Southeastern University fue fundada en 1935 en New Brockton, Alabama por el superintendente del Distrito de Asambleas de Dios de Alabama, J.C. Thames, y otros líderes del distrito del Sureste como el Instituto Escudo de la Fe de Alabama. Fue rebautizado Instituto Bíblico del Sudeste (SEBI) en 1936. Originalmente ubicado en un antiguo edificio de secundaria en New Brockton, Alabama, abrió sus puertas a los estudiantes el 4 de noviembre de 1935, bajo la dirección de cuatro miembros de la facultad. Dos años más tarde, en mayo de 1937, se llevaron a cabo los primeros ejercicios de graduación. Diecisiete estudiantes recibieron diplomas para el programa académico de dos años.

SEBI continuó sus clases en New Brockton hasta 1940, cuando se tomó la decisión de consolidar la escuela con el Instituto Bíblico Beulah Heights en Atlanta, Georgia. La escuela fue conocida de 1940 a 1942 como el Instituto Bíblico Beulah Heights—South-Eastern. En el otoño de 1942, los superintendentes de distrito de los distritos del Sureste aceptaron la invitación del Reverendo Ralph Byrd y su congregación para trasladar la escuela a otro lugar en Atlanta, donde fue renombrada una vez más como SEBI. En 1946, la junta directiva de la escuela votó para asegurar una ubicación permanente para el desarrollo completo de la escuela. Un nuevo campus fue comprado más tarde ese año en Lakeland, Florida. El campus de Atlanta fue vendido, y el desarrollo del nuevo sitio comenzó. El crecimiento del cuerpo estudiantil continuó en el nuevo campus de Florida Central junto con el programa académico.

Bush Chapel

SEBI se convirtió en el South-Eastern Bible College en 1956, cuando la escuela comenzó a ofrecer programas de grado. Después de agregar títulos de educación, la junta directiva de la universidad cambió el nombre de la escuela a Southeastern College of the Assemblies of God en 1977. En 1986, Southeastern recibió la acreditación regional de la Comisión de Universidades de la Asociación Sureña de Colegios y Escuelas. La acreditación se reafirmó en 1991, 2001 y 2011. En 2005, Southeastern College se convirtió oficialmente en Southeastern University, y comenzó a ofrecer sus primeros programas de maestría, y formó las facultades de artes y ciencias, negocios, ministerios cristianos y religión, y educación. Desde entonces, la universidad también ha formado las facultades de ciencias sociales y del comportamiento y ciencias naturales y de la salud. En 2014, comenzó su primer programa de doctorado, el EdD.

En 2011, Southeastern emprendió varias iniciativas que resultaron en un rápido crecimiento. De 2,500 estudiantes en 2012, la escuela se expandió a 4,538 en el otoño de 2015, una tasa de crecimiento del 78% desde 2011. En 2012, Southeastern aprobó la adición de un programa de enfermería y la adición de un equipo de fútbol universitario. La expansión del fútbol incluyó la construcción de un estadio con capacidad para 3.500 espectadores y un centro de entrenamiento deportivo. El equipo de fútbol de Southeastern Fire jugó su primer partido en casa en el otoño de 2014. Además, en 2014, la escuela abrió nuevas instalaciones de béisbol y fútbol. En 2015, comenzó la construcción de varios edificios académicos nuevos, un nuevo complejo deportivo que incluye un gimnasio y una pista de 8 carriles. En el otoño de 2015, Southeastern abrió un nuevo edificio de Ciencias Naturales y de la Salud de 27,000 pies cuadrados. La nueva instalación incluye un auditorio, laboratorios de química, laboratorios de computación, salas de examen, salas de atención al paciente y un laboratorio de simulación de enfermería. En el verano de 2015, se demolieron el Spence Hall, el Lindsey Science Building y el Music Hall para dar paso a las instalaciones de Live/Learn, conocidas como Buena Vida. La instalación de 125,000 pies cuadrados se completó en el otoño de 2016 e incluye aulas, oficinas de la facultad, alojamiento para estudiantes y un patio de comidas. El primer segmento de Buena Vida, la Sala Coral y de Ensayos, se inauguró en septiembre. El costo total del programa de expansión será de entre $25 y $50 millones.

Southeastern ofrece 55 títulos de licenciatura, 16 títulos de maestría y dos títulos de doctorado. Desde que el presidente Kent J. Ingle llegó al Sureste en 2011, la universidad ha lanzado 80 sitios de extensión en todo el país, un aumento con respecto a los 50 sitios de extensión del año anterior. Los sitios están en 29 estados, incluyendo Florida, que tiene 19. Los títulos ofrecidos en los sitios incluyen una variedad de títulos de asociado, licenciatura y maestría en ministerio y liderazgo.