalidad’ a cualquier precio como una fuerza peligrosa que socava la vida!- Silencio profundo y hostil sobre el cristianismo en todo el libro. Eso no es apoliniano ni dionisíaco; niega todos los valores estéticos, los únicos valores que reconoce el «Nacimiento de la Tragedia»: es nihilista en el sentido más profundo, mientras que en el símbolo dionisíaco se alcanza el límite último de la afirmación. Hay una alusión a los sacerdotes cristianos como un «tipo vicioso de enanos» que son «subterráneos»…»

En el título de su novela La Montaña Mágica, Thomas Mann alude a un pasaje del Nacimiento de la Tragedia, y la influencia de la obra de Nietzsche se puede ver en el personaje de la novela Mynheer Peepercorn, que encarna el «principio dionisíaco».

Dentro del contexto de un estudio crítico del «humanismo ateo» de Nietzsche, el influyente teólogo católico Henri de Lubac lo consideró «una obra de genio», y dedicó varias páginas de su estudio para explicar la relación entre el pensamiento temprano de Nietzsche y el cristianismo.