En 1885, después de la caída de su empresa, Reyes, de 35 años, se unió al ejército para luchar en la Guerra Civil de 1885, y debido a su coraje y habilidad en la guerra, fue ascendido a General, poco después. Justo en medio de la guerra, el presidente Rafael Núñez le dio la responsabilidad de dirigir las operaciones para recuperar Panamá como parte del territorio colombiano; la misión estaba originalmente bajo el mando del general de la división, Gral. Miguel Montoya, pero Reyes era el que estaba al mando. Se inició una operación marítima desde Buenaventura a Panamá, en la que Reyes tuvo que recuperar un viejo pontón de la corrosión para compensar la falta de barcos en su flota, y poder mover a sus tropas; hazaña conocida como la «Aventura del Pontón». Cuando la expedición llegó a Panamá, restablecieron la autoridad civil y militar, y unos días más tarde toda la presencia de la fuerza estadounidense abandonó el istmo. Después de que el rebelde panameño Azpurría se rindiera ante ellos, Reyes presidió un consejo de guerra hablado que resultó en la ejecución de Antoine Petricelli de Haití y el jamaiquino George Davis, alias «Cocobolo», ambos responsables de la conflagración de Colón, Ciudad de Panamá.

Pedro Prestán, también responsable de la conflagración de Colón, Panamá, fue ahorcado el 18 de agosto, tres meses después de un consejo de guerra dirigido por Pedro Nel Ospina; sin embargo, toda la responsabilidad recayó en Reyes. Mientras tanto, el presidente Rafael Núñez trabajó en el establecimiento de una organización firme y centralizada en el Estado.

Con la derrota de los liberales radicales y el ascenso al poder del partido Conservador que buscaba una nueva constitución de leyes centralizada, la Constitución de 1863 fue abolida, y liderada por el presidente Rafael Núñez a la Constitución de 1886, que estaría en regla durante los próximos cien años. El 11 de noviembre de 1885, cuando se estableció la Asamblea Nacional Constituyente, Reyes obtuvo un escaño, sin embargo, su participación en la Carta Magna fue de alguna manera desafortunada, debido al hecho de que Miguel Antonio Caro se opuso a la mayoría de sus mociones.

En 1887 el Gobierno le dio a Reyes una «tarea confidencial» en Europa: obtener algunos créditos y préstamos; tarea que no tuvo éxito, sin embargo, a su regreso, Núñez lo nombró Ministro de Desarrollo. En 1888 regresó a sus actividades personales y compró el rancho de Andorra, cerca de Tocaima, donde la agricultura le devolvió su riqueza perdida anteriormente. En 1890 fue elegido senador y se postuló para la vicepresidencia de Colombia en 1892, pero perdió en las urnas. Cinco años más tarde participó en la Guerra Civil de 1895, y más tarde ese año, fue nombrado Ministro de Gobierno por el presidente Miguel Antonio Caro, a pesar de una antigua enemistad entre ellos que se remontaba a los tiempos de la Asamblea Constituyente.

En 1896, en los días en que Reyes tenía la oportunidad de ser candidato presidencial, Caro decidió enviarlo a París como Embajador de Colombia, lo que lo mantuvo alejado de la carrera presidencial en las elecciones presidenciales de 1898; y también interfirió con su participación en la Guerra de los Mil Días.Desde 1902 Reyes vivió en México mientras organizaba y preparaba todo para las elecciones presidenciales de 1904.

En 1904, el presidente José Manuel Marroquín le dio la tarea de reunir un ejército de cien mil voluntarios para combatir y recuperar Panamá. Tres generales estaban con él en esta misión: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero y Jorge Holguín.

Debido a la información de inteligencia que llegó a Bogotá sobre el movimiento y la disposición de nuevos acorazados estadounidenses en el Pacífico y el Caribe, el enfoque de Colombia se alejó de la beligerancia hacia una forma más diplomática de hacer las cosas; el hecho de que el Mayflower, el buque insignia norteamericano del Atlántico y otros diez barcos guardaran ambos océanos para impedir que las tropas colombianas desembarcaran y protegieran la rebelión del istmo, hizo que las cosas se inclinaran hacia la diplomacia y evitaran ir a la guerra contra los EE.UU.

Se permitió que las Tropas colombianas desembarcaran, gracias al Secretario de Estado, John M. Hay, quien les autorizó a poner un pie en Colón, pero no se les permitió formar parte de la Junta de Gobierno Provisional para negociar la devolución del istmo; de allí, se separaron a Washington.

En Washington, después de enterarse de que se había firmado el tratado Hay-Banu-Varilla con Panamá, Reyes disolvió la comisión diplomática y renunció a cualquier esfuerzo para participar en una confrontación militar contra los Estados Unidos; desde Washington, escribió:

El 22 de diciembre. Debe evitarse cualquier tipo de enfrentamiento armado con Estados Unidos, no ocupar territorio panameño. Reúnanse en Panamá, 40 vapores de guerra. Riesgo inminente de guerra, Medellín, Bogotá terrible situación terrible.

Las tropas de Reyes esperaron las órdenes del general para marchar hacia Panamá.

El Estado de Panamá se había separado de Colombia el 3 de noviembre de 1903, durante la administración del presidente José Manuel Marroquín. Las tropas panameñas, ayudadas por asesores militares y tropas de los Estados Unidos de América, declararon su independencia. Esta acción fue apoyada por el presidente Theodore Roosevelt, quien había expresado su interés en construir un canal interoceánico en esta región estratégica. Había habido un tratado entre Colombia y los Estados Unidos de América, el Tratado Hay–Herrán, firmado el 12 de enero de 1903, por el cual los Estados Unidos financiarían, dirigirían y supervisarían la construcción del canal.

En la carrera presidencial de 1904, que no tuvo ningún candidato liberal, Reyes se postuló contra otro conservador, el general Joaquín Fernando Vélez, a quien más tarde venció por una estrecha diferencia.