Un día, un colega se detuvo en mi banco de trabajo para preguntar qué detergente no rompería la membrana nuclear. Basándome en mi experiencia previa con detergentes suaves en tampones de lisis, respondí: «NP-40». Sin embargo, teníamos dos marcas de NP-40. Una mirada más cercana a las hojas de datos reveló que los nombres químicos eran diferentes a pesar de que usaban el mismo acrónimo.

¿Un Detergente con Cualquier Otro Nombre sería Dulce?

Compartí la mirada de sorpresa de mis colegas una vez que descubrimos que no todos los NP-40 son iguales. ¿Pero haría una diferencia? En general, las células de mamíferos se pueden lisar para la extracción de proteínas con tampones como tampón RIPA. Por lo general, el tampón RIPA contiene un detergente no iónico como NP-40 que separará orgánulos enteros. Otros detergentes no iónicos disponibles incluyen Triton X-100, Triton X-114 y Tween-20. Dependiendo del tipo de célula y de la aplicación, la concentración de detergente que utilice (generalmente 0,1 – 2%) podría provocar que el contenido citoplasmático y el contenido nuclear se contaminen entre sí. Si su objetivo es detectar su proteína favorita en un lisado de células enteras mediante Western blot, las concentraciones más altas de detergente son favorables. Sin embargo, mi colega quería realizar fraccionamientos subcelulares, específicamente extracciones nucleares. Las preparaciones de esas muestras tienden a requerir una concentración mucho menor de detergente para minimizar las interrupciones de la membrana en el paso inicial de lisis.

El error en mi respuesta a mi colega fue que no tomé en consideración el resultado deseado de la lisis celular. Querían evaluar la localización de la proteína, no solo para determinar su abundancia en toda la célula. Aún así was ¿era el NP-40 el detergente correcto para el trabajo?

Resulta que el acrónimo «NP-40» puede referirse a dos productos químicos de los siguientes nombres de la IUPAC:

• Octilfenoxipolietoxietanol: nombre de la calle IGEPAL™
• Nonilfenoxipolietoxietanol: nombre de la calle Tergitol™

Vale la pena señalar que solo hay una diferencia entre los dos productos químicos, que está en el número de grupos alquilos (en negrita). A pesar de esto, y las diferencias en los nombres de sus calles, ambas botellas dicen simplemente «NP-40».

¿Qué hay en un nombre?

Después de investigar el origen del elusivo término «NP-40», descubrí que las marcas actuales de NP-40 disponibles comercialmente se consideran sustitutos del Nonidet P-40 de la descontinuada Shell Chemical Company, que a menudo se abrevia como NP-40. Después de la interrupción del Nonidet P-40 de Shell, otras compañías como Sigma-Aldrich y PanReac AppliChem comenzaron a distribuir lo que se denominan «sustitutos Nonidet P-40». Surgieron dos marcas comerciales principales: IGEPAL™ y Tergitol™. Debido a que IGEPAL y el Nonidet P-40 de Shell tienen el nombre químico de octilfenoxipolietoxietanol, IGEPAL es el detergente más similar químicamente al descontinuado.

Con todo el conocimiento de fondo de su arsenal, volvemos a la pregunta de mi colega. En general, el fraccionamiento subcelular requerirá una concentración de detergente de tan solo 0,1% de Nonidet P-40 (he visto que se reporta un 0,05% en publicaciones) y esto podría ser IGEPAL, Tergitol o cualquiera de los otros sustitutos de Nonidet P-40. Por lo tanto, una mejor manera de responder a la pregunta de mi colega habría sido decir: «Recomendaría comenzar con un 0,1% de Nonidet P-40.». También recomendaría documentar la marca de Nonidet P-40 que decide usar con fines de reproducibilidad. Hay datos empíricos que señalan las marcas específicas. Una de esas publicaciones se había tomado el tiempo de comparar los rendimientos de tubulina polimerizada en tampones que contenían diferentes marcas de Nonidet P-40, incluida la marca descontinuada, para determinar las potencias de detergentes. Alerta de spoiler: ¡las marcas actuales de Nonidet P-40 son más efectivas para aislar tubulina polimerizada que la marca descontinuada!

Confusión de nombres: ¡Culpa a los químicos!

Esta anécdota me recordó a otro ejemplo en el que los nombres de reactivos de laboratorio podían sorprender. Continuando con el tema de la lisis celular, ¿cuál es la diferencia entre una proteasa y una proteinasa? Como en el caso de «NP-40″, la historia detrás del término» proteinasa » solo ha llevado a confusión en la literatura. ¿Has oído hablar de la proteinasa K? Un uso popular de la proteinasa K es en la extracción de ADN. ¿Por qué no se llama proteasa K? Según una carta de 1986 de Biochemical Journal, «proteasa» es un término más amplio para la escisión de los enlaces peptídicos, que constituyen la columna vertebral de las proteínas. Sin embargo, las proteasas pueden escindir estructuras secundarias cortas/péptidos, así como estructuras terciarias/proteínas (piense en Bioquímica 101). Por lo tanto, el término «proteinasa» surgió como una forma de identificar una proteasa que escinde proteínas de estructura terciaria. Sin embargo, los laboratorios actuales tienden a hablar de proteasas con la excepción de, por ejemplo, la proteinasa K. Estaría en lo correcto si dijera «proteasa K», pero entonces podría tener dificultades para encontrarla en cualquier inventario.

Entonces, ¿se levantará el NP-40 real? Parece que Eminem estaría buscando la marca descontinuada de Shell Chemical Company de Nonidet P-40 o IGEPAL. Sin embargo, para su aplicación específica, valdría la pena recopilar más datos empíricos sobre la marca de NP-40 que le gustaría usar. Personalmente, preferiría que» NP-40 «fuera eliminado de nuestro vocabulario para ser reemplazado por el legítimo «Nonidet P-40″, pero aquí estamos,» tomate «o» tomate», supongo.

1. Sinka S, Field JJ, Miller JH (2017). Uso de detergentes no iónicos sustitutivos Nonidet P-40 en ensayos de polimerización de tubulina intracelular para la detección de agentes dirigidos a los microtúbulos. Cell Biol. 95: 379-384.
2. S. Departamento de Agricultura (2015). Etoxilatos de Nonfenilo. Washington, DC: Plaguicidas, el Instituto de Investigación del USDA Programa Nacional Orgánico. Barrett AJ, McDonald JK (1986). Nomenclatura: proteasa, proteinasa y peptidasa. Biochem J 237: 935.