Kramer apareció en cinco juegos de su temporada de novato en 1977, con un titular y cuatro papeles de limpieza como el heredero aparente de reemplazar a Fran Tarkenton, aunque cuando se lesionó a finales de la temporada, Bob Lee sería el titular de cuatro de los últimos cinco juegos. En el juego número 12 del año, los Vikingos perdieron 24-7 en el cuarto cuarto contra los San Francisco 49ers y Kramer fue traído para reemplazar a Bob Lee. Kramer iría 9 de 13 para 188 yardas con tres touchdowns para ganar 28-27. A la semana siguiente, hizo su primera apertura contra los Oakland Raiders. Se fue 16 de 34 para 177 yardas con un touchdown y tres intercepciones en la derrota por 35-13. Al año siguiente, Kramer terminaría en el servicio de limpieza, ya que Tarkenton comenzó cada juego para su última temporada. Para la temporada de 1979, Kramer se instalaría completamente como motor de arranque.

Se ganó el apodo de «Tommy de Dos Minutos» por su reputación con regresos, ya que lideraría a los Vikingos a 19 regresos (y uno en los playoffs), con quince en el cuarto trimestre, con 1980 y 1985 teniendo cuatro de Kramer en cada año. Sin embargo, Kramer estuvo plagado de lesiones en sus once temporadas con los Vikingos, ya que comenzó 109 de los posibles 152 juegos para el equipo durante su mandato, y comenzó cada juego de una temporada solo dos veces (1979 y 1982), plagado de lesiones de rodilla y hombro para ir junto con conmociones cerebrales. Tuvo lesiones en la rodilla y el hombro, múltiples conmociones cerebrales y una lesión en la columna vertebral de pretemporada de 1987 que dijo «básicamente terminó con mi carrera.»

1980 fue un momento crucial para él y los vikingos. Iría 8-7 como titular mientras lideraba a los Vikingos de regreso a la postemporada por primera vez desde 1978. Lanzó 3.397 yardas con 23 touchdowns a 24 intercepciones mientras tenía un porcentaje de finalización de 55,7. Guardó lo mejor para casi el último de la temporada. Enfrentándose a los Cleveland Browns en el penúltimo partido de la temporada regular, tomaría parte de un momento icónico para los Vikingos, mientras lanzaba un pase de Ave María ganador del juego a falta de seis segundos. Habían perdido 23-9 en el cuarto cuarto, pero Kramer lanzó tres touchdowns en el cuarto, incluyendo dos a Ahmad Rashād tarde. En la última jugada del juego, Rashad se agrupó en un grupo de defensores marrones, pero logró atrapar el balón y llevarse a sí mismo a la zona de anotación. La obra, conocida como Milagro en el Met, aseguró un título de división para los Vikingos. Kramer tuvo su mejor juego hasta ese momento, lanzando 38 de 49 para 456 yardas con cuatro touchdowns. Sigue siendo el único mariscal de campo para los Vikingos en lanzar por más de 450 yardas. En la postemporada de ese año, se enfrentó a los Philadelphia Eagles. Aunque lideraron 14-7 en el descanso, una serie de pérdidas de balón llevaron a una derrota de 31-16, y Kramer lanzó 19 de 39 para 209 yardas con un touchdown y cinco intercepciones.

En 1982, Kramer llevó a los Vikingos a la postemporada con un récord de 5-4 acortado por strike. Frente a los Halcones de Atlanta en Minnesota, los Halcones lideraron en el cuarto cuarto 21-16 antes de que Kramer los llevara a una remontada para lograr una victoria de 30-24. Lanzó 20 de 34 para 253 yardas con dos touchdowns y una intercepción para llevar a los Vikingos a la segunda ronda de los playoffs. Frente a los Washington Redskins a la semana siguiente, Kramer no pudo generar magia, ya que Washington ganó 21-7 en su camino al Super Bowl. Kramer lanzó 18 de 39 para 252 yardas.

Kramer tuvo su último destello de brillantez en 1986. Se fue 7-6 en sus trece aperturas mientras lanzaba para 3.000 yardas con 24 touchdowns a 10 intercepciones mientras lideraba la liga en calificación de pasador con 92,6. Kramer tuvo su día culminante el 28 de septiembre de 1986, cuando incendió a los Green Bay Packers para seis pases de touchdown (con cuatro en el primer cuarto) en un día de 16 de 25 para 241 yardas. Fue nombrado para el Pro Bowl por primera y única vez. Fue la última temporada con él como titular principal para la mayoría de los juegos (comenzó 13). En 1987, Kramer dividiría el tiempo con Wade Wilson (que había estado en el equipo desde 1981), con Kramer iniciando cinco partidos y Wilson comenzando siete, con Kramer notando una lesión de pretemporada en la columna vertebral como la lesión que aceleró su final de carrera. Kramer lanzó cuatro touchdowns a tres intercepciones en sus 81 pases para seis partidos. Kramer fue el mariscal de campo titular cuando los Vikingos se colaron en los playoffs en 8-7, aunque fue eliminado después de algunas carreras para Wilson. Kramer (que se lesionó en la primera jugada del juego) fue de 5 de 9 en 50 yardas cuando los Vikingos rodaron a una victoria por 44-10 sobre los New Orleans Saints con Wilson al timón. A partir de ahí, los Vikingos fueron al Juego de Campeonato de la NFC con Wilson comenzando los siguientes dos juegos. En 1988, hizo seis aperturas con apariciones en otros cuatro juegos. Mientras iba 4-2, lanzó para 1.264 yardas con cinco touchdowns a nueve intercepciones en un total de 173 intentos de pase. Para 1989, cerró su carrera Vikinga con apariciones en ocho juegos y cuatro aperturas mientras lanzaba 906 yardas y siete touchdowns e intercepciones. Su última aparición con un uniforme de Vikingos fue en una derrota en los playoffs ante San Francisco. Se fue 9 de 19 para 110 yardas y una intercepción en la derrota 41-13. Fue liberado después de la temporada.

Firmó con los New Orleans Saints en 1990. Apareció en un solo partido para los Saints (contra los Vikingos) y se retiró después de la temporada de 1990.