El Cisne Islas fueron descubiertas por Cristóbal Colón en 1502 y el nombre de la Islas de las Pozas. En el siglo XVIII, fueron renombradas como las Islas Swan, en honor al Capitán Swan, el capitán del Cygnet, a quien los piratas capturaron y obligaron a unirse a ellas.

Los empresarios estadounidenses comenzaron a exportar guano como fertilizante en la década de 1840.La «Atlantic and Pacific Guano Company», de propiedad estadounidense y con sede en la ciudad de Nueva York, se estableció en la década de 1840 y comenzó a exportar fertilizantes, basados en guano recolectado en las Islas Swan. En 1856, los Estados Unidos aparentemente reclamaron las islas. En abril de 1857, John Valentine White reclamó las islas, en virtud de la Ley de Islas Guano; más tarde ese año, transfirió todos los intereses en estas islas a Charles Sterns, Joseph W. Fabens y Duff Green. Messers Sterns, Fabens y Green incorporaron la Atlantic and Pacific Guano Company, que emitió 50.000 acciones a un precio de 100 dólares cada una para una capitalización total de 5.000.000 de dólares en 1858. La compañía incluso emitió moneda, firmada por William H. Whitfield, en denominaciones de 25, 50 y un dólar el 1 de junio de 1867, para facilitar el comercio en las islas.

Posteriormente, una empresa química compró las islas, pero se declaró insolvente. El capitán Alonzo Adams navegó hasta allí en 1893 y tomó posesión de las islas; en 1904, asignó la propiedad a la Swan Island Commercial Company. Esa compañía arrendó parte de Great Swan Island a United Fruit Company, que cultivó cocoteros y estableció una estación de transmisión de radio inalámbrica para dar servicio a su flota caribeña, pero finalmente abandonó el contrato de arrendamiento. La Swan Island Commercial Company proporcionó datos de monitoreo de huracanes de 1928 a 1932. La Oficina Meteorológica de los Estados Unidos tripuló una estación meteorológica de huracanes en Great Swan desde 1938 en adelante, pero solo la dotó de personal durante las temporadas de huracanes.

Durante la Segunda Guerra Mundial, tanto la Armada de los Estados Unidos como la Oficina Meteorológica de los Estados Unidos estacionaron personal en la isla. A finales de la década de 1940 hasta 1949, la Isla Swan se convirtió en una estación de cuarentena animal del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos para la importación de carne de res. En 1914, lo que ahora es el Servicio Meteorológico Nacional (NWS) y, más tarde, la Agencia Federal de Aviación (FAA) establecieron activos meteorológicos y de comunicación en Swan para apoyar los servicios aeronáuticos y las actividades de predicción de huracanes. La FAA partió de la Isla Swan en la década de 1960, dejando a la NWS todos los activos y responsabilidades.

Honduras reclamó estas islas desde 1923, afirmando que, debido a que Colón había descubierto las islas mientras navegaba hacia España, deberían ser propiedad del país de habla hispana más cercano. Tanto los Estados Unidos como Honduras reclamaron las Islas Cisnes hasta que los Estados Unidos retiraron su reclamación bajo la Ley de Islas Guano. Se firmó un tratado el 22 de noviembre de 1971, y el título claro de Honduras entró en vigor el 1 de septiembre de 1972. La propiedad de la isla había estado en disputa durante mucho tiempo. La familia Sumner Smith siempre ha mantenido su propiedad y, al parecer, tenía cierta reputación en la U.S. courts. Sin embargo, el gobierno estadounidense optó por abandonar su reclamo a pesar de esta posición (ref. D S Platt, et al., NOAA-NWS). Las islas ganaron notoriedad a principios de la década de 1960 por las actividades de Radio Swan, que comenzó a transmitir en mayo de 1960 durante la preparación y, más tarde, la conducción de la Invasión de Bahía de Cochinos a Cuba. La estación fue retirada de las islas a finales de la década de 1960, y su transmisor principal fue transferido para su uso en la Guerra de Vietnam.

En 1965, Bellaire, Texas, la policía interrogó a un ex alumno de la Escuela Secundaria Bellaire sobre su papel en un «ejército» adolescente dedicado a liberar a los «países oprimidos», informó el Houston Chronicle. El grupo, llamado los Kononiers, había existido durante unos cinco años, dijo el estudiante al periódico, y estaba armado a través de una serie de robos en la armería de Deep River. Las armas fueron llevadas al área del depósito de Addicks, donde se entrenaron para el combate. Los jóvenes se entrenaban para la «Operación Isla Cisne de Liberación» frente a Honduras.

En 1987, El Los Angeles Times informó que la CIA y otras agencias gubernamentales estadounidenses tenían un centro de entrenamiento encubierto en la Isla Swan para los Contras nicaragüenses. En 1989, el presidente de Honduras, Rafael Leonardo Callejas, declaró a la isla un refugio de vida silvestre protegido.

En octubre de 1998, el huracán Mitch atravesó la zona con vientos de 290 km/h (180 mph).

En 2001, Swan Island Development, LLC, de Brooksville, Florida, anunció planes para desarrollar las Islas Swan para 2010, en asociación con el gobierno de Honduras. Se imaginaron bienes raíces y hoteles de lujo, valorados en cinco mil millones de dólares, con una ciudad principal llamada Cygnet. En 2004, Swan Island Development también anunció planes para establecer un centro de investigación de células madre humanas. A partir de 2021, ninguno de los dos ha ocurrido.