En el primer post de Understanding Phylogenies, describí algunos términos filogenéticos básicos utilizando una filogenia de barras de caramelo. El punto principal es que el diseño (aka – topología) de ramas y nodos ilustraba cómo las barras de caramelo (aka – taxa) se relacionaban entre sí en función de sus rasgos (en este caso, forma o sabor de caramelo). Sin embargo, es posible que haya notado una serie de relaciones espurias.

Por ejemplo (Figura 3A):
• ¿Son las empanadas de Menta York y el Puré de cerezas realmente hermanas solo porque son redondas?
• ¿Qué une a los clados de maní y coco como taxones hermanos?En el clado de los cacahuetes, ¿la mantequilla de cacahuete (las tazas de mantequilla de cacahuete de Reece) es hermana de los cacahuetes (Día de pago) o del relleno de mantequilla de cacahuete (Dedo de mantequilla)?* ¿Cuál es el ancestro común entre los caramelos» Drops «y» Flat Bar»?

La respuesta es que algunas de las relaciones en el árbol original no tienen sentido. Obligué a los taxones a un árbol completamente bifurcado (Figura 3A). Sin embargo, podemos mostrar ambigüedad al no forzar al árbol a bifurcarse y permitir politomías en el árbol (Figura 3B). Las politomías pueden representar incertidumbre en los datos o falta de información. Discernir si una politomía representa incertidumbre o falta de información depende del investigador y de su conocimiento del sistema y de los datos. Es posible que puedan recopilar más datos (ex taxones adicionales o más rasgos de carácter ) para resolver el árbol. Sin embargo, algunas politomías no se pueden resolver y simplemente reflejan la incertidumbre que los investigadores deben tener en cuenta a medida que avanzan con sus análisis.

El peso dado a los rasgos contribuye a la diferencia entre los árboles bifurcados (Figura 3A) y politomía (Figura 3B). Cuando se consideró la forma de caramelo (Figura 3A), los taxones de grupos de sabores cerca de las puntas, pero los grupos de formas se agrupan más cerca de la raíz. Sin embargo, cuando no se consideró la forma, las agrupaciones solo se hicieron por sabor y no había datos suficientes para bifurcar completamente el árbol cerca de la raíz, ya que algunos clados no compartían múltiples perfiles de sabor.

Aunque las politomías pueden ser frustrantes porque no se describen todas las relaciones entre taxones, son una parte muy real de la construcción e interpretación de filogenias. Por lo tanto, las politomías también son una parte real de la interpretación de los patrones evolutivos. (Puede ver muchas politomías en el Árbol de la Vida en este sitio web interactivo.)