Después de ser mantenido en confinamiento solitario, Thomas es finalmente liberado por Janson (apodado el «Hombre Rata»), que es el director asistente de WICKED (Mundo En el Departamento de Experimentos de Catástrofe Killzone). Janson le dice a los Gladers (Grupo A) y Grupo B que la mayoría de su número son inmunes a la Llamarada, pero algunos, cuyos nombres lee, no son inmunes, incluido Newt. A los Gladers se les ofrece la oportunidad de eliminar los chips de control mental en sus cabezas y restaurar sus recuerdos, pero a costa de la capacidad de Thomas para comunicarse telepáticamente con Teresa y Aris. Solo Thomas, Minho y Newt eligen no someterse a la cirugía, ya que no confían en WICKED, y Thomas no quiere saber quién era cuando ayudó a crear el laberinto. Los tres escapan de WICKED con la ayuda de Brenda y Jorge antes de que se eliminen sus fichas.

Se revela que Brenda y Jorge están trabajando para WICKED. Thomas inicialmente se siente traicionado, pero Brenda lo convence de perdonarla. Poco después, los Gladers descubren que todos los que se habían sometido a la restauración de la memoria los abandonaron. Newt le da a Thomas una nota y le dice que la abra «cuando sea el momento adecuado.»Los cinco viajan a Denver para encontrar a Hans, un ex investigador MALVADO que puede quitarse sus chips de control mental. Allí, un hombre con un traje negro los dirige a una dirección, donde Gally los está esperando. Gally se ha unido al grupo rebelde el Brazo Derecho y explica que WICKED está capturando a todos los inmunes que puede encontrar para preparar otro ciclo de Pruebas. También revela que en las ciudades en descomposición, muchos viven que sufren de la llamarada, pero toman la droga ilícita Bliss, que ralentiza el funcionamiento del cerebro y ayuda a aliviar el dolor que las manivelas sienten por la Llamarada.

El grupo encuentra a Hans, que elimina el chip de control de Minho. Sin embargo, WICKED usa el chip de Thomas para obligarlo a resistir el procedimiento. Brenda, Jorge y Minho deben sujetarlo para que Hans realice la cirugía. Después, el grupo visita un café, donde un guardia de seguridad detiene a Thomas para venderlo a cazarrecompensas, que lo llevarán a WICKED. Janson interviene en un holográfico, envía un vehículo de policía para rescatar a Thomas, y le dice que debe regresar a WICKED «para salvar a Newt».»Thomas y sus amigos descubren en una nota que Newt ha sido llevado a las manivelas. Minho los convence de ir al Palacio de Manivelas de Denver para rescatar a Newt, donde sobornan a los guardias para entrar. Cuando se encuentran con Newt, él les ordena airadamente que se vayan, y los otros maniáticos los persiguen. Thomas luego recuerda la nota de Newt, la lee y descubre que le había rogado a Thomas que lo matara. Thomas se desespera por no haber leído la nota antes.

Después de regresar a Denver, Thomas ve que Newt ha sucumbido a la llamarada. Thomas responde a las súplicas de Newt disparándole en la cabeza como un acto de misericordia. El grupo descubre que Teresa y los otros Inmunes han sido capturados. Después de noquear a los guardias, descubren que los guardias fueron dirigidos por Vince, el líder del Brazo Derecho, quien explica que se están infiltrando en el cuartel general de WICKED. En el interior, Thomas descubre cómo Janson intentó usar su intento de «salvar a Newt» para recopilar datos para la cura examinando la estructura física del cerebro de Thomas, lo que lo mataría. Thomas se ve obligado a comenzar la cirugía cerebral mortal, pero logra plantar un dispositivo que desactiva las armas de WICKED, lo que permite que el Brazo Derecho comience a asaltar las instalaciones.

Thomas se despierta para encontrar una nota de la canciller Ava Paige, la cabeza de WICKED, quien explica que ya hay suficientes recursos de las Pruebas para hacer un plan para la cura, por lo que su cerebro no es necesario después de todo. Paige revela la ubicación de los Inmunes » vendidos «por el Brazo Derecho para tener acceso a WICKED, y da instrucciones para un» lugar seguro » en el que Thomas debe llevarlos a todos. Thomas y sus amigos vuelven a entrar en el Laberinto y encuentran a los Inmunes capturados. Sin embargo, se enteran de que el Brazo Derecho tiene la intención de destruir, en lugar de ocupar, la sede de WICKED. Explosiones sacuden el laberinto, y la caída de escombros mata a algunos de los Inmunes que están dentro. Desencadenada por la conmoción, los Afligidos salen del almacén, pero Teresa le muestra a Thomas cómo cerrarlos. Thomas encuentra una puerta trasera; que resulta ser una Trans plana. Comienzan a arrear a los niños Inmunes a través de la Trans plana, pero antes de que Thomas y sus amigos puedan escapar, Janson y los guardias de seguridad los acorralan. Comienzan una pelea que termina cuando Thomas estrangula a Janson hasta la muerte. Sin embargo, Teresa también muere por la caída de escombros en un esfuerzo por salvar la vida de Thomas. Huyendo del edificio, los Inmunes escapan a través de la Trans plana que conduce a un paraíso exuberante.

El epílogo está narrado por Paige. Ella revela que después de las catastróficas llamaradas solares, la llamarada fue creada y liberada deliberadamente por el gobierno como una forma de control de la población. Sin embargo, el gobierno y WICKED se encontraron incapaces de controlar la plaga. Paige se dio cuenta de que nunca podrían encontrar una cura para la Llamarada y que los esfuerzos de WICKED eran inútiles. Se dio cuenta de que la única esperanza de evitar la extinción de la humanidad era que los Inmunes comenzaran su propia sociedad, lejos del resto del mundo. Ella ideó un plan con Brenda y Jorge para enviarlos a un lugar seguro que pudieran restaurar la civilización humana, por lo que declaró: «LO malo es bueno.»