Debido a su posición geopolítica y estratégica, Ston ha tenido una rica historia desde la antigüedad. Situado a las puertas de la península, rodeado de tres mares, protegido por cuatro colinas, rico en agua dulce y agua salada, llanuras fértiles, ha sido un importante centro político, cultural y eclesiástico. Es posible que hubiera un obispo en Ston ya a finales del siglo VII o principios del siglo VIII.

Inicialmente fue un asentamiento ilirio hasta que los romanos establecieron su propia colonia allí, en 167 a.C. Los croatas aparecieron allí a principios del siglo VII, y se convirtieron al cristianismo.

En 533, en Salona, se estableció una diócesis en Sarsenterum para el área de Zahumlje o Hum, que pertenecía a la iglesia de Ston (Pardui). Más tarde, Sarsenterum fue destruido (muy probablemente en el momento de la campaña de Avar). Dado que Ston no fue alcanzado por Avar, se salvó y se convirtió en la sede de la župa local. A medida que los poderes seculares y eclesiales crecieron, se supone que después de la desaparición de Sarsenterum, Ston se convirtió en el centro eclesiástico. Vemos a la diócesis mencionada por primera vez en 877 como la institución de tiempos antiguos, y el obispo está listado como sufragáneo de la metrópoli Dividida. Al establecer una metrópolis en Dubrovnik, Ston se convirtió en sufragánea de Dubrovnik.

A la llegada de los eslavos del Sur, el área de Neretva (desde las montañas del norte de Herzegovina hasta Rijeka Dubrovačka) se organizó como el principado de Zahumlje, al igual que Neretva, Primorje y Zahulje, que también pertenecía a Ston con Rata (Peljesac) y Mljet. Los gobernantes locales reconocieron la supremacía del Imperio Bizantino. Después de Mihajlo Višević, que reconoció la autoridad de Simeón búlgaro, Zahumlje fue gobernado por diferentes dinastías. Alrededor de 950, fue gobernada brevemente por el duque Časlav. A finales del siglo X, Samuilo era el Señor de Zahumlje, y el ducado pertenecía al rey Iván Vladímir. En 1168, el ducado y Zahumlje fueron conquistados por Stefan Nemanja. Treinta años más tarde, Zahumlje fue invadida por Andrija, el duque de Croacia y Dalmacia. En 1254, Béla IV de Hungría conquistó Bosnia y Zahumlje. A partir de 1304, Zahumlje fue gobernado por Mladen II Šubić, luego por un corto período de tiempo por el serbio župan, y luego se convirtió en parte del estado bosnio medieval, adquirido por Stjepan Kotromanić en 1325, hasta que finalmente fue vendido a Dubrovnik.

El viejo Ston estaba situado en las laderas de las colinas de Gorica y San Miguel, al sur del campo de Ston. Había varias iglesias cristianas tempranas, la más grande de las cuales era la Iglesia de San Esteban. La iglesia episcopal de María Magdalena se mantuvo hasta que fue bombardeada por los Aliados en 1944. La única iglesia que aún permanece es la iglesia de San Pedro. Michael, construido en medio del antiguo castrum tardío.

Vista de Ston

El original antiguo de la ciudad fue destruida en el terremoto de 1252. Con la llegada de la República, se construyó una nueva ciudad en la ubicación actual. Cuando se realizaron renovaciones en la iglesia de San Miguel en la cima de la colina, se encontraron fragmentos de yeso decorativo romano, lápidas romanas y cerámica antigua, confirmando esta suposición. Según algunas fuentes, Ston experimentó una guerra civil destructiva en 1250, y en estos conflictos la ciudad sufrió una gran cantidad de destrucción.

Los tiempos turbulentos de principios del siglo XIV se extendieron por todo el país de Zahumlje. La usurpación por parte de los hermanos Branivojević obligó al pueblo de Dubrovnik a luchar contra ellos en 1326 con la ayuda de Stjepan Kotromanić. Ese año, Dubrovnik ocupó Ston. El pueblo de Dubrovnik comenzó inmediatamente a construir y establecer un nuevo Ston, para defender el Pelješac y proteger a los esclavos de los que habían obtenido grandes ingresos. Desde el conflicto entre el Ban bosnio y el rey serbio, los Dubrovniks compraron Pelješac con Ston a ambos gobernantes en 1333.

La primera iglesia catedral fue la de Santa María Magdalena en Gorica. La Iglesia de Nuestra Señora de Lužina fue construida en el siglo X. La Iglesia Catedral de San Blas fue construida en 1342 por decisión del Senado después de la adhesión de Ston a la República de Dubrovnik en el sitio de la iglesia parroquial dañada de hoy. Desde entonces hasta la caída de la República de Dubrovnik, Ston fue una parte integral de la República, y su segunda ciudad de importancia.

En 1333, Dubrovnik comenzó con la construcción planificada de las fortalezas de Ston (Veliki Ston) y Little Ston (Mali Ston) en el sitio actual. El revestimiento entre las dos ciudades a lo largo de toda su longitud estaba hecho de grandes muros que supuestamente defendían la propiedad de Dubrovnik, Pelješac. Todo este complejo de fortificación, que es único en Europa, se construyó en un corto período de tiempo.

La caída de la República de Dubrovnik tuvo lugar debido a las operaciones repentinas y a menudo incomprensibles en el siglo XIX. Las murallas de la ciudad de Little Ston fueron demolidas para suprimir la malaria. El monumental complejo de fortificación de piedra de Ston se derrumbó repentinamente en preparación para la visita oficial del emperador austriaco Francisco José – las piedras se convirtieron en una cantera para nuevos afloramientos y cimientos cercanos. La restauración de los monumentos de piedra y la reconstrucción de las fortificaciones y la torre se reanudaron solo después de 1945, sin embargo, fueron dañados de nuevo en la Guerra de la Patria (1991-1992), seguida por el devastador terremoto de 1996. Recientemente, gracias a la Sociedad de Amigos de las Murallas de Dubrovnik, los fuertes de piedra y las torres se están reconstruyendo, de modo que el monumental complejo de muros de piedra ahora comienza a vivir de nuevo en su antigua dignidad.