Cuando Indira convocó elecciones en enero de 1977, perdió ante Raj Narain de Rae Bareilly, y con muchos grupos de oposición, incluido el Congreso (O), se unió a rivales de larga data, partidos regionales y bloques de ideologías rivales para formar el Partido Janata. Obtuvo 356 escaños, casi 2/3 de mayoría, y por primera vez desde la independencia, se rompió el dominio del gobernante Partido del Congreso. Morarji Desai finalmente asumió el cargo de Primer Ministro cuando Jaiprakash Narayan lo eligió como el hombre con más probabilidades de mantener unida a la coalición.

En ese momento, tenía 81 años, pero seguía sano y vigoroso, sin ninguna dolencia en particular.

El primer Ministro Desai lideró un gobierno de coalición fraccionario, y por lo tanto no logró mucho debido a las continuas disputas y mucha controversia. Sin ningún partido en el liderazgo de la coalición, los grupos rivales compitieron por derrocar a Desai. Los controvertidos juicios de prominentes líderes del Congreso, incluida Indira Gandhi, por los abusos de la era de Emergencia empeoraron la suerte de su administración. Desai trabajó para mejorar las relaciones con el vecino y archienemigo Pakistán y restauró las relaciones normales con China, por primera vez desde la guerra de 1962. Se comunicó con Zia-ul-Haq y estableció relaciones amistosas y también se restablecieron relaciones diplomáticas con China. Su gobierno deshizo muchas de las enmiendas hechas a la Constitución durante el estado de emergencia y dificultó que cualquier gobierno futuro impusiera el estado de emergencia nacional.

Desde la primera prueba nuclear de la India en 1974, Desai mantuvo los reactores nucleares de la India afirmando que «nunca se utilizarán para bombas atómicas, y me encargaré de ello si puedo evitarlo». En 1977, la administración Carter vendió a la India, agua pesada y uranio para sus reactores nucleares, pero requirió la inspección in situ de los materiales nucleares por parte de los Estados Unidos. Desai declinó, viendo la postura estadounidense como contradictoria, a la luz de su propio arsenal nuclear.

Jubilación & muerte En 1979, Raj Narain y Charan Singh se retiraron del Partido Janata, obligando a Desai a renunciar a su cargo y retirarse de la política a la edad de 83 años. Desai hizo campaña para el Partido Janata en las elecciones generales de 1980 como político de alto rango, pero no participó en las elecciones él mismo.

En su retiro, vivió en Bombay, y murió a la edad de 99 años. Había sido muy honrado en sus últimos años como luchador por la libertad de su generación.

Kanti Desai, hijo de Morarji Desai, fue criticado a menudo por ser corrupto y usar el nombre de su padre como influencia. Durante la jubilación de Desai, la familia fue desalojada de su apartamento en el Complejo ‘Oceanea’ en Mumbai por una orden judicial emitida por el Juez Chandrachud. Sharad Pawar, entonces Ministro Principal de Maharashtra, le proporcionó una residencia permanente del Gobierno en Mumbai hasta su muerte.

Es extraño pero cierto que Morarji Desai es recordado con mayor frecuencia por su defensa de la Terapia de Orina. Le dijo al periodista Khushwant Singh que se le aconsejó que intentara beber su propia orina cuando tuviera 40 años para curar hemorroides, y obtuvo resultados inmediatos. A partir de entonces, continuó la práctica y fue bastante abierto al respecto, diciendo que no debe hacer nada de lo que se avergüence.

Morarji Desai era un seguidor estricto de los principios de Mahatma Gandhi y un moralista.

Enemistad con R&AW Morarji Desai había descrito al Ala de Investigación y Análisis (R&AW), la agencia de inteligencia externa de la India, como la guardia pretoriana de Indira Gandhi y había prometido detener todas las actividades de R&AW después de convertirse en primer ministro. Cerró gran parte de la agencia, y redujo su presupuesto y operaciones. B. Raman, ex jefe de la División Antiterrorista de R&AW y destacado analista de seguridad, revela que, en un momento sin vigilancia, Morarji Desai le dijo indiscretamente al presidente pakistaní Zia ul-Haq que estaba al tanto de los planes nucleares de Islamabad.

Se entiende que Moshe Dayan fue enviado en una misión para interceder ante Morarji Desai para obtener permiso para permitir que los aviones cisterna israelíes aterrizaran para repostar y despegar de una base de la FAI en Gujrat apoyando una misión planeada por Israel para destruir las instalaciones nucleares de Pak, luego llegando, como lo habían hecho en Osirak en Irak. Dayan se disfrazó de caballero sij en una visita privada con ese propósito. La solicitud fue rechazada y la misión no se materializó.

Servicio Social Morarji Desai fue un verdadero seguidor de Gandhi, trabajador social, constructor de instituciones y un gran reformador. Fue canciller de Gujarat Vidyapith (universidad establecida por Mahatma Gandhi). Incluso durante su mandato como Primer Ministro solía visitar y quedarse en Vidyapith durante el mes de octubre. Ejemplificó la simplicidad y solía escribir tarjetas postales él mismo incluso cuando ocupaba el cargo de Primer Ministro. Sardar Patel lo encomendó para llevar a cabo reuniones de agricultores en el distrito de Kaira que finalmente condujeron al establecimiento del movimiento cooperativo AMUL. Durante su gobierno, retiró la intervención en el Sistema de Distribución Pública y las tiendas de racionamiento se perdieron literalmente debido al azúcar y el aceite baratos disponibles en el mercado.

Terapia de orina
Morarji Desai fue un profesional de la terapia de orina. En 1978 habló con Dan Rather en 60 Minutos sobre la terapia de orina. Desai declaró que la terapia de orina era la solución médica perfecta para los millones de indios que no podían pagar el tratamiento médico. Desai afirmó que bebía una pinta de su propia orina todos los días.