Anteriormente conocidos como los Savannah Cardinals, el equipo jugó su temporada inaugural en 1984, afiliado a los St.Louis Cardinals. En 1996, el equipo cambió su nombre a Sand Gnats, y se convirtió en un afiliado de Los Dodgers de Los Ángeles. El equipo estuvo afiliado con los Rangers de Texas de 1998 a 2002 y los Expos de Montreal/Nacionales de Washington de 2003 a 2006.

Los Sand Gnats jugaron sus partidos en casa en el Estadio Grayson. Inaugurado en 1927, el Estadio Grayson albergó a 4.700 aficionados durante su época como sede de los Sand Gnats. Los Sand Gnats ganaron cuatro campeonatos SAL(1993, 1994, 1997, 2013).

El 11 de enero de 2007, los Sand Gnats nombraron a Tim Teufel como mánager para la temporada 2007.

El 8 de mayo de 2007, Jorge Reyes, lanzador de los Sand Gnats, fue suspendido por violar la política de abuso de sustancias de las Ligas Menores de Béisbol. Reyes fue el primer jugador en recibir una suspensión de 100 partidos por su segunda violación.

El 20 de marzo de 2008, Hardball Capital, con sede en Atlanta, compró los Savannah Sand Gnats.

Entre sus alumnos notables se encuentran Adrián Beltré, Jacob deGrom, Éric Gagné, Edwin Encarnación, Michael Fulmer, Travis Hafner, Hank Blalock, Steven Matz, Collin McHugh, Brandon Nimmo, Josh Whitesell, Josh Satin y Ryan Zimmerman.