La Iglesia de Times Square fue fundada por David Wilkerson en 1987. En ese momento, Times Square era conocido como un centro de películas de clasificación X, clubes de striptease, prostitución y adicción a las drogas. Wilkerson abrió la iglesia en respuesta a lo que describió como «la gente físicamente indigente y espiritualmente muerta» que vio entre los proxenetas, fugitivos y traficantes de crack que poblaban el área. La Iglesia de Times Square celebró brevemente sus servicios en el Ayuntamiento de la calle 43 en Manhattan y luego en el Teatro Nederlander en la calle 41.

En 1989 la iglesia fue alquilada el antiguo Teatro Mark Hellinger. En 1991 compró el Teatro por 17 millones de dólares. Wilkerson describió la iglesia como una iglesia evangélica pentecostal encabezada por tres pastores: David Wilkerson, su hermano Donald Wilkerson y Robert Phillips. El Teatro sigue siendo la ubicación actual de la iglesia en la calle 51.

En 2001, el pastor fundador David Wilkerson confió el pastorado principal a Carter Conlon, anteriormente pastor evangélico del este de Canadá y pastor asociado de la Iglesia Times Square de 1994 a 2001. También hay ministros visitantes y misioneros que vienen a predicar de todo el mundo. La iglesia pone énfasis en la oración e incluso tiene una «oración durante el ministerio de predicación». También hay programas de escuela secundaria y para adultos jóvenes para enseñar la verdad y el amor en la Palabra de Dios.

De 2007 a 2009, la iglesia organizó un evento llamado Oración en la Plaza, una reunión de oración que tuvo lugar en Times Square.

El 5 de mayo de 2020, Tim Dilena se convirtió en Pastor Principal, el tercero desde la fundación de la iglesia. Tuvo una asociación de por vida con el pastor fundador David Wilkerson y ha predicado regularmente en la iglesia durante muchos años.