La posición desarrollada en el trabajo sobre la libertad forma la base de la filosofía posterior de Schelling, que abarca el tiempo desde 1810 hasta su muerte, que solo se conoce a través de un borrador de la obra inédita Die Weltalter (escrita en 1811; Las edades del mundo) y a través de los manuscritos de sus conferencias posteriores. En Die Weltalter Schelling quiso relatar la historia de Dios. Dios, que originalmente está absorto en un anhelo silencioso, viene a sí mismo vislumbrando en sí mismo ideas a través de las cuales se vuelve consciente de sí mismo. Esta autoconciencia, que es idéntica a la libertad, permite a Dios proyectar estas ideas desde sí mismo, es decir, crear el mundo.

El nombramiento de Schelling a la Universidad de Berlín en 1841 le dio una oportunidad una vez más para desarrollar el interés público en sus concepciones. El rey prusiano de esa época, Federico Guillermo IV, esperaba que Schelling combatiera la llamada semilla del dragón del hegelianismo en Berlín, donde Hegel había estado trabajando hasta su muerte en 1831. La primera conferencia de Schelling en Berlín manifestó su autoconciencia. Schelling declaró que en su juventud había abierto una nueva página en la historia de la filosofía y que ahora, en su madurez quería hacer de esta página y empezar un nuevo uno. Personalidades como Friedrich Engels, Søren Kierkegaard, Jakob Burckhardt y Mikhail Bakunin estaban en su audiencia. Schelling, sin embargo, no tuvo gran éxito en Berlín. Además, se amargó cuando sus conferencias fueron plagiadas por un oponente que quería presentar la filosofía positiva de Schelling, ahora finalmente revelada en estas conferencias, al público para su examen. Schelling inició una demanda legal, pero perdió el caso. Renunció y dejó de dar conferencias.

El contenido de estas conferencias finales, sin embargo, representó el clímax de la actividad creativa de Schelling. Schelling dividió la filosofía en una filosofía negativa, que desarrolló la idea de Dios solo por medio de la razón, y, en contraste, una filosofía positiva, que mostró la realidad de esta idea razonando a posteriori desde el hecho del mundo a Dios como su creador. Schelling explicó entonces (refiriéndose a su obra sobre la libertad) que el hombre, que quería ser igual a Dios, se levantó contra Dios en su caída en el pecado. Dios, sin embargo, pronto fue elevado de nuevo como el principio. Durante la era de la mitología, Dios apareció como un poder oscuro. Sin embargo, durante la era de la revelación, Dios surgió en la historia como manifiestamente real en la figura de Cristo. Por lo tanto, la historia completa de la religión debe transmitirse a través del pensamiento filosófico.